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Gilles Godefroid
Curriculum Vitae
Site web personnel
URL : www.gilles-godefroid.com
Sommaire des compétences
Générales
5 ans d’expérience, comme bio-informaticien en recherche génomique.
Très bonnes compétences, en analyse et programmation.
Méticuleux et précis.
Autonome, et capable de travailler en équipe.
Informatiques
Langages Perl, R, Python, bash, awk, Java, PHP, HTML, CSS, Javascript,
JQuery, Androïd, IOS, LATEX
Frameworks Wordpress, Bootstrap
Data Mining Recherche de motifs fréquents fermés, logiciel Coron
SGBD MySQL, SQL Developper, PostgreSQL
Systèmes Mac OSX, Linux(Ubuntu, Suse, Fedora), Windows
d’exploitation
Serveur Wamp, Lamp, Mamp
Réalisations informatiques
Conception de pipelines, de traitement de données en vue d’analyses GWAS, en
Perl, R, Python, bash awk,...
— sélection de SNPs,
— sélection de CNV,
Conception d’un pipeline, de data-mining de recherche de motifs fréquents fermés
dans des données de génotypage, dans le cadre de ma maîtrise en informatique.
— recherche de motifs fréquents fermés significativement différents dans une population
malade et une population saine,
— pipeline construit en Perl, awk, bash,
— parallélisation des scripts pour un traitement sur les serveurs de Calcul Québec
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T (514) 273 1044 • B [email protected]
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Réalisations informatiques(suite)
Développement d’un logiciel Java, encapsulant le programme ClustalW2,
dans le cadre du DESS en bio-informatique.
— réalisation d’une interface graphique mimant l’interface web de ClustalW2,
— paramétrage de la ligne de commande de ClustalW2,
— interrogation de ClustalW2 par ligne de commande.
Conception d’un site web dynamique, permettant la consultation des résultats
de recherche de l’équipe d’Opti-Théra.
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base de données MySQL consultable et interrogeable par une interface web,
conception en PHP et MySQL,
serveur Lamp,
accès sécurisé utilisateur et administrateur.
Conception et mise à jour de la base de données citée ci-dessus.
Implémentation d’un cadre d’inférence phylogénomique, permettant de comparer l’influence de différentes méthodes de reconstruction des alignements tirés
de fichiers MAF sur la qualité des arbres obtenus, dans le cadre du DESS en bioinformatique.
— conception du pipeline de traitement de données,
— conception de scripts Perl, utilisant les librairies bioPerl et Statistics,
— appel en ligne de commande de divers logiciels :
— PhyML,
— RF-SFR,
— RF-Report (Calcul de la distance de Robinson Foulds)
— création d’un site web dynamique permettant l’appel de ce pipeline.
Projets en cours
Conception d’un système expert de pharmacogénétique
— utilisation de Jess,
— interface en Java.
Expérience professionnelle
Informatique
2011–24 juin Bio-informaticien, CRCHUM-Prognomix, Montréal.
2016
— conception, maintenance de sites web dynamiques (HTML, PHP, CSS, Javas-
cript, JQuery),
conception de pipelines de traitement de données (Perl, R, Bash, awk),
réalisation et analyse d’études GWAS (Impute2, SNPTest, Plink),
analyse de Pathways obtenus à partir de GWAS (IPA),
études statistiques de pouvoir de prédiction, reclassification de lots de SNPs (ROV
Curves, AUC, NRI),
— conception, importation et maintenance de bases de données relationnelles,
— data-mining (Bi-clustering, recherche de motifs fréquents fermés et de motifs rares).
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2011 Responsable de projet, contrat de trois mois, Gestion-Ressources, Montréal,
Adaptation d’un logiciel ERP au contexte de la santé au Québec.
— gestion et coordination de l’équipe,
— préparation d’une présentation destinée aux futurs clients,
— préparation du site web, de la documentation et des tutoriels.
Autres
1989-2006 Directeur de clinique vétérinaire, Clinique vétérinaire du Dr Godefroid, France.
— pratique de la médecine et de la chirurgie vétérinaire (chiens, chats, bovins, reptiles,
rongeurs),
— gestion du plateau technique de la clinique,
— gestion des finances et des ressources humaines.
Scolarité
2011–2016 Maîtrise d’informatique, Université du Québec à Montréal, Montréal.
2009–2011 Diplôme d’études supérieures spécialisées en bio-informatique, Université du
Québec à Montréal, Montréal.
1989 Baccalauréat en santé animale, Reconnaissance officielle du Ministère de l’immigration et des communautés culturelles, pour un doctorat en Médecine Vétérinaire.
Mémoire de maîtrise
Titre Utilisation de techniques de fouille de données dans l’interprétation de données de
génotypage.
Directeur de Professeur Petko Valtchev Université du Québec à Montréal
recherche
Co-directrice Professeur Johanne Tremblay Université de Montréal
Certifications
Udemy jQuery
Udemy IOS 10 et Swift 3
Prix et distinctions
Obtention D’une moyenne de 4 sur 4.3, Maîtrise en Informatique, Université du
Québec à Montréal.
Obtention d’une moyenne de 4.11 sur 4.3, mention d’honneur, DESS en
bio-informatique, Université du Québec à Montréal.
Médaille de bronze du prix de thèse 1989, Faculté de médecine de Créteil,
France, Thèse de doctorat vétérinaire : "Manuel de posologie pour Carnivores
domestiques".
Lauréat de l’École Vétérinaire d’Alfort et de la faculté de médecine de
Créteil.
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Activités paraprofessionnelles et implication sociale
2008-2016, président du conseil d’administration d’un organisme sans but lucratif
en employabilité (CODEM)
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