sujet proposé a - Theses en bretagne

1
SUJET PROPOSÉ A
UN CONTRAT DOCTORAL ETABLISSEMENT 2017
A déposer sur la plateforme :
https://thesesenbretagne.ueb.eu complété, avant le 8 avril 2017 :
Pour les renseignements :
Joëlle BISSON, pour les unités de recherche de l’Université RENNES 2,
Isabelle DAVID, pour les unités de recherche de l’UBO
Axelle GUITTON, pour les unités de recherche de l’UBS
UNITE DE RECHERCHE
Nom de l’Unité de Recherche: LETG-Rennes
N° de l’Unité de Recherche : UMR 6554 CNRS
Nom du Directeur de l’Unité de Recherche : Samuel Corgne
Future Ecole Doctorale (1er septembre 2017) : STT
SUJET DE THESE
Intitulé Français du sujet de thèse proposé
200 caractères maximum espaces compris
Recherche d’indicateurs climatiques reliés à l’expression des maladies du bois de la vigne.
Spatialisation des risques actuels et futurs dans des vignobles mondiaux sous différents climats.
Intitulé Anglais du sujet de thèse proposé
200 caractères maximum espaces compris
Investigation of climatic indicators for grapevine trunk disease and spatial mapping of the
present and future risks in worldwide wine regions under various climatic conditions.

2
Domaine scientifique principal de
la thèse
645 Géographie physique (Climatologie)
Domaine scientifique secondaire
de la thèse
Epidémiologie végétale
Discipline
Climatologie
DIRECTEUR DE THESE
CIVILITE
Mme
NOM
Bonnardot
PRENOM
Valérie
Adresse mail
[e-mail]
Date d’obtention HDR
en cours; une demande de dérogation a été
faite au CS
Nombre d’encadrement en cours au
1er octobre 2017
0
Co-directeur le cas échéant
CIVILITE
Mme
NOM
GUERIN-DUBRANA
PRENOM
Lucia
UNIVERSITE D’AFFECTATION
UNITE DE RECHERCHE
UMR SAVE (INRA Bordeaux)
Adresse mail
[e-mail]
Date d’obtention HDR
En cours
Nombre d’encadrement en cours au
1er octobre 2017
0

3
ARGUMENTAIRE SCIENTIFIQUE
Argumentaire scientifique présentant les enjeux de la thèse :
(problématique, contexte, méthodologie)
1 page maximum
MOTS CLES (5) : Indicateurs climatiques, Maladies du bois de la vigne, Risques
climatiques, tendances climatiques, Spatialisation.
Problématique :
L’esca de la vigne est la principale maladie du bois de la vigne observée depuis longtemps en
France et dans le monde. La maladie, associée à des champignons pathogènes qui se
développent dans le bois, s’exprime de façon complexe par des symptômes foliaires conduisant
à la mort prématurée des ceps. Actuellement, l’esca de la vigne entraîne de lourdes
conséquences économiques dans le secteur viticole. Depuis le début des années 2000, en lien
ou non avec l'interdiction de l'usage de l'arsénite de sodium (cancérigène) en viticulture, la
maladie est observée en progression dans de nombreux vignobles européens et mondiaux et
nombreux observateurs s’interrogent sur le rôle d’événements climatiques particuliers pour
expliquer ce phénomène.
Contexte et objectifs :
Outre les recherches menées dans le monde entier sur les interactions entre les
microorganismes impliqués et la plante, se développent aussi des recherches sur les facteurs
environnementaux et culturaux impliqués dans le développement de la maladie. Parmi les
facteurs environnementaux, la bibliographie fait état de plusieurs suppositions concernant le
facteur climatique qui conditionnerait l’expression de la maladie et sa sévérité. Les premières
études réalisées à partir de données d’une région confirment l’intérêt de se focaliser sur ce
facteur (Guerin-Dubrana et al., 2013 ; Li, 2015 ; Cao, 2016). L’objectif majeur de cette thèse
de géographie (climatologie) sera d’identifier et de quantifier le(s) indicateur(s) climatique(s)
favorable(s) au développement de la maladie pour permettre aux équipes collaboratrices
spécialisées en pathologie de la vigne d’intégrer ces potentiels indicateurs climatiques dans un
modèle de probabilité d’expression foliaire de la maladie. Ces recherches permettront de prévoir
les risques de développement de la maladie en fonction du contexte climatique et par
conséquent d’adapter les préconisations faites aux viticulteurs.
Méthodologie :
Le/la candidat(e) travaillera avec des données climatiques et différentes données d’observations
de maladie provenant de parcelles de vigne (cépages variés) en France, en Europe et dans le
monde pour analyser la relation climat/maladie sous des régimes climatiques variés. Il s’agira
de rechercher et d’identifier les facteurs climatiques saisonniers favorables au développement de
la maladie à l’échelle des parcelles et des régions puis de les vérifier dans les parcelles aux
macroclimats différents. Il s’agira aussi d’analyser les séquences climatiques particulières sur
une/des périodes critiques (ie, période de taille de la vigne). Une cartographie des risques
climatiques pour la santé du vignoble devra être réalisée à l’échelle régionale. Il s’agira
également d’étudier les tendances des indicateurs climatiques sur une période minimale de 30
ans et de rechercher quels seraient les risques futurs en utilisant les projections et divers
scénarios de changement climatique.

