RAGA:RNA Sequence alignment by genetic algorithm

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RAGA:RNA Sequence alignment by genetic algorithm
Cédric Notredame, Emmet A. O’Brien and Desmond G. Higgins
Nucleic Acids Research, 1997, Vol. 25 No 22.

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Plan de la présentation
• Description du problème
• Fonction objectif
• Algorithme génétique
• Résultats

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Description du problème
• On veut aligner deux séquences homologues
• On connaît la structure secondaire du Master
• On assume que la structure secondaire du Slave est la
même que celle du Master (une fois alignées)
Master: A C G C G U ...
Slave: A A C G A G ...
Master: A -- C G C -- G U ...
Slave: A A C G -- A G -- ...

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Description (suite)
• Solution: optimisation d’une fonction objectif prenant en
compte l’alignement et la structure secondaire
• Utilisation d’un algorithme génétique

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Fonction objectif
• Corpet et Michot, 1994
• Contient trois composantes:
Pr: Score fonction de l’alignement
Se: Score fonction de la structure secondaire
Gap: Pénalité des gaps
• FO = Pr + (K * Se) - Gap