Mise en place d`un pipeline automatique pour l`étude de la

Sujet de Stage
Ingénieur 3A / Master 2 recherche
Université de Strasbourg
Laboratoire ICube / IGBMC - ICS
Durée : 6 mois
Période : de mars 2016 à Septembre 2016
Mise en place d’un pipeline automatique pour l’étude de
la morphométrie de l’embryon de souris en imagerie
scanner X
Equipes d’accueil :
• Modèles, Images, Vision (MIV) : http://icube-miv.unistra.fr/ au sein du laboratoire
ICube (site d’Illkirch)
• Imagerie Multimodal Intégrative en Santé (IMIS) : http://icube-imis.unistra.fr/ au sein
du laboratoire ICube (site de l’hôpital civil, Strasbourg)
• Institut de Génétique et de Biologie Moléculaire (IGBMC) et l’Institut Clinique de la
Souris (ICS)
Encadrants de stage :
• Vincent Noblet (MIV, ICube)
• Julien Lamy (IMIS, ICube)
• Fabien Pertuy (IGBMC, ICS)
Descriptif du sujet :
Ce stage consistera à développer des outils d’analyse d’images pour conduire des études
morphométriques sur des cohortes d’embryons de souris acquises en imagerie scanner X. Ce travail
bénéficiera des développements méthodologiques déjà réalisés au sein d’un précédent projet sur la
morphométrie cérébrale de la souris en IRM. L’objectif est d’une part de mettre en place et d’optimiser
un pipeline de segmentation multi-atlas, puis de développer des outils pour faire de la comparaison
voxel à voxel des variations locales de volume entre deux populations. Les méthodes développées
seront implantées en Python ou C++ et intégrées dans la plateforme logicielle Medipy
(http://plateforme.icube.unistra.fr/imagines/index.php/Logiciels_Traitement_Images/).

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Figure'1'Comparaison'de'populations'd’embryons'de'souris'(Wong'et#al.,'Development,'141(12),'2014')
Compétences requises :
• Programmation Python et C++
• Connaissances en traitement des images
Rémunération :
Gratification de stage conformément à la réglementation en vigueur.
Envoi de candidature (CV+lettre de motivation) à Vincent Noblet ([email protected]r)
et Julien Lamy ([e-mail]).