Sujet M2 : Structure phylogénétique des souches de Propionibacterium en chirurgie cardiaque UMR 5119 équipe Pathogènes et Environnements – Service d’Hygiène Hospitalière Sara Romano Bertrand (3e année de doctorat) Estelle Jumas-Bilak Lieu de stage : UMR 5119 équipe Pathogènes et Environnements, Unité de bactériologie, UFR pharmacie Contact : [email protected] Propionibacterium acnes, bacille à Gram positif anaérobie mutualiste du microbiote cutanéo-muqueux de l’homme, est connu pour être responsable de l’acné. Souvent considérée comme à faible pouvoir pathogène, il peut cependant être à l’origine d’infections graves : endocardites, infections du système nerveux central, infections endodontiques... Sa population est structurée en plusieurs lignées évolutives : IA, IB, IC, II et III ; qui possèdent des caractéristiques phénotypiques et génétiques, une séroréactivité et une production de facteurs de virulence propres. Cette structure de population suggère des capacités variables d’adaptation à certaines conditions et de déclenchement d’infections. Le phylotype IA est prédominant au niveau de la peau et regroupe essentiellement des souches ayant des propriétés particulières impliquées dans les processus pro inflammatoires en cause dans l’acné. Une étude récente a montré que les phylotypes II et III sont absents des prélèvements cutanés sains et sont plus fréquemment isolés lors d’autres infections, sans pour autant que ces phylotypes n’aient pu être associés à une pathologie en particulier. En chirurgie cardiaque, les Propionibacterium sont souvent isolés d’échantillons sur infection sur site opératoire (ISO), en association avec d’autres bactéries (Staphylocoques à coagulase négative, autres anaérobies) dans la plupart des cas, et des ISO causées par P. acnes sont décrites dans la littérature. Une étude préliminaire sur des échantillons prélevés au cours de pontage aorto-coronarien au CHRU de Montpellier a mis en évidence une forte prévalence de ce germe (46% de prélèvements positifs par méthode indépendante de la culture). Afin de situer les souches de P. acnes de chirurgie cardiaque dans la structure phylotypique de cette espèce, nous envisageons d’étudier par séquençage du gène recA : (i) une collection de 200 souches cliniques isolées de patients de chirurgie cardiaque, d’autres chirurgies et de portage sain, et (ii) les souches de P. acnes isolées en culture à partir des prélèvements per opératoires de chirurgie cardiaque. Les souches représentatives des phylotypes seront testées quant à leur virulence et leur résistance aux agents antimicrobiens. Pour les prélèvements négatifs en culture, les souches de P. acnes présentes au niveau du site opératoire seront analysées par approche indépendante de la culture (Temporal Temperature Gel Electrophoresis sur une portion du gène recA). En cas de mise en évidence d’une spécificité de ces souches, des études de virulence approfondies (phénotypes, séroréactivité, résistance aux antibiotiques...) pourront être menées afin d’adapter la prise en charge des patients de chirurgie cardiaque.