Identifying and characterizing the effectors of the immune response

ED BIO SORBONNE PARIS CITE
Proposition de sujet de thèse à l’appui d’une demande de contrat doctoral 2017-2018
Renseignements relatifs à l’Unité de Recherche :
Label et intitulé : Unité de Génomique Virale et Vaccination
Nom et prénom du Directeur : Frédéric Tangy
Téléphone : 01 45 68 87 70 Télécopie : 01 40 61 31 67
Courriel: [e-mail]
Renseignements relatifs à l’Equipe :
Nom de l’Equipe d’Accueil : Flavivirus pathogenesis
Nom et prénom du responsable : Nolwenn Jouvenet
Qualité du responsable : CR1 CNRS, Chef de groupe Institut Pasteur
Téléphone : 01 40 61 34 92 Télécopie : 01 40 61 31 67
Courriel : [e-mail]
Renseignements relatifs au sujet de thèse :
Nom et prénom du Directeur de thèse (HDR) : Nolwenn Jouvenet
Qualité : CR1 CNRS, Chef de groupe Institut Pasteur
Téléphone : 01 40 61 34 92 Télécopie : 01 40 61 31 67
Courriel : [e-mail]
Titre du sujet proposé :
(En français) Identification et caractérisation des effecteurs de la réponse immunitaire innée contre le
virus Zika
(En anglais) Identifying and characterizing the effectors of the immune response against Zika Virus
Département (cocher le département correspondant au sujet de thèse qui n’est pas obligatoirement le
vôtre) :
 Biologie Cellulaire et moléculaire, Physiologie et Physiopathologie
 Immunologie
 Développement Génétique Neurobiologie et Vieillissement
 Infectiologie, Microbiologie
Summary (5 lines maximum) :
The immune response to virus infection is initiated by the recognition of viral genomes by cellular receptors.
These interactions activate signaling complexes that subsequently induce the expression of Interferon (IFN).
Secreted IFNs will then invoke a potent antiviral state in the cell, by leading to the up-regulation of 400 IFN-
stimulated genes (ISGs). The mechanisms of action of only a handful of ISGs are well defined. We propose to
identify and characterize the ISGs that are inhibiting the replication of the emerging Zika virus.

Proposition de sujet de thèse à l’appui d’une demande de contrat doctoral 2017-2087
(L’ensemble de cette fiche ne doit pas dépasser 1 page)
Nom, prénom du directeur de l'unité de recherche: Frédéric Tangy
Numéro de l'unité de recherche (et établissement de rattachement) : Unité de Génomique Virale et
Vaccination, UMR CNRS 3569, Institut Pasteur
Nom, prénom du responsable de l'équipe d'accueil (EAD) : Nolwenn Jouvenet
Nom, prénom du directeur de thèse : Nolwenn Jouvenet
Titre du sujet de thèse proposé : Identification et caractérisation des effecteurs de la réponse
immunitaire innée contre le virus Zika
(en anglais) Identifying and characterizing the effectors of the immune response against Zika Virus
Citer 5 mots clés (key words): Flavivirus, Zika virus, Innate immune response, Interferon-stimulated
genes, High throughput fluorescence-based screening assays
Candidat pressenti :  OUI  NON
Contenu scientifique du programme de la thèse (en anglais)
The immune response to virus infection is initiated by the recognition of viral genomes by cellular
receptors. These interactions trigger the recruitment of signaling complexes able to activate transcription
factors and subsequently induce the rapid expression of type I Interferon (IFN). Secreted IFNs will then
invoke a potent antiviral state in the cell, leading to the up-regulation of around 400 of IFN-stimulated
genes (ISGs). The mechanisms of action of only a handful of ISGs are well characterized. However, the
contribution of most ISGs to the antiviral state remains poorly understood. Zika virus (ZikV) is an
emerging mosquito-borne flavivirus that is sweeping through South and Central America. Because ZikV
has received far less attention than other arboviruses so far, the interaction of ZikV with its host cell is ill-
characterized. Type I IFN signaling is critical for ZikV replication and pathogenesis, and our preliminary
data show that ZikV is a potent IFN inducer.
We propose to identify and characterize the ISGs that are inhibiting ZikV replication. To do so, a
siRNA library targeting around 400 individual human ISGs will be screened using high throughput
fluorescence-based assays. The library has already been validated in the context of HIV-1 infection and
the screen will be strongly facilitated by our in-house screening platform. ISGs of interest will be the ones
that potently inhibit ZikV infection. Their effect on ZikV infection and spreading will be first validated using
a panel of virological assays in relevant cells. We will then characterize their mode of action in detail. For
instance, we will identify which step of the viral life cycle is affected by the selected ISGs using
virological, biochemical and microscopic assays.
Overall, we should identify and characterize the most potent effectors of the anti-ZikV immune
response. This will increase our knowledge on ill-described ISGs and help to identify weakness points in
the life cycle of ZikV.
Indiquez les cinq meilleures publications récentes de l’équipe :
Monel et al. Zika virus induces massive cytoplasmic vacuolization and paraptosis-like death in infected
cells. EMBO J. 2017.
Meertens L, et al. Axl mediates ZIKA virus entry in human glial cells and modulates innate immune
responses. CELL REPORTS. 2017.
Achard et al. Oncolytic measles virus induces Tumor necrosis factor-related apoptosis-inducing ligand
(TRAIL)-mediated cytotoxicity by human myeloid and plasmacytoid dendritic cells. ONCOIMMUNOLOGY.
2016.
Fernandez-Garcia MD et al. Vaccine and Wild-Type Strains of Yellow Fever Virus Engage Distinct Entry
Mechanisms and Differentially Stimulate Antiviral Immune Responses. MBIO. 2016.
Bruni D et al. Viral entry route determines how human plasmacytoid dendritic cells produce type I
interferons. SCIENCE SIGNALING. 2015.