Rapport d`avancement de la thèse d`Université en Génie biologique

Rapport d’avancement de la thèse d’Université en Génie biologique de Mme Sondes karrayChouayekh intitulé : Criblage
moléculaire des gènes de prédisposition BRCA1 et
BRCA2 dans les cancers du sein héréditaire chez des patientes tunisienne.
Etude du statut de méthylation dans le cancer du sein héréditaire et
sporadique
Le cancer de sein est le cancer le plus fréquent chez la femme dans le monde et également en Tunisie.
La prédisposition génétique pour le développement d’un cancer du sein héréditaire est de 5 à 10 % des
formes sporadiques. Ce cancer héréditaire est caractérisé par son apparition à un âge jeune.
Les gènes BRCA1 et BRCA2 (Breast Cancer 1 et 2) sont des gènes de prédisposition héréditaire au
cancer du sein et de l’ovaire. Des mutations dans ces deux gènes se transmettent selon le mode
autosomique dominant pouvant toucher différents exons ou les régions de jonction intron- exon et
seraient de se fait responsable d’approximativement 45% du cancer de sein héréditaire et de plus de
80% des cancers héréditaire sein-ovaires. Majoritairement responsables des formes familiales où sont
également observés des cas de cancer de l’ovaire ou de cancer de sein chez l’homme, elles sont par
contre moins impliquées dans les familles présentant uniquement des cas de cancer de sein chez la
femme. Ceci suggère l’implication d’autres gènes de susceptibilité pour expliquer la concentration de
cancer de sein familiaux non associé à des mutations dans BRCA1 et BRCA2.
BRCA1 est une phosphoprotéine nucléaire associé à l’ARN polyméraseII, qui agirait en tant que
régulateur transcriptionnel. BRCA1 est une protéine qui réqule négativement la croissance des cellules
épithéliales mammaire, cette fonction se trouve compromise dans les cancers du sein héréditaire en
raison des mutations dans le gène BRCA1.
Le sujet de ma thèse comporte trois parties distinct, la première partie porte sur la recherche de
mutations dans les gènes BRCA1 et BRCA2 chez des familles où des cancers de sein et de l’ovaire
sont diagnostiqués avant et après l’âge de 40 ans avec une fréquence d’au moins 2 à 3 cas par famille
chez les apparentés de 1er degré.
La méthodologie est PCR-séquençage direct et la PCR-SSCP sur les exons 2 et 11 où des mutations
(substitutions, délétion, insertion) ont été déjà décrites dans la littérature dans un premier temps. Cette
étude nous a mené à identifier plusieurs polymorphismes dans l’exon 11 certains sont déjà connus, et
d’autres ne sont pas cités dans la banque SNP (Single Nucleotide Polymorphism).
L’absence des mutations déjà connues nous a conduit à séquencer d’autres régions des gènes BRCA1
et BRCA2 et ce après une analyse préliminaire par SSCP (Single Strand conformation polymorphism).
L’absence des mutations connues dans les exons 11 et 2, nous a conduit à développer d’autres
approches génétiques comme :
•
PTT (protein truncation test) : aucunes mutations de troncature dans l’exon11 n’a été
trouvée.
•
PCR RFLP (restriction fragment length polymorphism ) afin d’étudier le polymorphisme
du codon 72 du gène P53 dans la population cancer de sein héréditaire.
•
Erreur d’assortiment de PCR (Mismatch PCR) et digérer avec l’enzyme de restriction
adéquate pour distinguer l’allèle mutant de l’allèle sauvage dans des sites hot spot.
En raison de la grande taille des gènes et de l’absence de régions hot spot pour les mutations, nous
avons utilisé une étape de préscreening par DHPLC (Denaturing high performance liquid
chromatography) en collaboration avec un laboratoire à l’hôpital d’enfant à Tunis.
La seconde partie de ma thèse porte sur l’analyse du statut de méthylation de différents des
gènes suppresseurs de tumeurs par l’approche MSP (methylation-specific PCR). Rappellent que cette
modification épigénétique est un moyen de contrôle crucial dans l’expression des gènes chez les
eucaryotes. Actuellement, on sait que plusieurs gènes clés sont éteints transcriptionnellement dans les
cellules cancéreuses suite à la méthylation de leur promoteur.
Notre étude a porté sur l’analyse des gènes BRCA1, RASSF1A, E-cadhérine , RARbéta et P16. Nous
avons montré qu’au moins 2 gènes sont méthylés chez toutes les patientes. La corrélation de la
méthylation avec les paramètres cliniques est en cours. Ces résultats seront prochainement publiés
La troisième partie de ma thèse est en complémentarité avec le travail moléculaire, une étude
par Immunohistochimie est réalisé pour analyser l’expression de six gènes qui ont une relation étroite
avec le cancer, dans les biopsies tumorales du sein, afin de trouver une relation entre les paramètres
clinique et les paramètres moléculaire.
Ce sujet est réalisé en collaboration avec le service de radiologie et de cancérologie ainsi que
avec le service d’Anatomopathologie du CHU de Sfax qui nous fournira les échantillons sanguins et
éventuellement les biopsies tumorales des membres des différentes familles.
Une des retombées de ce sujet est la réalisation d’un conseil génétique très utile pour les familles
puisque dans le cas de la confirmation de la forme héréditaire du cancer de sein, un suivie médical
s’avère indispensable.
Pr Raja Gargouri
LGME-CBS