Master Ecosciences, Microbiologie Parcours Recherche « Ecologie Microbienne » Bâtiment Dubois – 2ème étage Université Claude Bernard Lyon 1 69622 – VILLEURBANNE CEDEX Tel : 04 72 43 13 77 E-mail : [email protected] http://spiralconnect.univ-lyon1.fr/webapp/website/website.html?id=3170502 PROPOSITION SUJET de MASTER 2015-2016 TITRE Influence du pH et de la teneur en matière organique du sol sur l’écotoxicité des nanoparticules de TiO2 vis-à-vis de populations bactériennes dénitrifiantes Nom, Prénom du Maitre de Stage : Agnès Richaume-Jolion Qualité : Professeure Téléphone : 04 72 43 26 50 E-mail : [email protected] Laboratoire d’accueil, Responsable et équipe : Adresse : UMR CNRS 5557 - Ecologie Microbienne Lyon Université Claude Bernard Lyon 1 43, Boulevard du 11 Novembre 1918 69622 VILLEURBANNE CEDEX Direction : Yvan Moenne Loccoz Equipe «Diversité fonctionnelle microbienne et cycle de l’azote » (Responsables : X Le Roux, T. Pommier) Nom du candidat éventuellement proposé : S'il n'est pas retenu, acceptez-vous un autre candidat ? Oui - Non Description du sujet au verso Sujet (objectif, démarche et technique, collaboration(s),...) : Contexte L’utilisation de nanoparticules (NPs), particulièrement le TiO2, dans de nombreux produits de consommation courante, conduit à une augmentation de leur concentration dans l’environnement. Les sols sont concernés par ce type de contamination via les amendements agricoles qui entrainent une augmentation de la concentration en NPs de TiO2 estimée entre 0,94 et 3,6 mg kg-1 par an. L’écotoxicité microbienne des NPs de TiO2 a été étudiée dans des sols présentant des caractéristiques contrastées en termes de texture et de teneurs en matière organique. Dans la plupart des sols, aucune des concentrations testée (1 et 500mg/kg) n'a eu d’effet sur la minéralisation potentielle du carbone ou l'abondance des bactéries après 90 jours d’incubation. La diminution de l’activité et du nombre de bactéries n’ont été observés que dans un sol argileux présentant une forte teneur en matière organique. Ce paramètre est connu pour modifier l’agrégation des nanoparticules qui est conditionne leur toxicité. Nous avons montré que l’activité nitrifiante diminue de 60% et que cette baisse s’accompagne d’une diminution de l’abondance des bactéries et archées impliquées. L’activité dénitrifiante est elle aussi réduite alors qu’aucune diminution du nombre de bactéries dénitrifiantes n’a été observé. Ceci laisse supposer que la toxicité s’exerce soit directement sur les enzymes impliquées soit en amont, au niveau de la synthèse de ces enzymes. Ces résultats nous ont donc conduit à nous interroger i) sur le lien existant entre la toxicité des NPs de TiO2 et les paramètres physico-chimiques de l’environnement, notamment le pH et la teneur en matière organique et ii) les conséquences de la présence des NPs de TiO2 sur l’expression des gènes clés de la dénitrification et/ou le fonctionnement des enzymes. Objectif Le projet proposé dans le cadre de ce master a pour objectif d’évaluer l’influence des paramètres physico-chimiques du sol, notamment le pH et la teneur en matière organique sur la toxicité de NPs de TiO2 vis-à-vis de populations bactériennes dénitrifiantes modèles. Démarche Différentes concentrations en NPs seront testées sur des cultures pures de bactéries dénitrifiantes préalablement cultivées dans des conditions favorisant ou non la synthèse des enzymes dénitrifiantes. Le choix de ces souches sera fait sur la base d’études préliminaires ayant testés l’impact de différentes concentrations en NPs sur les paramètres caractéristiques de la croissance dans des conditions définies (taux de croissance, biomasse produite). Les cellules préalablement induites ou non, seront incubées, à densité équivalente, en conditions de dénitrification (ie en anaérobiose en présence de nitrate) dans différentes suspensions de sols préalablement stérilisées. Le choix des sols permettra de comparer des teneurs faibles et fortes en matière organique et des pH acide ou neutre. La toxicité des NPs sera évaluée i) en mesurant le dégagement de N2O en chromatographie en phase gazeuse ce qui permettra d’évaluer le fonctionnement des enzymes, ii) en quantifiant l’expression de gènes clés de la dénitrification (gènes nirS ou nirK et nosZ) par digital droplet PCR (ddPCR). Le travail expérimental sera réalisé sur la plateforme AME de l’UMR 5557 pour les mesures d’activité dénitrifiante et au DTAMB, plateforme de la FR 41 pour l’étude de l’expression des gènes pas ddPCR. L(a)e candidat(e) devra montrer un intérêt pour les problématiques d’écotoxicologie, maitriser les concepts d’écologie et de fonctionnement des écosystèmes et avoir une bonne maîtrise des outils statistiques pour l’analyse des données