chercheur en microbiologie
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CHERCHEUR EN MICROBIOLOGIE Frédéric ROGER 33 rue Beffroy 76000 ROUEN 17 Août 1985 06 73 47 51 86 [email protected] EXPERIENCES PROFESSIONNELLES ET STAGES JAN 2015-ACT Chercheur postdoctorant, CNRS site de l’Université de Rouen Métagénomique comparative de biofilms périphytiques, résistance et adaptation aux métaux Equipe de microbiologie de l’UMR 6143 - Morphodynamique Continentale et Côtière L’objectif de ces travaux est de déterminer l’impact de polluants métalliques sur les communautés de microorganismes constituant les biofilms des rivières (ou périphytons). Pour cela, nous avons conduit une étude de la diversité de ces biofilms en présence/absence de métaux à différentes concentrations en environnement contrôlé (cosmes) et in situ (projets en cours). SEPT-DEC 2014 Ingénieur d’études, rectorat de l’académie de Montpellier Service Commun des Etudes et Enquêtes (SC2E). Gestion de bases de données, traitements statistiques. AOUT-DEC 2013 Assistant Ingénieur, entreprise : ApoH-Technologies, Montpellier Evaluation des supports « ApoH-technologies » dans la détection sensible de microorganismes dans le sang Détection par des approches culturales et moléculaires de microorganismes dans des échantillons de sang. Mise en place de la détection moléculaire. JUIL 2012 Doctorant, Université Montpellier 1 Mode d'évolution et taxonomie au sein du genre Aeromonas : Que nous apprend l'étude de la diversité génétique et génomique ? Co-directrices : Mme LAMY Brigitte et Mme MARCHANDIN Hélène Equipe Pathogènes et Environnements de l’UMR 5119 - Ecologie des Systèmes Marins Côtiers La taxonomie du genre Aeromonas, sujette à de nombreuses controverses sur les espèces décrites ainsi que sur les méthodes à utiliser pour leurs caractérisations, génère une confusion quant aux pouvoir pathogènes des différentes espèces et des niches qu’elles occupent. De plus, elles sont décrites comme pathogènes opportunistes chez l’homme possédant une capacité d’adaptation élevée. Dans ce contexte, les objectifs sont l’étude des mécanismes d'évolution génétique et génomique à l'origine de la capacité d'adaptation des Aeromonas à leurs hôtes, de la structure et mode d’évolution d’une large population d’origines variées. Pour cela, nous avons conduit : - l’étude i) de la diversité génétique par une approche MLSA, ii) de la variabilité des multiples copies du gène rrs par une technique d'électrophorèse en condition dénaturante (PCR-TTGE) ; - de la variabilité du nombre d'opéron rrn ainsi que leurs positions sur le chromosome explorées par électrophorèse en champ pulsé (ECP) ; - l’estimation de la fluidité des génomes par ECP, digestion enzymatique des génomes par une enzyme à fréquence de coupure plus importante ; - l’évaluation de la valeur taxonomique de chacune des techniques. JAN-JUIN 2008 Stage de master 2, Université Montpellier 2 Impact de facteurs environnementaux sur les mécanismes évolutifs des procaryotes Directeurs : Mme ESCOBAR-PARAMO Patricia et M HOCHBERG Mickael Equipe Ecologie et Evolution des Communautés de l’UMR 5554-Institut des Sciences de l'Evolution de Montpellier Evaluation de l’impact de facteurs environnementaux (qualités : granulométrie, composition, pH ; et de leurs utilisations : cultures ou jachères) sur l’utilisation préférentielle de la mutation ou des transferts génétiques