4
Références de l’unité de recherche sur le sujet (programmes de
recherches en cours, bibliographie sommaire de l’unité et du porteur de projet sur le sujet
proposé) 1 page maximum
Le LETG-Rennes a plusieurs programmes de recherche mettant en relation le climat et la vigne :
 2014-2019 LIFE-ADVICLIM/ Life 13 Env/Fr/001512. Adaptation of viticulture to climate
change : high resolution observation of adaptation scenario for viticulture
 2016-2018 PICS Climate observations and modelling at various viticultural scales (New-
Zealand).
et précisément sur le sujet climat/maladie de la vigne :
 2017 Actions spécifiques de l’Université Rennes2 concernant le développement des
collaborations entre LETG-Rennes et l’UMR 1065 Santé et Agro-écologie du Vignoble
(INRA) de Bordeaux Sciences Agro.
Bibliographie de la porteuse de projet sur le sujet proposé :
 Li S., Cao Y., Morais D., Bastien S., Bonnardot V., Gegout-Petit A., Guérin-Dubrana L., 2017.
Spatio-temporal Modelling of Esca Grapevine Disease at Vineyard Scale. 10th international council on
Grapevine Trunk diseases, July 2017, Reims, France.
 Soltanzadeh I., Bonnardot V., Sturman A., Quénol H., Zawar-Reza P., 2016. Assessment of the
ARW-WRF model over complex terrain: the case of the Stellenbosch Wine of Origin district of South
Africa. Theoretical and Applied Climatology. 1-21, doi:10.1007/s00704-016-1857-z
 Fourment M., Bonnardot V., Planchon O., Ferrer M., Quénol H., 2014. Circulation atmosphérique
locale et impacts thermiques dans un vignoble côtier : observations dans le sud de l'Uruguay.
Climatologie, 11: 47- 64.
 Quénol H., Bonnardot V., 2014. A multi-scale climatic analysis of viticultural terroirs in the context
of climate change: the “TERADCLIM” project. International Journal of Vine and Wine Sciences. 23-32.
 Bonnardot V., Carey V, Madelin M, Cautenet S., Quénol H., 2012. Spatial variability of night
temperatures at a fine scale over Stellenbosch wine district, South Africa. Jl Int Sci Vigne Vin, 46, 3.
 Bonnardot V., Cautenet S., 2009. Mesoscale modeling of a complex coastal terrain in the South-
Western Cape using a high horizontal grid resolution for viticultural applications. J. App Met Clim. 48,
330-348.
Masters encadrés par la porteuse de projet et co-encadrés par la co-directrice du projet de
thèse sur la thématique climat/maladie de la vigne :
 Dulain D., 2015 : Le climat et les maladies du bois de la vigne: Approche exploratoire des
phénomènes climatiques favorables au développement de l'esca. Mémoire de master, Univ-Rennes 2.
 Dapolon J., 2017 : Vérification et recherche d’indices climatiques pour l’ESCA dans des régions
viticoles françaises. Mémoire de Master, Univ-Rennes2, en cours
Bibliographie de la co-directrice de thèse sur le sujet proposé :
 Li S., F.Bonneu, J. Chadoeuf, D. Picart, A. Gégout Petit, L. Guérin-Dubrana. 2017. Spatial and
Temporal Pattern Analyses of Esca Grapevine Disease in Vineyards in France. Phytopathology.,
Vol(107)1, 59-69.
 Bruez E., Haidar R., Alou M.T., Vallance J., Bertsch C., Mazet F., Fermaud M., Deschamps A., Guerin-
Dubrana L., Compant S. and Rey. 2015. Bacteria in a wood fungal disease:characterization of
bacterial communities in wood tissues of esca-foliar symptomatic and asymptomatic grapevines.
Frontiers in Microbiology, 6 1137.
 Bruez, E., Vallance, J., Gerbore, J., Lecomte, P., Da Costa, J.P., Guérin-Dubrana, L., and Rey, P.
2014. Analyses of the Temporal Dynamics of Fungal Communities Colonizing the Healthy Wood
Tissues of Esca Leaf-Symptomatic and Asymptomatic Vines.PloS one 9,e95928.
 Bruez E., Grosman J., Doublet B., Lecomte P., Bertsch C., Fontaine F., Guérin-Dubrana L., Rey P.
2013. The French Grapevine Trunk Wood Diseases Survey: overview of the data obtained over the
last decade. Phytopathologia Mediterranea
 Guerin-Dubrana L., Labenne A., Labrousse J.C., Sylvie B., Rey P. and Gegout-Petit A. 2013.
Statistical analysis of grapevine mortality associated with esca or eutypa dieback foliar expression.
Phytopathologia Mediterranea 52 276-288.
 Maher N., Piot J., Bastien S., Rey P.* and Guerin-Dubrana L. 2012. Wood necroses in Esca-affected
vines: types, relationships and possible links with foliar symptom expression. J. Int. Sci. V.V.
Master et thèse encadrés par le co-porteur de projet sur la thématique climat/maladie vigne :
 Li S. 2015 Modelisation spatio-temporelle pour l’esca de la vigne à l’échelle de la parcelle. Thèse,
Université de Bordeaux, 160 pp.
 Cao Y. 2016. Modélisation spatio temporelle de l’esca de la vigne. Effet de facteurs environnementaux.
Mémoire de Master 2, 45 pp., Université de Paul Sabatier, Toulouse.

