agextpbiochphys05

AGREGATION
DE
BIOCHIMIE – GENIE BIOLOGIQUE
CONCOURS EXTERNE
Session 2005
TRAVAUX PRATIQUES
DE
BIOCHIMIE – PHYSIOLOGIE
ALCOOL ET FOIE
L’éthanol, psychotrope puissant, est absorbé passivement dans l’intestin puis emprunte la
veine porte vers le foie, siège principal de son métabolisme. L’espace de diffusion de l’alcool
est voisin de celui de l’eau, de l’ordre de 65% du poids corporel chez l’homme.
Le métabolisme de l’alcool se fait essentiellement (95%) au niveau du foie. Le métabolisme
extra-hépatique est réalisé par voies urinaire, alvéolaire, cutanée et salivaire.
La détoxification de l’éthanol chez les mammifères est assurée par les activités enzymatiques
« alcool déshydrogénase ». Dans le foie, il existe deux activités « alcool déshydrogénase »
principales, l’une prépondérante, cytosolique, est assurée par les isoformes de l’alcool
deshydrogénase, enzyme à zinc (ADH : Ethanol-NAD+-oxydoréductase (EC 1.1.1.1), et
l’autre, membranaire, par les cytochromes P450 (CYP2E1) dépendants du NADP+.
Le sujet propose lors de cette séance de travaux pratiques :
- l’étude du mécanisme réactionnel et de quelques aspects structuraux et fonctionnels de
l’ADH de foie de cheval ;
- la mise en évidence des effets sur la fonction « alcool déshydrogénase » hépatique après
une intoxication aiguë provoquée par cette molécule chez la souris.
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1. Thermodénaturation de l’ADH
1.1. Thermodénaturation de l’ADH en absence des substrats
Préparer quatre tubes à hémolyse avec bouchons contenant :
- 20 µL de solution d’ADH
- 1000 µL de tampon
Incuber 0, 3, 6 et 9 minutes en bain thermostaté à 75°C.
Transférer ces tubes en glace fondante.
Pré-incuber deux minutes à 30°C.
Ajouter 100 µL de solution de NAD+.
Démarrer la réaction par ajout de 100 µL d’éthanol
Après une minute exactement d’incubation à 30°C introduire 2 mL d’une solution d’urée
saturée et préchauffée à 75°C, puis transférer cinq minutes dans la glace.
Equilibrer en température dix minutes minimum à température ambiante, lire les absorbances
à 340 nm en cuve pour spectrophotométrie UV contre un témoin de compensation
convenable.
1.2. Thermodénaturation de l’ADH en présence des subtrats
1.2.1. Thermodénaturation de l’ADH en présence d’éthanol
Préparer quatre tubes à hémolyse avec bouchons contenant :
- 20 µL de solution d’ADH
- 1000 µL de tampon
- 100 µL d’éthanol
Incuber 0, 3, 6 et 9 minutes en bain thermostaté à 75°C.
Transférer ces tubes en glace fondante.
Pré-incuber deux minutes à 30°C.
Démarrer la réaction par ajout de 100 µL de solution de NAD+.
Après une minute exactement d’incubation à 30°C introduire 2 mL d’une solution d’urée
saturée préchauffée à 75°, puis transférer cinq minutes dans la glace.
Equilibrer en température dix minutes minimum à température ambiante, lire les absorbances
à 340 nm en cuve pour spectrophotométrie UV contre un témoin de compensation
convenable.
1.2.2. Thermodénaturation de l’ADH en présence de NAD+
Préparer cinq tubes à hémolyse avec bouchons contenant :
- 20 µL de solution d’ADH
- 1000 µL de tampon
- 100 µL de solution de NAD+
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Incuber 0, 3, 6 et 9 minutes en bain thermostaté à 75°C.
Transférer ces tubes en glace fondante.
Pré-incuber deux minutes à 30°C.
Démarrer la réaction par ajout de 100 µL d’éthanol.
