Installer openalea et vplants pour Windows

Installer openalea et vplants pour Windows
Prérequis
N.B. On trouve à peu près tous les paquetages suivants sur le site InriaGforge d’OpenAlea
Si on veut les utiliser, dans ce cas, installer seulement Python, puis OpenAlea, puis installer QT,
scons, gnuplot, boost, bison/flex, qhull... à partir d'OpenAlea

Pour utiliser svn+ssh installer tortoise svn et OpenSSH for Windows
http://sshwindows.sourceforge.net/
Se méfier car la variable d'environnement PATH peut se retrouver écrasée.
o
C’est « normal » qu’OpenSSH demande le mot de passe 3 fois
Avec tortoise svn au pire on peut utiliser le navigateur de référentiel puis « extraire » le référentiel
 Installer Python >= 2.5
 Installer Trolltech QT4 et vérifier la variable d'environnement QTDIR (doit contenir le chemin vers
le répertoire parent de moc.exe)
 Installer MinGW (si QT4 ne l'a pas déjà installé)
 Installer MSYS sur http://prdownloads.sf.net/mingw/MSYS-1.0.10.exe?download
 Mettre à jour la variable d’environnement PATH en séparant les chemins par des ; sans espace
 Installer SIP de Riverbank en utilisant c:\python25\python configure.py -p win32-g++
o Cette étape est sûrement optionnelle si on télécharge le PyQt4 d'openalea
 Ceci peut échouer (pour des retours chariots à la Linux ?) Dans ce cas recopier les lignes de
compilation et d’installation
 Installer Dev-cpp (optionnel ?)
 Installer PyQt4
 Installer Scons
Openalea

Le plus simple est de faire python ez_alea_setup.py ; dans ce cas il faudra tout de même
récupérer Openalea.SconsX
A défaut :
 Installer Openalea.Deploy en se plaçant dans le répertoire deploy et en tapant
python setup.py install
 Installer de même Openalea.DeployGui
 Faire de même pour les paquetages Core, Visualea et Catalog (répertoires core,
visualea et catalog)
Faire de même pour le paquetage SconsX (répertoire sconsx) – et aussi scons (?)
Vplants

faire
Récupérer les sources de vplants par svn checkout
svn+ssh://[email protected]/svn/vplants/vplants/trunk vplants
Sous Tortoise svn, passer par le navigateur de référentiel, copier le chemin ci-dessus et
« extraire »
 créer dans le répertoire vplants un fichier options.py avec
import sys
if('win' in sys.platform):
[tab]compiler = 'mingw' # avec une tabulation
N.B. [tab] signifie l'insertion d'une tabulation.
 Éventuellement trafiquer le script build_vplants.py pour que
cmd = 'python setup-egg.py build'
tout simplement
et de même pour install_vplants.py et cmd = 'python setup-egg.py install'
 Installer bison et flex en utilisant OpenAlea Installer (dans le menu Démarrer ou par la
commande pythonw.exe "c:\Python25\Scripts\alea_install_gui-script.pyw" )
 Installer de même qhull
 Mieux vaut installer aussi boostpython-py et mingw-py sinon ils s’installent
automatiquement mais en plusieurs exemplaires
 Installer Gnuplot et Gnuplot.py
 Compiler et installer vplants par la commande python install_vplants.py
 En cas d’échec compiler les modules un à un en respectant les dépendances décrites
dans http://openalea.gforge.inria.fr/wiki/doku.php?id=packages:vplants:vplants
Pour ce faire, se placer dans le répertoire ayant pour nom celui du module et utiliser la
commande python setup-egg.py install
 En cas d'erreur due à des numéros de version des modules Vplants, changer ceux-ci
dans vplants\stat_tool\setup-egg.py, vplants\aml\setup-egg.py, etc. pour qu’ils se
correspondent
 Veiller à ce que les lignes
"tree_statistic/src"
"aml/src"

Pour utiliser des modèles de Markov d'ordre variable, il est conseillé d'installer
GraphPlot, qui est dans vplants/branches sous svn

Pour installer OpenAlea dans un autre répertoire que celui par défaut, modifier le
fichier install_vplants.py (ou build_vplants.py) de manière à ce que la commande
exécutée soit python setup.py install
--install-lib='mon_repertoire_de_modules_python'
--install-dyn-lib=mon_repertoire_de_librairies_python_C++'"

Pour recompiler un seul module, se placer dans le répertoire portant le nom de ce
module, puis taper la commande ci-dessus

Pour que la commande scons (recompilation) ait un effet de bord sur les librairies
chargées, faire python setup.py develop
--install-dir='mon_repertoire_de_modules_python' Refaire éventuellement scons
après (vérifier que le fichier nom_de_module.egg-link est bien dans le répertoire des
modules).

N.B. Certaines options de options.py (debug, ...) peuvent faire échouer la compilation
de modules (PlantGL ?)

Pour générer la documentation sphinx :
o installer le paquetage sphinx
o installer le module python dvipng (à l'aide de easy_install dvipng par exemple)
o se placer dans le répertoire du module et faire python setup.py build_sphinx
Utiliser Visual Studio
Pour utiliser Visual Studio comme éditeur et débuggeur, utiliser la procédure suivante :

Installer bjam et le placer dans un répertoire du PATH.

Compiler boost python avec le compilateur « msvc ». Ceci peut être effectué en
utilisant Boost.Build, en modifiant user-config.jam et la variable d’environnement
BOOST_BUILD_PATH

Compiler QT avec le compilateur msvc2005. Pour ce faire, charger l’environnement
de compilation MSCV à l’aide de la commande
"%VS80COMNTOOLS%vsvars32.bat" (avec les doubles guillemets)
puis taper configure -xplatform win32-msvc2005 -platform win32-msvc2005
et enfin nmake
(l’ordre est important !)

Modifier options.py comme suit :
boost_libs_suffix = '-vc80-gd-1_36' # par exemple
boost_includes='repertoire_boost'
boost_lib='repertoire_contenant_boost_python-vc80-gd-1_36.lib' # par exemple

Créer une solution Visual Studio contenant un projet par module.

Pour le module à compiler et tous ceux dont il depend, suivre la procedure suivante :
o Créer un projet Visual Studio Visual C++ de type « Makefile »
o Modifier les lignes de commande build et mettre scons (scons –c pour
nettoyer)
o S’assurer que le fichier .vcproj est bien dans le répertoire racine du module.
o utiliser python setup.py develop depuis le répertoire racine de chaque module,
afin que Visual Studio sache où aller récupérer les librairies des autres
modules

Les modules doivent être compilés avec static=1 dans options.py

Le module « tool » est un cas particulier. Pour le compiler, rajouter un fichier
options.py dans le répertoire tool avec la ligne suivante :
EXTRA_LIBS = 'advapi32.lib user32.lib gdi32 shell32.lib'