La sémantique en lutte contre le cancer

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La sémantique en lutte
contre le cancer
Les technologies d’analyse de contenus non structurés contribuent à affiner la connaissance
des effets secondaires des traitements et des résistances.
L
es logiciels d’analyse sé- dizaine de sources seront prises
mantique et cognitive en compte et arriveront dans le
s’inscrivent désormais en système sous des formats non
outils de lutte contre le cancer. structurés (comptes rendus de
Lancé en février 2017 dans le visite, bilans opératoires…)
cadre du programme d’inves- comme sous forme d’informatissements d’avenir, le projet tions chiffrées (bio-marqueurs
OncoSnipe cible trois types de liés aux bilans sanguins…). À
cancers (sein, pancréas et pou- ce corpus, s’ajoute le suivi génomon) et il est, bien sûr, conduit mique des tumeurs, en d’autres
par une société de biotechno- mots l’évolution de l’ADN de
logie. Oncodesign s’est spé- ces dernières en réaction aux
cialisée dans la découverte de traitements suivis. Autre partenouvelles thérapies anticancé- naire du projet, Acobiom proreuses. Mais ce projet
pose des dispositifs
met le numérique, CE PROJET facilitant la collecte
MET LE
sous sa déclinaison
de données en ambio-informatique, au NUMÉRIQUE bulatoire, des « diacœur des recherches. AU CŒUR DES g nost ics comp a« L’enrichissement sé- RECHERCHES gnons ». Les outils
mantique, l’apprentissémantiques d’Exsage statistique et les méthodes pert System seront utilisés pour
d’intelligence artificielle facili- contextualiser et annoter toutes
teront l’identification et la ca- ces informations. L’objectif est,
ractérisation des patients résis- dans un premier temps, de
tants aux traitements », résume faciliter et d’accélérer l’identiClaudio Palmolungo, vice-pré- fication des patients résistants
sident exécutif Europe d’Ex- et des mécanismes en cause.
pert System, le partenaire du Il s’agit ensuite d’aller jusqu’à
projet spécialisé dans la séman- les modéliser pour mieux les
tique. Sur le terrain, il s’agira de contourner. Prévu pour durer
récupérer toutes les sources quatre ans, le projet implique
de données liées au patient, 800 patients pris en charge par
notamment pour le suivi et les les hôpitaux universitaires pareffets du traitement. Plus d’une tenaires du projet, dont 600 bé-
néficieront d’un suivi classique,
mais également du suivi génomique de leur tumeur.
OncoSnipe est dans le prolongement d’un autre projet
baptisé Consore et mené par
Expert System et Sword. Aujourd’hui en production chez
Unicancer, un groupe hospitalier qui associe tous les
centres de lutte contre le cancer, Consore facilite et accélère
la constitution de cohortes, des
groupes de patients volontaires
pour suivre des protocoles expérimentaux. Cette étape repose
d’abord sur une sélection basée sur un ensemble de critères
dont certains sont relativement
faciles à prendre en compte
(âge, certaines données biologiques…) et d’autres plus difficiles, entre autres parce qu’ils
sont issus d’informations tex-
tuelles comme les antécédents
familiaux. La technologie sémantique est utilisée pour, à
partir de ces sources, produire
des métadonnées qui servent
ensuite aux chercheurs pour
sélectionner et regrouper les patients. Reprenant une partie de
ces avancées, OncoSnipe ajoute
de nouvelles dimensions, notamment par la prise en compte
pendant le suivi du traitement
des impacts sur le génome de la
tumeur et des bio-marqueurs.
L’ensemble des données sera
analysé par des algorithmes
pour faciliter la tâche des chercheurs. « Dans un futur proche,
en association avec Sword, nous
proposerons des services de ce
type intégrables avec les systèmes
d’information hospitaliers », prévoit Claudio Palmolungo. •
Patrick Brébion
12 M€ SUR 4 ANS
D
’un montant total
de 12 M€, le projet,
labellisé par le pôle de
compétitivité Cap Digital, est
financé par le PIA à hauteur de
7,7 M€ via Bpifrance. Il associe
quatre partenaires privés —
Expert System, Sword, Acobiom
et Oncodesign — et trois
hôpitaux universitaires :
Strasbourg, le Centre GeorgesFrançois Leclerc de Dijon et
l’Institut Paoli-Calmettes de
Marseille, ces deux derniers
étant des centres de lutte contre
le cancer.
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