Sujet de post-doc : Segmentation et suivi de déformations en

Sujet de post-doc :
Segmentation et suivi de déformations en imagerie biologique :
application à la quantification des propriétés biomécaniques de cellules et de tissus.
L’objectif de ce projet de R&D est le développement d’algorithmes pour segmenter et suivre dans le
temps des objets cylindriques (micro-piliers) subissant des efforts appliqués par des sphéroïdes
(amas cellulaires tumoraux vivants) en cours de croissance. Les retombées attendues sont à la fois
fondamentales et industrielles : ces travaux permettront de mieux comprendre la biophysique des
cellules en prolifération (mécanismes du cancer notamment) et ont des applications potentielles en
criblage (étude des réponses cellulaires à des drogues ou à des stresses). Ce travail sera divisé en
trois étapes :
- Dans un premier temps, des séquences d’images 2D en contraste de phase seront analysées.
Il faudra développer des algorithmes de suivi temporel de micro-piliers. La mesure des
déplacements permettra de remonter aux énergies déployées par les sphéroïdes.
- Dans un second temps, il faudra segmenter des images 3D de piliers et retrouver les zones de
contact entre sphéroïdes et les micro-piliers dans le but d’obtenir des informations plus fines
sur la dynamique des sphéroïdes.
- Enfin, selon l’avancement des travaux, on envisagera de résoudre le problème inverse
consistant à retrouver le tenseur des contraintes connaissant le tenseur des déformations
mesuré dans la tâche précédente.
Les outils de traitement d’images envisagés sont les processus ponctuels marqués, le calcul de flot
optique ou les filtres particulaires et les contours actifs. Ce travail pourra déboucher sur des
publications méthodologiques et applicatives.
Ce post-doctorat est prévu pour une durée de un an et peut démarrer dès que possible.
Il aura lieu au LAAS-CNRS en partenariat avec l’ITAV (Institut des Technologies Avancées en Sciences
du Vivant) à Toulouse.
Profil requis :
Le candidat devra avoir une bonne expérience en traitement d’images et de programmation.
Des bonnes compétences en mathématiques appliquées ou en mécanique des structures seraient
appréciées.
Contact :
A. Herbulot ([email protected]) , LAAS-CNRS, 7 avenue du Colonel Roche, 31077 Toulouse