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prélèvement seront mises en place. La première sera réalisée au niveau national auprès des industriels
producteurs, uniquement sur les produits finis. Puis, deux ou trois sites industriels « positifs » seront
sélectionnés et de nouveaux prélèvements effectués plus largement (matière première, produits finis et cours
de fabrication, environnement industriel). Une troisième série sera également effectuée pour étudier la
persistance de souches au sein des unités de production. Un test génétique de détection des espèces A.
flavithermus et G.stearothermophilus, développé précédemment dans le cadre d’un programme régional, sera
utilisé. Les sporulés thermophiles, obtenus par culture (2ème campagne), seront confirmés par PCR spécifique
de ces deux espèces et séquençage de l’ADNr 16S. Un outil de typage par PFGE sera développé pour éliminer
les isolats redondants. De plus, les souches retenues seront placées dans les groupements (rep- PCR ou
M13RAPD) déjà proposés dans la littérature. Un panel final de 50 souches d’A. flavithermus sera constitué,
pour moitié des souches ainsi isolées et pour moitié de souches de collection (souche type, souches
séquencées ou caractérisées, souches de l’environnement).
Cette première partie de la thèse permettra de répondre à la question de la prévalence d’Anoxybacillus
flavithermus dans les unités françaises de fabrication de poudre laitières (en comparaison avec Geobacillus),
si cette espèce est déjà détectable dans les matières premières et si elle se concentre à certaines étapes.
ii-Biodiversité et diversité des comportements phénotypiques
Un certain nombre de caractères ont déjà été proposés pour expliquer la sélection et la persistance
d’Anoxybacillus flavithermus dans les installations laitières aussi baserons nous principalement la
caractérisation des souches isolées sur ces aspects : résistance des spores et cellules végétatives aux
traitements thermiques et de sanitation, adaptation au milieu lait, capacité à adhérer et à former du biofilm
rapidement, rapidité de sporulation en biofilm à températures élevées (50- 60°C). De plus, les limites de
croissance (température, pH, aw) seront évaluées. Par ailleurs, l’altération due à Anoxybacillus flavithermus
n’a été que peu décrite alors que cette espèce possède des enzymes souvent thermostables et actives à haute
température susceptibles d’altérer la qualité des produits finis (protéases, estérases et lipases). Ces activités
seront donc recherchées. Cette étape devrait permettre la mise en évidence la spécificité des souches laitières
et/ou des comportements différents de souches particulières ou de groupes de souches. Des souches
altérantes/potentiellement persistantes seront décrites.
iii- Mécanismes de la sélection/adaptation : validation et génome total
Deux groupes de 3 souches chacun seront choisis représentant les 2 comportements « extrêmes » sur la base
de l’analyse réalisée aux étapes précédentes. La validation des travaux se fera pour un scénario d’intérêt. Ce
scénario sera discuté avec les industriels et permettra de valider le comportement (inactivation et/ou
croissance) pour une succession d’étapes procédés et sanitation proche d’un process industriel. Enfin, le
génome total de ces 6 souches sera séquencé par séquençage haut débit. La comparaison du génome de ces
souches aux comportements très différents sera utilisée pour rechercher des liens phénotype/génome
caractéristiques des souches persistantes et d’altération.
Contexte scientifique et partenarial
Ce projet de thèse s’inscrit dans l’axe « Risques sanitaires et d’altération associé à la physiologie des bactéries
sporulées du LUBEM (EA3882), et de l’unité mixte de technologie « Spore-Risk » reconnue par le Ministère de
l’agriculture, de l’agroalimentaire et de la forêt de l’agriculture (ACTIA 2014-2019). Depuis 2009, le LUBEM et
l’ADRIA Développement se sont associés en unité mixte de technologie, et se focalisent sur l’étude de
microorganismes sporulés à l’origine de risques sanitaires ou d’altération des produits alimentaires.
Profil du candidat (compétences scientifiques et techniques requises)
Titulaire d’un master 2ème année de Microbiologie, Biotechnologie, Ecologie microbienne ou d’un diplôme
d’ingénieur dans des spécialités similaires, le candidat devra posséder des compétences dans les domaines de
la physiologie microbienne et/ou de la microbiologie des aliments et maitriser les techniques de biologie
moléculaire et les outils de bio-informatique. Il aura un intérêt certain pour la recherche appliquée, au monde
industriel, en particulier aux industries alimentaires.