horizontaux comme moteur de l’évolution chez les procaryotes. P. fluorescens comme modèle d’étude et la résistance à la rifampicine. JAN-JUIN 2007 Stage de master 1, Université Montpellier 1 Identification et caractérisation d'espèces bactériennes de la famille des Acidaminococcaceae Directrices : Mme JUMAS-BILAK Estelle et Mme MARCHANDIN Hélène Equipe d’accueil 3755 - Diversité génomique et biologique des Bactéries Opportunistes (DiBOP) Caractérisation génétique et génomique de groupes de bactéries non identifiées. Analyses génétiques et phylogénétiques de « gènes essentiels » alternatifs au gène rrs (codant pour l’ARNr 16S). Etude de la structure chromosomique de ces bactéries (nombre et taille des chromosomes, « squelette rrn ») par ECP. TITRES UNIVERSITAIRE S JUILLET 2012 Doctorat de l’Université de Montpellier 1 en Hydrosciences et Environnement, mention très honorable sous la co-direction du Dr LAMY Brigitte et du Dr MARCHANDIN Hélène Président du jury : M. KODJO Angeli (Ecole Nationale Vétérinaire de Lyon) ; Assesseurs : M. DURAN Robert, rapporteur (Université de Pau), Mme PETIT Fabienne, rapporteur (Université de Rouen), Mme JUMAS-BILAK Estelle (Université Montpellier 1) ; Co-directrices : Mme MARCHANDIN Hélène (Université Montpellier 1), Mme LAMY Brigitte (CHRU Montpellier) Thèse disponible en ligne: http://www.biu-montpellier.fr/florabium/jsp/nnt.jsp?nnt=2012MON13504 JUIN 2008 Master 2, Biodiversité des Interactions Microbiennes et Parasitaires, Université Montpellier 2 Master 1, Biologie - Santé, Université Montpellier 2 JUIN 2006 Licence , Biologie Cellulaire et Physiologie : Physiologie Animale, Université Montpellier 2 JUIN 2003 Baccalauréat Scientifique - Sciences de l’Ingénieur, Lycée Louis Feuillade, Lunel ACTIVITES D’ENSEIGNE MENTS 2016 Licence SVT – STE (Sciences de la Terre et de l’environnement) (L3), UE « Microbiologie environnementale », travaux pratiques (16h) (Université de Rouen) Licence SVT – B2MCP (Biochimie, Biologie Moléculaire, Cellulaire et Physiologie) (L3), UE « Pouvoir pathogènes des bactéries », travaux pratiques (16h) (Université de Rouen) Première année ESITECH (Ecole Supérieure d’Ingénieurs en TECHnologies innovantes, niveau L3), UE « Microbiologie Moléculaire », travaux pratiques (48h) (Université de Rouen) Master Biosciences, parcours Microbiologie (M1), travaux pratiques (4h) Rouen) (Université de 2015 et 2016 Participation aux jury d’évaluation d’oraux de L3 de SVT - B2MPC (Université de Rouen). 2013 Master EAU spécialité Contaminations Eau Santé, UE « Eau, vecteur d’infections bactériennes et virales », cours magistral (1h30) : L’opportunisme infectieux, présentation du genre Aeromonas. (UM1) 2012 Master BioPMBB (Biologie des Plantes et des Microorganismes, Biotechnologies, Bioprocédés) UE « ERA Santé », cours magistral (1h30) : Application de techniques de biologie moléculaire dans l’étude de la structure et la diversité de populations bactériennes (UM1). 2011 Master 1 BioPMBB (1 étudiant), encadrement d’un stage de recherche (UM1). 2009 et 2010 Master 1 Biologie-Santé (2 étudiants), encadrements de stage d’initiation à la recherche (UM1). Qualifications : sections CNU 67 (Biologie des populations et écologie) et CNU 68 (Biologie des organismes). COMMUNICATIONS S CIEN TIFIQUES P UBLI C ATI ONS 1. F. Roger, H. Marchandin, E. Jumas-Bilak, A. Kodjo, the colBVH study group & B. Lamy. Multilocus genetics to reconstruct aeromonad evolution. 