Après une minute exactement d’incubation à 30°C introduire 2 mL d’une solution d’urée
saturée préchauffée à 75°C, puis transférer cinq minutes dans la glace.
Equilibrer en température dix minutes minimum à température ambiante, lire les absorbances
à 340 nm en cuve pour spectrophotométrie UV contre un témoin de compensation
convenable.
Réactifs
• Tampon Gly pH 8,8
ß - glycine
100 mmol.L-1
ß - EDTA
0,25 mmol.L-1
ß - KCl
40 mmol.L-1
+
-1
• NAD
40 mmol.L en solution aqueuse
• ADH
Solution aqueuse d’ADH de foie de cheval
• Ethanol
174 mmol.L-1 en solution aqueuse
• Urée
Solution saturée
1.3. Compte rendu
- Indiquer et justifier la composition du témoin de compensation.
- Présenter l’ensemble des résultats expérimentaux sous forme d’un tableau.
- Exploiter ces résultats à l’aide d’une représentation graphique.
- Déterminer la constante de vitesse de dénaturation dans chacun des cas.
- Analyser et interpréter l’ensemble des résultats.
2. ADH et spécificité de substrats
Tester successivement l’activité ADH sur les quatre substrats proposés selon le protocole cidessous.
2.1. Mode opératoire
Introduire en tubes à hémolyse :
- 20 µL de solution d’ADH
- 1000 µL de tampon
- 100 µL de solution de NAD+
Pré-incuber deux minutes à 30°C.
Démarrer la réaction avec 100 µL de substrat.
Après une minute exactement d’incubation à 30°C, introduire 2 mL d’une solution d’urée
saturée préchauffée à 75°C, puis transférer cinq minutes dans la glace.
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Equilibrer en température dix minutes minimum à température ambiante, lire les absorbances
à 340 nm en cuve pour spectrophotométrie UV contre chacun des témoins de compensation
convenables.
Réactifs
• Tampon gly pH 8,8
ß - glycine
100 mmol.L-1
ß - EDTA
0,25 mmol.L-1
ß - KCl
40 mmol.L-1
• NAD+
40 mmol.L-1 en solution aqueuse
• ADH
Solution aqueuse d’ADH de foie de cheval
• Méthanol
174 mmol.L-1 en solution aqueuse
• Ethanol
174 mmol.L-1 en solution aqueuse
• Propanol-1
174 mmol.L-1 en solution aqueuse
• Propanol-2
174 mmol.L-1 en solution aqueuse
• Butanol-1
174 mmol.L-1 en solution aqueuse
• Urée
Solution saturée
2.2. Compte rendu
Indiquer et justifier la composition des témoins de compensation.
Présenter les résultats sous forme de tableau.
Analyser et interpréter les résultats obtenus.
3. Influence de l’orthophénanthroline sur l’activité ADH
3.1. Mode opératoire
Préparer six tubes à hémolyse avec bouchons selon le tableau ci-dessous :
Tubes
Tampon gly (µL)
ADH (µL)
NAD+ (µL)
Ethanol (µL)
Orthophénanthroline (µL)
H2SO4 (µL)
1
1000
20
2
1000
20
3
1000
20
100
20
20
4
1000
20
100
5
1000
20
6
1000
20
100
100
20
20
20
20
Prévoir deux témoins de compensation, un témoin pour les tubes 1, 3, 5 et un témoin pour les
tubes 2, 4, 6.
Boucher hermétiquement les tubes.
Incuber chaque tube deux heures à 30°C.
Mesurer l’activité enzymatique résiduelle selon les protocoles ci-dessous.
Tubes 1 et 2
Ajouter 100 µL de solution de NAD+.
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Démarrer la réaction par ajout de 100 µL d’éthanol.
Après une minute exactement d’incubation à 30°C, introduire 2 mL d’une solution d’urée
saturée préchauffée à 75°C, puis transférer cinq minutes dans la glace.
Après dix minutes minimum à température ambiante, lire les absorbances à 340 nm en cuve
pour spectrophotmétrie UV contre un témoin de compensation convenable.
