Infection experimentale chez Crassostrea gigas - Archimer

UNIVERSITE DE LA ROCHELLE
ECOLE DOCTORALE
THESE
Pour obtenir le grade de
DOCTEUR DE L'UNIVERSITE DE LA ROCHELLE
Discipline : Biologie
Présentée et soutenue publiquement
Par
Mélanie GAY
Le 10 décembre 2004
Infection expérimentale chez Crassostrea gigas :
étude de deux souches pathogènes apparentées à
Vibrio splendidus
JURY
Mme Anne-Marie PONS
Mme Frédérique LE ROUX
M. Brian AUSTIN
M. Colin R. TINSLEY
M. Pierre MIRAMAND
M. Joël GATESOUPE

REMERCIEMENTS
Je tiens tout d'abord à exprimer toute ma reconnaissance aux membres de ce
jury de thèse : à Brian Austin et Colin R. Tinsley pour avoir accepté d’être
rapporteurs de ce travail ainsi qu’à Pierre Miramand et à Joël Gatesoupe.
Je remercie Frédérique Le Roux, encadrante scientifique de cette thèse, qui m'a
donné l'opportunité de travailler sur cet animal hors norme, l'huître, et qui a su
me faire apprécier la biologie moléculaire.
Je voudrais adresser mes sincères remerciements à Anne Marie Pons pour avoir
accepté de diriger ce travail de thèse et du coup de plonger dans le monde des
huîtres. Grâce à toi, j'ai découvert que, même si ce n'est pas mon fort, la
biochimie a parfois du bon…
Je tiens à remercier André Gérard et Philippe Goulletquer, directeurs successifs
du Laboratoire de Génétique et Pathologie et de la station Ifremer de La
Tremblade, pour leur accueil et leur soutien tout au long de cette thèse.
J'exprime également toute ma reconnaissance à l'Ifremer et au Conseil Régional
de Poitou-Charentes qui ont co-financé ce travail.
Une partie de ce travail a été effectuée au Laboratoire de Biotechnologies et de
Chimie Bio-organique de l'Université de La Rochelle, dirigé par Marie-Dominique
Legoy que je remercie pour son accueil.
Je tiens à exprimer toute ma gratitude aux membres de mon comité de thèse
pour leurs conseils et leur soutien. Merci à Jean-Louis Nicolas, Jean-Michel
Escoubas, Jean-François Bernardet, Colin R. Tinsley et Tristan Renault qui
avaient bravé les éléments en ce jour de janvier 2003.
Un grand merci à Jean-François Auvray, Christian Giraudeau et Yves Papin. Ils
m'ont fourni des huîtres ou des palourdes pour que je puisse assouvir mes
pulsions de serial killer de mollusques.
Ce fut un réel plaisir de travailler au sein de l'équipe de pathologie de La
Tremblade.
Je tiens à adresser de chaleureux remerciements à Tristan Renault, il a toujours
été disponible pour passer du temps à me faire découvrir les multiples secrets
des huîtres, leurs organes, leurs cellules, et tant d'autres choses encore, sans
parler de toutes les fois où "Tristan, je peux te poser une question??"…