2012. BMC Microbiology. 12 : 62. 2. F. Roger, B. Lamy, E. Jumas-Bilak, A. Kodjo, the colBVH study group & H. Marchandin. Ribosomal Multi -Operon Diversity: an original perspective on the genus Aeromonas. 2012. PLoS ONE. 7 (9) : e46268. 3. F. Aujoulat, F. Roger, A. Bourdier, A. Lotthé, B. Lamy, H. Marchandin & E. Jumas‐Bilak. From environment to man: genome evolution and adaptation of human opportunistic bacterial pathogens. 2012. Genes. 3 (2) : 191232. 4. B. Lamy, F. Laurent, A. Kodjo, F. Roger, E. Jumas-Bilak, the colBVH study group & H. Marchandin. Which antibiotics and breakpoints should be used for Aeromonas susceptibility testing? Considerations from a comparison of agar dilution and disk diffusion methods using using Enterobacteriaceae breakpoints. 2012. European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases (Epub ahead of print). 5. B. Lamy, F. Laurent, I. Verdier, J.-W. Decousser, E. Lecaillon, H. Marchandin, F. Roger, S. Tigaud, H. de Montclos, the colBVH Study Group & A. Kodjo. Accuracy of 6 commercial systems for identifying clinical Aeromonas isolates. 2010. Diagnostic Microbiology & Infectious Disease. 67 (1) : 9-14. 6. H. Marchandin, C. Teyssier, J. Campos, H. Jean-Pierre, F. Roger, B. Gay, J.-P. Carlier & E. Jumas-Bilak Negativicoccus succinicivorans gen. nov., sp nov, isolated from human clinical samples, emended description of the family Veillonellaceae and description of Negativicutes classis nov., Selenomonadales ord. nov. and Acidaminococcaceae fam. Nov. in the bacterial phylum Firmicutes. 2010. International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology. 60 : 1271-1279. C OM M UNI C ATI ONS AFFI C HEES 1. F. Roger, E. Talagrand, O. Cubizolle, E. Jumas-Bilak, M.J. Figueras, B. Lamy, H. Marchandin. Deciphering relationships between Aeromonas isolates from a unique specimen using four molecular typing methods: how mixed are aeromonoses? June 25-27, 2014, Montpellier (France). 11th International Symposium on Aeromonas and Plesiomonas (ISAP). 2. F. Roger, C. Duval., B. Lamy, A. Kodjo, E. Jumas-Bilak, the Col BVH study group & H. Marchandin. Analyse multi-locus de 131 isolats cliniques et environnementaux du genre Aeromonas. 3‐4 décembre 2009, Paris (France). Réunion Interdisciplinaire de Chimiothérapie Anti‐Infectieuse. 3. F. Roger, B. Lamy, A. Kodjo, E. Jumas-Bilak, H. Marchandin & Collège de Bactériologie Virologie et Hygiène des Hôpitaux. Multilocus sequence analysis to study structure population and genetic diversity and to support taxonomic issues in the genus Aeromonas. June 26-30, 2011, Geneva (Switzerland). 4th Congress of European Microbiologists, FEMS. REFERENCES Pr Estelle JUMAS-BILAK Equipe Pathogènes et Environnements UMR 5119 ECOSYM Unité de Bactériologie, UFR Pharmacie 15, Avenue Charles Flahault BP14491 34093 Montpellier cedex 5 +33 (0)4 11 75 94 28 [email protected] Dr Brigitte LAMY, Praticien Hospitalier CHRU de Montpellier Département de bactériologie/Virologie Hôpital Arnaud de Villeneuve 371, Avenue du Doyen Gaston Giraud 34295 Montpellier cedex 5 +33 (0)4 67 33 58 66 [email protected] Dr Elias Stefas Président Directeur Général ApoH-technologies, SA 94, Allée des Fauvettes 34280 La Grande Motte +33 (0)4 11 75 94 85 [email protected] CENTRE D’INTERETS Pratique du rugby, Lectures variées (science fiction, fantaisie, romans, BD…), Voyages
