Sujet M2 : Structure phylogénétique des souches de

Sujet M2 : Structure phylogénétique des souches de Propionibacterium
en chirurgie cardiaque
UMR 5119 équipe Pathogènes et Environnements – Service d’Hygiène Hospitalière
Sara Romano Bertrand (3e année de doctorat)
Estelle Jumas-Bilak
Lieu de stage : UMR 5119 équipe Pathogènes et Environnements, Unité de
bactériologie, UFR pharmacie
Contact : [email protected]
Propionibacterium acnes, bacille à Gram positif anaérobie mutualiste du microbiote
cutanéo-muqueux de l’homme, est connu pour être responsable de l’acné. Souvent
considérée comme à faible pouvoir pathogène, il peut cependant être à l’origine
d’infections graves : endocardites, infections du système nerveux central, infections
endodontiques...
Sa population est structurée en plusieurs lignées évolutives : IA, IB, IC, II et III ; qui
possèdent des caractéristiques phénotypiques et génétiques, une séroréactivité et
une production de facteurs de virulence propres. Cette structure de population
suggère des capacités variables d’adaptation à certaines conditions et de
déclenchement d’infections. Le phylotype IA est prédominant au niveau de la peau et
regroupe essentiellement des souches ayant des propriétés particulières impliquées
dans les processus pro inflammatoires en cause dans l’acné. Une étude récente a
montré que les phylotypes II et III sont absents des prélèvements cutanés sains et
sont plus fréquemment isolés lors d’autres infections, sans pour autant que ces
phylotypes n’aient pu être associés à une pathologie en particulier.
En chirurgie cardiaque, les Propionibacterium sont souvent isolés d’échantillons sur
infection sur site opératoire (ISO), en association avec d’autres bactéries
(Staphylocoques à coagulase négative, autres anaérobies) dans la plupart des cas,
et des ISO causées par P. acnes sont décrites dans la littérature. Une étude
préliminaire sur des échantillons prélevés au cours de pontage aorto-coronarien au
CHRU de Montpellier a mis en évidence une forte prévalence de ce germe (46% de
prélèvements positifs par méthode indépendante de la culture). Afin de situer les
souches de P. acnes de chirurgie cardiaque dans la structure phylotypique de cette
espèce, nous envisageons d’étudier par séquençage du gène recA : (i) une collection
de 200 souches cliniques isolées de patients de chirurgie cardiaque, d’autres
chirurgies et de portage sain, et (ii) les souches de P. acnes isolées en culture à
partir des prélèvements per opératoires de chirurgie cardiaque. Les souches
représentatives des phylotypes seront testées quant à leur virulence et leur
résistance aux agents antimicrobiens. Pour les prélèvements négatifs en culture, les
souches de P. acnes présentes au niveau du site opératoire seront analysées par
approche indépendante de la culture (Temporal Temperature Gel Electrophoresis sur
une portion du gène recA). En cas de mise en évidence d’une spécificité de ces
souches, des études de virulence approfondies (phénotypes, séroréactivité,
résistance aux antibiotiques...) pourront être menées afin d’adapter la prise en
charge des patients de chirurgie cardiaque.