GUIDE DES ÉQUIPEMENTS ET DES SERVICES
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GUIDE DES ÉQUIPEMENTS ET DES SERVICES BIOPUCES ET GÉNOTYPAGE ÉQUIPEMENTS Équipement GeneTitan, lecteur, micro-matrices, automatisé Lecteur, micro-matrices (microarray scanner) Bioanalyseur 2100 Manufacturier Modèle Équipement Libre-service Équipement avec service Affymetrix GeneTitan Instrument non oui Affymetrix GeneChip Scanner 3000 7G Plus non oui Agilent G2938C non oui Robot, type Beckman BIOMEK FXP, pipetteur automatique multicanaux PCR, quantitatif, RTPCR, à haut débit Beckman Coulter A31844 non oui Applied Biosystems 7900HT non oui Nanophotomètre VWR Nanophotometer Pearl non oui Lecteur, plaques, UV Biotek Instruments uQuant non oui Spectrophotomètre, tubes UV + visible Bichron Ultrospec 3100 non oui SERVICES La plateforme de biopuces et génotypage offre des services spécialisés et compétitifs en transcriptomique et génomique. Sytème GeneTitan® Automatisation de l’hybridation, du traitement fluidique et du balayage des biopuces en un seul instrument. Ce système fonctionne avec des biopuces en plaques • Biopuces d’expression disponibles en plaques de 16, 24 ou 96 échantillons • Biopuces de génotypage disponibles en plaques de 96 ou 384 échantillons Applications possibles : expression des gènes (à l’échelle du transcriptome), expression des microARN et génotypage de SNP (à l’échelle du génome). Plateformes scientifiques du CRCHUM Biopuces et génotypage Téléphone : 514 890-8000 #31416 [email protected] Responsable technique Gilles Corbeil Responsable scientifique Johanne Tremblay, Ph. D. 29 juillet 2015 Système GeneChip®3000 Ce système comprend un four d’hybridation 645, trois stations fluidiques 450 et un scanner 3000 7G Plus. Ce système fonctionne avec des biopuces en cartouches. Applications possibles : expression des gènes et des exons (à l’échelle du transcriptome), épissage alternatif, expression des microARN, analyse RIP-Chip, analyse ChiP-on-Chip, génotypage de SNP (à l’échelle du génome), analyse des CNV (à l’échelle du génome). Bioanalyseur 2100 Instrument qui utilise la microfluidique pour l’analyse de l’ARN. • Cet instrument fonctionne avec des nanopuces et des picopuces • Échelle de concentration pour le kit RNA 6000 Nano : 25 à 500 ng/µl d’ARN total et 25 à 250 ng/µl d’ARNm • Échelle de concentration pour le kit RNA 6000 Pico : 50 à 5000 pg/µl d’ARN total et 250 à 5000 pg/µl d’ARNm Applications possibles : analyse de la qualité de l’ARN total (algorithme RIN), analyse de l’ARNm et distribution de la taille des ARNc et des ADNc. Robot Biomek® FXP Robot de pipetage entièrement automatisé avec deux bras fonctionnant de manière indépendante Ce robot comprend : • un bras muni d’une tête à 8 canaux à écartement variable (Span-8) • un bras muni d’une tête à 96 canaux • un dispositif statique à effet Peltier • un dispositif remueur à effet Peltier • un PCR automatisé (PTC-200) Applications possibles : préparation de plaque PCR pour le génotypage de colonies de souris et de rats et préparation d’échantillons pour la plateforme Affymetrix (expression et génotypage). PCR en temps réel 7900HT Fast Réactions de PCR en temps réel (qPCR) à haut débit Caractéristiques de l’appareil : • Bloc Fast de 96 puits • Utilise la technologie TaqMan® • Utilise la technologie SYBR® Green Applications possibles : expression de gènes, génotypage de SNP et analyse de CNV. NanoPhotomètreTM Pearl Spectrophotomètre pour très petits volumes. Volume d’échantillon requis et intervalle de concentration pour l’ARN : • Lid5 : 3.5 - 5 µl / 2 - 300 ng/µl • Lid10 : 1 - 3 µl / 4 - 600 ng/µl • Lid50 : 0.3 - 2 µl /20 - 3000 ng/µl Applications possibles : dosage de l’ADN double brin, dosage de l’ADN simple brin, dosage de l’ARN. Plateformes scientifiques du CRCHUM Biopuces et génotypage Téléphone : 514 890-8000 #31416 [email protected] Responsable technique Gilles Corbeil Responsable scientifique Johanne Tremblay, Ph. D. 29 juillet 2015
