La sémantique en lutte contre le cancer

L
es logiciels d’analyse sé-
mantique et cognitive
s’inscrivent désormais en
outils de lutte contre le cancer.
Lancé en février 2017 dans le
cadre du programme d’inves-
tissements d’avenir, le projet
OncoSnipe cible trois types de
cancers (sein, pancréas et pou-
mon) et il est, bien sûr, conduit
par une société de biotechno-
logie. Oncodesign s’est spé-
cialisée dans la découverte de
nouvelles thérapies anticancé-
reuses. Mais ce projet
met le numérique,
sous sa déclinaison
bio-informatique, au
cœur des recherches.
«L’enrichissement sé-
mantique, l’apprentis-
sage statistique et les méthodes
d’intelligence arti cielle facili-
teront l’identification et la ca-
ractérisation des patients résis-
tants aux traitements», résume
Claudio Palmolungo, vice-pré-
sident exécutif Europe d’Ex-
pert System, le partenaire du
projet spécialisé dans la séman-
tique. Sur le terrain, il s’agira de
récupérer toutes les sources
de données liées au patient,
notamment pour le suivi et les
e ets du traitement. Plus d’une
dizaine de sources seront prises
en compte et arriveront dans le
système sous des formats non
structurés (comptes rendus de
visite, bilans opératoires…)
comme sous forme d’informa-
tions chi rées (bio-marqueurs
liés aux bilans sanguins…). À
ce corpus, s’ajoute le suivi géno-
mique des tumeurs, en d’autres
mots l’évolution de l’ADN de
ces dernières en réaction aux
traitements suivis. Autre parte-
naire du projet, Acobiom pro-
pose des dispositifs
facilitant la collecte
de données en am-
bulatoire, des «dia-
gnostics compa-
gnons». Les outils
sémantiques d’Ex-
pert System seront utilisés pour
contextualiser et annoter toutes
ces informations. L’objectif est,
dans un premier temps, de
faciliter et d’accélérer l’identi-
 cation des patients résistants
et des mécanismes en cause.
Il s’agit ensuite d’aller jusqu’à
les modéliser pour mieux les
contourner. Prévu pour durer
quatre ans, le projet implique
800 patients pris en charge par
les hôpitaux universitaires par-
tenaires du projet, dont 600 bé-
né cieront d’un suivi classique,
mais également du suivi géno-
mique de leur tumeur.
OncoSnipe est dans le pro-
longement d’un autre projet
baptisé Consore et mené par
Expert System et Sword. Au-
jourd’hui en production chez
Unicancer, un groupe hos-
pitalier qui associe tous les
centres de lutte contre le can-
cer, Consore facilite et accélère
la constitution de cohortes, des
groupes de patients volontaires
pour suivre des protocoles expé-
rimentaux. Cette étape repose
d’abord sur une sélection ba-
sée sur un ensemble de critères
dont certains sont relativement
faciles à prendre en compte
(âge, certaines données biolo-
giques…) et d’autres plus dif-
 ciles, entre autres parce qu’ils
sont issus d’informations tex-
CE PROJET
MET LE
NUMÉRIQUE
AU CŒUR DES
RECHERCHES
E-SANTÉ
La sémantique en lutte
contre le cancer
Les technologies d’analyse de contenus non structurés contribuent à a ner la connaissance
des e ets secondaires des traitements et des résistances.
tuelles comme les antécédents
familiaux. La technologie sé-
mantique est utilisée pour, à
partir de ces sources, produire
des métadonnées qui servent
ensuite aux chercheurs pour
sélectionner et regrouper les pa-
tients. Reprenant une partie de
ces avancées, OncoSnipe ajoute
de nouvelles dimensions, no-
tamment par la prise en compte
pendant le suivi du traitement
des impacts sur le génome de la
tumeur et des bio-marqueurs.
L’ensemble des données sera
analysé par des algorithmes
pour faciliter la tâche des cher-
cheurs. «Dans un futur proche,
en association avec Sword, nous
proposerons des services de ce
type intégrables avec les systèmes
d’information hospitaliers», pré-
voit Claudio Palmolungo.•
Patrick Brébion
D’un montant total
de 12M€, le projet,
labellisé par le pôle de
compétitivité Cap Digital, est
 nancé par le PIA à hauteur de
7,7M€ via Bpifrance. Il associe
quatre partenaires privés —
Expert System, Sword, Acobiom
et Oncodesign — et trois
hôpitaux universitaires:
Strasbourg, le Centre Georges-
François Leclerc de Dijon et
l’Institut Paoli-Calmettes de
Marseille, ces deux derniers
étant des centres de lutte contre
le cancer.
12 M€ SUR 4 ANS
DR
IT for Business mars 2017 • 57
R&D
Recherche & Développement
ITFB_2215_057_RD_BAT.indd 57 13/03/2017 11:17