Qu'aurait été ce travail sans l'équipe Répamo ?? La collection de souches aurait
bien eu du mal à être constituée sans les huîtres qu'ils me fournissaient. Et plus
tard, Céline Garcia, Bruno Chollet, Maeva Robert, Isabelle Arzul et Jean-Pierre
Joly ont toujours été là pour venir voir les trucs bizarres sur mes lames… (y a
pas à dire les huîtres de Fouras sont riches en éléments "bizarroïdes") ou pour
répondre à mes questions diverses et variées!!
Sans oublier le reste de l'équipe : Franck Berthe (le "papa" de la bactériologie à
La Tremblade), Nathalie Cochennec, Nicole Faury (Victor toujours!), Anne
Goubet, Nolwenn Kerdudou, Laurence Miossec (bon courage pour l'écologie
microbienne!), Jean-François Pépin, Denis Saulnier et Anne Thébault.
Un grand merci à toute l'équipe génétique et/ou écloserie : Pierre Boudry, Sylvie
Lapègue, Helen McCombie, Edouard Bédier, Raphaël Brizard, Serge Heurtebise,
Christophe Ledu, Pascal Phelipot, Frédéric Blouin, Jean-Cristophe Billy, Florence
Cornette. Vous avez réussi à trouver de la place pour mes petites bêtes dans les
conditions requises (plus chaud, plus froid…), histoire qu'elles soient choyées
avant la torture, merci pour elles!!! Sans oublier Tim Sharbel, pour sa bonne
humeur et ses nombreuses corrections de mes "œuvres" en langue anglaise.
Je n'oublie pas les déploiements d'ingéniosité de la logistique : merci à Stéphane
Bodin, grâce à qui j'ai appris à scier, percer et installer un système d'arrosage
au goutte à goutte pour apporter de l'air et de l'eau à mes petits souffre-
douleur, merci également à Stéphane Bodin, Emile Planche et Pascal Schwerdtle
pour avoir réussi à résoudre les divers petits tracas techniques.
Je tiens à remercier l'ensemble du LERPC et plus particulièrement Patrick
Soletchnik pour son aide précieuse dans l'analyse statistique de mes résultats,
et Stéphane Robert et Daniel Razet, merci les "papys Mickeys"!!
J'adresse de sincères remerciements à l'équipe administrative de choc : Martine
Grasset pour ta patience face à ma tête de linotte, Florence Rivet pour mes
nombreuses listes de demande d'articles (″si par hasard tu demandes des publis
à Nantes, tu pourras rajouter celle-là″) et bien sur Delphine Rousic pour ta
disponibilité, ta gentillesse et bien plus encore (le delphinarium paraît bien vide
depuis que tu as rejoint ta Bretagne natale).
Un grand merci à l'ensemble des stagiaires pour leur bonne humeur et plus
particulièrement à Fabien Magne, Saravanne Poubalanne, Eric Lazaille et
Guénaëlle Lancelot (souviens toi les petits matins au labo!!!) qui se sont eux aussi
frottés aux
Vibrio pathogènes…

Que serait un labo sans son "troupeau" de thésards : les "grands", Corinne
Audemard, Isabelle Arzul, Magali Waechter, maintenant partis vers d'autres
horizons ou pas ; les "petits", Béatrice Gagnaire (dis, j'ai une question…), Nicolas
Taris (n'oublie pas au moins un Calvin et Hobbes par jour) et le benjamin
Christopher Sauvage, bon courage à tous les trois pour la suite… et puis il y a
aussi bien sûr Karine Bouilly, tu vois finalement, on finira en même temps ;
Valérie Barbosa, mais euh arrête de m'embêter et Lionel Dégremont, attends un
peu qu'on vienne te voir au VIMS, tu feras moins le fier avec tes soi-disant
super poissons et tes élevages larvaires sans souci!!!
J'adresse de sincères remerciements aux piqueurs invétérés, ceux de la
première heure, Fabien Magne et Christophe Ledu et les suivants : Saravanne
Poubalanne, Bruno Chollet, Guénaëlle Lancelot, Eric Lazaille, Frédérique Le Roux,
Nicole Faury, Denis Saulnier, Yannick Labreuche (ça, c'était de la manip), Maeva
Robert, Delphine Rousic (tu vois, tu y es finalement arrivée) et Franck Tiquet.
Je remercie chaleureusement l'ensemble des personnes du LBCB et surtout
l'équipe "Microbio" : Anne-Marie Pons, Gilles Cottenceau (pour ses conseils avisés
en matière de cocultures), Sophie Sablé, Isabelle Lanneluc, Astrid Massé,
Estelle Enaud, Sylvaine Dandrieux, Natacha Morin et surtout Valérie Gautier
pour son aide précieuse pour couler les douze mille boîtes de Zobell et tester les
X mille colonies de mutants et Cyrille Barthélémy pour m'avoir supportée en tant
que voisine de bureau et de paillasse!!!! Sans oublier super Laetitia (t'es sûre tu
veux pas un petit d'Orphée??) et Sandrine Didelot (super Moumoune!!), merci
pour votre bonne humeur et votre gentillesse.
Mille mercis et toute ma gratitude à Bruno Chollet et Maeva Robert qui ont
accepté de m'accueillir dans leur bureau… bon d'accord vous ne m'aviez pas
prévenu qu'il y avait une contrepartie, faire office de secrétaire, mais c'était
quand même très agréable de partager (ou d'envahir) cet espace avec vous.
Merci pour votre bonne humeur, votre gentillesse, et tous ces petits moments de
détente.
Merci à Céline Garcia et Géraldine Matheron, chasseuses de fautes
d'orthographe et de grammaire hors pair : Céline, merci de tes conseils
nombreux et avisés pour cette rédaction et Dgé, merci d'avoir pris le temps et
d'avoir accepté de souffrir sur toute cette "prose barbare". Un grand merci à
Delph, reine de la mise en page, à Ghislaine et Nathalie de "Santelys SOS
Assistance Word"…