Tubes 3 et 4
Démarrer la réaction par ajout de 100 µL d’éthanol.
Après une minute exactement d’incubation à 30°C, introduire 2 mL d’une solution d’urée
saturée préchauffée à 75°C, puis transférer cinq minutes dans la glace.
Après dix minutes minimum à température ambiante, lire les absorbances à 340 nm en cuve
pour spectrophotmétrie UV contre un témoin de compensation convenable.
Tubes 5 et 6
Démarrer la réaction par ajout de 100 µL de solution de NAD+.
Après une minute exactement d’incubation à 30°C, introduire 2 mL d’une solution d’urée
saturée préchauffée à 75°C, puis transférer cinq minutes dans la glace.
Après dix minutes minimum à température ambiante, lire les absorbances à 340 nm en cuve
pour spectrophotométrie UV contre un témoin de compensation convenable.
Réactifs
• Tampon gly
•
•
•
•
•
pH 8,8
- glycine
100 mmol.L-1
- EDTA
0,25 mmol.L-1
- KCl
40 mmol.L+
-1
NAD
40 mmol.L en solution aqueuse
ADH
Solution aqueuse d’ADH de foie de cheval
Ethanol
174 mmol.L-1 en solution aqueuse
Orthophénanthroline 50 mmol.L-1 en solution H2SO4 à 50 mmol.L-1
H2SO4
50 mmol.L-1 en solution aqueuse
ß
ß
ß
3.2. Compte rendu
- Indiquer et justifier la composition des deux témoins de compensation utilisés.
- Interpréter l’ensemble des résultats expérimentaux et conclure.
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Donnée
Structure développée de l’orthophénanthroline
N
N
4. Intoxication aiguë à l’éthanol chez la souris
Le candidat dispose de deux souris euthanasiées par dislocation cervicale. L’intoxication
aiguë à l’éthanol a été réalisée sur l’une d’entre elles par injection intrapéritonéale à raison de
1 g d’éthanol par kg.
4.1. Préparation d’extraits hépatiques
Prélever le foie des deux souris et les disposer dans deux boîtes de Pétri contenant de l’eau
physiologique.
Pour chacun des foies, prélever, dans la région péri-veineuse, quatre fragments de tissu de 0,1
à 0,2 g et les disposer dans quatre microtubes de 1,5 mL.
- broyer le tissu à l’aide d’un piston GDS ;
- ajouter 200 µL de KCl ;
- homogénéiser avec le piston GDS puis ajouter à nouveau 300 µL de KCl.
Centrifuger pendant 10 minutes à 15 000 x g.
Rassembler dans un tube à hémolyse « A » les quatre surnageants correspondant à la souris
traitée.
Faire de même « NT » pour les extraits hépatiques de la souris non traitée.
Ajouter dans chaque tube 2 mL de KCl.
Conserver dans la glace fondante.
4.2. Activité spécifique ADH dans les extraits hépatiques
4.2.1. Détermination de l’activité ADH-NAD+ dépendante
Mode opératoire
Ajouter en semi-microcuves pour spectrophotométrie UV :
- 1 mL de tampon gly
- 100 µL d’éthanol
- 100 µL de solution de NAD+
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Pré-incuber à 30°C pendant une minute dans le portoir thermostaté du spectrophotomètre.
Ajouter 100 µL d’extrait hépatique.
Homogénéiser.
Fixer la référence de la mesure d’absorbance puis déclencher la mesure.
Réglages du spectrophotomètre :
- longueur d’onde 340 nm ;
- thermostatisation 30°C ;
- temps de latence 10 secondes ;
- mesures pendant 30 secondes ;
- incrément de mesure 5 secondes.
4.2.2. Dosage des protéines
Le réactif est constitué d’acide bicinchoninique (BCA) et d’ions cuivriques en milieu alcalin.
Les ions cuivreux générés par réduction par les protéines forment avec le BCA un complexe
stable et intensément coloré (lmax = 562 nm).