5
Connaissances et compétences requises pour le futur doctorant :
Le (la) candidat(e) devra posséder de solides connaissances en climatologie générale et en
climatologie appliquée à la viticulture. Il/elle devra acquérir rapidement des connaissances de
base en biologie et pathologie de la vigne.
Il/elle devra savoir gérer des fichiers de données climatiques volumineux et maîtriser les
méthodes et les outils statistiques et de cartographie (R, SIG) nécessaires à l’analyse
géostatistique des données disponibles (analyses uni- multi-variées).
Le (la) candidat(e) devra privilégier l’approche géographique du sujet.
Il/elle devra être autonome dans son travail, mais en même temps être capable de travailler en
équipe et de s’intégrer à des groupes de recherches pluridisciplinaires.
Le/la future(e) doctorant(e) devra maîtriser l’anglais (lu, écrit, parlé), pour son travail
bibliographique, les échanges avec les chercheurs internationaux collaborant sur le sujet, la
diffusion orale et écrite (publications) des résultats à des colloques et dans des revues
scientifiques, parallèlement à la préparation de la thèse.
Intérêt du projet quant aux perspectives d’insertion
professionnelle du-de la doctorant-e :
Le projet de thèse repose sur une thématique qui reste un sujet complexe, difficile à quantifier
et qualifier, que ce soit sur le territoire français, européen et international, et dans ce sens tous
les résultats issus de ce projet participeront au développement des connaissances à la fois
fondamentales et appliquées. Les résultats pourront ouvrir sur de nouvelles perspectives de
recherche dont l’industrie vitivinicole pourra tirer profit.
Le/la candidate aura ainsi acquis au cours de sa thèse des compétences dans le domaine de la
recherche (aussi bien fondamentale qu’appliquée) en géographie et pourra candidater à des
contrats postdoctoraux internationaux et/ou des postes de chargé(e) de recherche (CNRS) ou
de maître de conférence à l’Université après qualification au CNU.
Fait à Rennes, le 6 avril 2017
Valérie Bonnardot
Enseignant-Chercheur