Recherche - Julie Chabalier

Julie Chabalier
Post-doctorante
Université Rennes 1
Équipe « Modélisation Conceptuelles des
Connaissances Biomédicales »

Audition Maître de Conférences - Université Paul Sabatier, Toulouse III - Lundi 19 mai 2008
Rennes
Marseille
Parcours
Maîtrise de Biologie Cellulaire (1999)
DESS Compétences Complémentaires en Informatique (2000)
Doctorat en Informatique (2004)
Soutenu le 6 avril 2004 –mention très honorable
«Acquisition incrémentale et représentation des systèmes
intégrés bactériens par une approche orientée objet »
1/2 ATER (2004 - 2005)
Qualifications sections 64, 65, 27 (2005)
Post-doctorante Université de Rennes 1 (2005 –2008)

Audition Maître de Conférences - Université Paul Sabatier, Toulouse III - Lundi 19 mai 2008
Enseignements ++ niveau/ nb heures
Initiation à la bioinformatique
Grandes banques/bases de données
Concepts majeurs de la bioinformatique
Représentation des connaissances biologiques
Bio-ontologies
Web Sémantique
Initiation à l’informatique
Bureautique - Algorithmique
Conception, implémentation, interrogation de bases de données
Modélisation MERISE- UML
Langage SQL –MySQL

Audition Maître de Conférences - Université Paul Sabatier, Toulouse III - Lundi 19 mai 2008
Informatique : représentation des connaissances
•axe principal de recherche en Intelligence Artificielle (IA)
•représentation des connaissances humaines dans un langage informatique
utilisation de ces connaissances par un ordinateur pour effectuer des
raisonnements
Bioinformatique : représentation des connaissances biologiques
•construction, exploitation et partage des modèles biologiques complexes
•méthodes de représentation issues de l’IA
mécanisme de raisonnements : obtention de nouvelles connaissances
Représentation des connaissances biologiques

Audition Maître de Conférences - Université Paul Sabatier, Toulouse III - Lundi 19 mai 2008
Un système intégré est un ensemble de protéines
nécessaires à la réalisation d’une fonction
biologique
class: Assembly
variables:
variable: Type
type: string
variable: PartnersNb
type: integer
variable: SBP
type: boolean
class: ABC
super-class: ASSEMBLY
variables:
variable: Type
domain: {"ABC"}
instance : BSUBA01_OPUBA
is-a : Systeme Intégré
type = "ABC"
nbpartenaires = 4
SBP = true
Système_intégré
Type
nbPartenaire
proteineAffine
Transporteur_ABC
Systeme
d’import Systeme d’export
Protéine
Transport
Fonction
Réalise
Est composé
de
1 Classes et associations pour représenter les
concepts biologiques et leur relations
2 Variables ou attributs pour représenter les
propriétés biologiques
2 Relation de spécialisation pour représenter les
concepts biologiques spécifiques (héritage)
3 Langage informatique pour que la modélisation
soit compréhensible par l’ordinateur
4 Objets ou instances pour représenter les objets
biologiques
5 Classification d’objet pour enrichir les
connaissances d’une manière cohérente
ABC
Réalise
class: ImportABC
super-class: ABC
variables:
variable: SBP
domain: {true}
Quelques notions…
Base de connaissances : technique orientée instances