Réaliser une gamme d'étalonnage de 0 à 25 µg de protéines par tube à partir d'une solution de
sérumalbumine bovine (SAB) à 250 µg.mL-1.
Mode opératoire
Introduire dans une semi microcuve pour spectrophotométrie visible :
Extrait hépatique dilué au 1/4 en liquide physiologique
10 µL
Liquide physiologique
90 µL
Réactif BCA
1 mL
Incuber à l’étuve à 37°C pendant 30 minutes.
Lire l'absorbance à 562 nm contre un témoin de compensation convenable.
4.2.3. Compte rendu
- Présenter un tableau de gamme d’étalonnage complet.
- Déterminer la concentration protéique de chacun des extraits hépatiques en mg de
protéines par mL d’extrait.
- Indiquer dans un tableau les résultats obtenus pour l’activité ADH des extraits « A » et
« NT ».
- En déduire les activités spécifiques de chacun des extraits.
- Conclure.
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4.3. Activité spécifique alcool deshydrogénase NADP+ dépendante dans les
extraits hépatiques
Les cytochromes sont des protéines héminiques. Ils contiennent du fer ferreux ou ferrique. Ce
sont des constituants des chaînes respiratoires ou, dans le cas particulier des cytochromes
P450, des protéines à activité alcool deshydrogénase NADP+ dépendante.
4.3.1. Mise en évidence des cytochromes P450
La forme oxydée du cytochrome P450 présente une bande d’absorption à 410 nm qui se
déplace à 430 nm lorsque celui-ci est totalement réduit.
Mode opératoire
Pour chacun des extraits hépatiques :
Introduire dans deux semi-microcuves pour spectrophotométrie visible :
- 500 µL d’extrait
- 500 µL de KCl
Dans l’une des cuves ajouter une pointe de spatule de dithionite de sodium (réducteur) et
agiter.
- Réaliser le spectre différentiel entre 400 et 450 nm.
- Mesurer les absorbances à 410 et 430 nm, calculer la différence des absorbances (DA).
- Exprimer le rapport DA / concentration en protéines.
4.3.2. Détremination d’activité spécifique alcool deshydrogénase NADP+ dépendante
Mode opératoire
Introduire dans une semi-microcuves pour spectrophotométrie UV :
- 1 mL de tampon
- 100 µL d’éthanol
- 100 µL de solution de NADP+
Pré-incuber à 30°C pendant une minute dans le portoir thermostaté du spectrophotomètre.
Ajouter 100 µL d’extrait hépatique.
Homogénéiser.
Fixer la référence de la mesure d’absorbance puis déclencher la mesure.
Réglages du spectrophotomètre :
- longueur d’onde 340 nm ;
- thermostatisation 30°C ;
- temps de latence 10 secondes ;
- mesures pendant 30 secondes ;
- incrément de mesure 5 secondes.
- Page 8 sur 9 -
Réactifs
•
•
•
•
•
•
•
•
•
Eau physiologique
NaCl 9 g.L-1 en solution aqueuse
KCl
150 mmol.L-1 en solution aqueuse
Dithionite de sodium
Tampon gly
pH 8,8
ß - glycine
100 mmol.L-1
ß - EDTA
0,25 mmol.L-1
ß - KCl
40 mmol.L-1
+
NAD
40 mmol.L-1 en solution aqueuse
NADP+
40 mmol.L-1 en solution aqueuse
Ethanol
174 mmol.L-1 en solution aqueuse
Réactif BCA
mélange extemporané de 5 volumes d’acide
bicinchoninique pH 11,25 et de 0,1 volume de CuSO4 à 4 %
Albumine sérique bovine
250 mg/L en liquide physiologique
4.3.3. Compte rendu
- Mesurer sur le spectre la différence d’absorbance (DA) entre 410 et 430 nm.
- Calculer le rapport (DA/concentration en protéines) pour chaque extrait.
- Comparer ces deux résultats et interpréter.
- Déterminer l’activité spécifique alcool deshydrogénase NADP+ dépendante.
- Conclure.
- Page 9 sur 9 -