Réalisations informatiques(suite)
Développement d’un logiciel Java
, encapsulant le programme ClustalW2,
dans le cadre du DESS en bio-informatique.
— réalisation d’une interface graphique mimant l’interface web de ClustalW2,
— paramétrage de la ligne de commande de ClustalW2,
— interrogation de ClustalW2 par ligne de commande.
Conception d’un site web dynamique
, permettant la consultation des résultats
de recherche de l’équipe d’Opti-Théra.
— base de données MySQL consultable et interrogeable par une interface web,
— conception en PHP et MySQL,
—serveur Lamp,
—accès sécurisé utilisateur et administrateur.
Conception et mise à jour de la base de données citée ci-dessus.
Implémentation d’un cadre d’inférence phylogénomique
, permettant de com-
parer l’influence de différentes méthodes de reconstruction des alignements tirés
de fichiers MAF sur la qualité des arbres obtenus, dans le cadre du DESS en bio-
informatique.
— conception du pipeline de traitement de données,
— conception de scripts Perl, utilisant les librairies bioPerl et Statistics,
— appel en ligne de commande de divers logiciels :
—PhyML,
—RF-SFR,
—RF-Report (Calcul de la distance de Robinson Foulds)
— création d’un site web dynamique permettant l’appel de ce pipeline.
Projets en cours
Conception d’un système expert de pharmacogénétique
— utilisation de Jess,
—interface en Java.
Expérience professionnelle
Informatique
2011–24 juin
2016
Bio-informaticien,CRCHUM-Prognomix, Montréal.
—
conception, maintenance de sites web dynamiques (HTML, PHP, CSS, Javas-
cript, JQuery),
— conception de pipelines de traitement de données (Perl, R, Bash, awk),
— réalisation et analyse d’études GWAS (Impute2, SNPTest, Plink),
— analyse de Pathways obtenus à partir de GWAS (IPA),
—
études statistiques de pouvoir de prédiction, reclassification de lots de SNPs (ROV
Curves, AUC, NRI),
— conception, importation et maintenance de bases de données relationnelles,
—
data-mining (Bi-clustering, recherche de motifs fréquents fermés et de motifs rares).
7357 ave Casgrain – Montréal, Quebec H2R 1Y4