ECOLE DOCTORALE DES SCIENCES DE LA VIE ET DE LA SANTE

EA 4678 CIDAM « Conception, Ingénierie et Développement de l’Aliment et du Médicament », Clermont
Université (M. Alric)
Directeur de thèse : Stéphanie BLANQUET-DIOT (MCU-HDR), co-directeur Annie DARY-MOUROT (PRU)
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Identification des fonctions exprimées par la bactérie lactique Streptococcus thermophilus dans le tractus
digestif
Malgré une utilisation et une consommation massives de Streptococcus thermophilus (St), sa physiologie dans le
tractus gastro-intestinal (TGI) humain demeure peu connue. Pourtant, les effets bénéfiques dus à la consommation
régulière de yaourt (contenant ces bactéries vivantes) sont établis et en font un aliment fonctionnel à fort potentiel.
Des travaux récents suggèrent également que le potentiel probiotique de St est prometteur. Ce projet a pour but
d’identifier par des approches de transcriptomique ciblée (outil R-IVET) et globale (puces à ADN), les fonctions
exprimées par St dans différents modèles in vitro et in vivo complémentaires reproduisant au mieux
l’environnement digestif rencontré par la bactérie : le système GI TIM reproduisant des conditions digestives
humaines, des rats monoassociés (à St) et si possible à flore humaine. Les gènes exprimés dans l’environnement
digestif seront identifiés et délétés afin de déterminer s’ils sont essentiels à la survie de la bactérie. Ce projet
permettra de mieux comprendre la physiologie de St dans le TGI humain et d’identifier des fonctions
indispensables à sa survie. Le doctorant acquerra des compétences dans le domaine de la génétique moléculaire
(séquençage, outils de transcriptomique globale et ciblée, mutagénèse) mais aussi en physiologie digestive.
Blanquet-Diot, et al. (2012). Use of artificial digestive systems to investigate the biopharmaceutical factors
influencing the survival of probiotic yeast during gastrointestinal transit in human. Pharm Res 29:1444-53.