SOUTENANCE Mohieddine MISSAOUI

SOUTENANCE Mohieddine MISSAOUI
Laboratoire : LIMOS (Laboratoire d’Informatique et de Modélisation et Optimisation des systèmes)
Directeurs de Thèse :David Hill et Pierre Peyret
Date de soutenance : 9 Décembre 2009-11-09
Jury :
Rapporteurs : Mr. Yvan Moënne-Loccoz Professeur à l’Université de Lyon 1
Mr. Jean-Daniel Zucker Directeur de recherche à l’IRD
Examinateurs : Mr. Vincent Breton Professeur à l’Université Blaise Pascal
Mme. Cécile Militon Maître de conférences à l’Université de la Méditerranée- Aix-Marseille II
Directeurs de thèse : Mr. David Hill Professeur à l’Université Blaise Pascal
Mr. Pierre Peyret Professeur à l’Université Blaise Pascal
Résumé :
Les microorganismes constituent la plus grande diversité du monde vivant et restent encore largement
méconnus. La compréhension du fonctionnement des écosystèmes et les rôles joués par les
microorganismes reste un enjeu majeur de l’écologie microbienne. Le développement de nouvelles
approches de génomique permet d’appréhender la complexité de ces systèmes. Dans ce contexte, les
puces à ADN représentent des outils à haut débit de choix capables de suivre l’expression ou la
présence de plusieurs milliers de gènes en une seule expérience. Cependant, l’une des étapes les
plus difficiles, de part sa complexité et la quantité de données à traiter, est la sélection de sondes qui
doivent être à la fois sensibles et spécifiques. Pour répondre à ces besoins en termes de performance
et de qualité, d’une part, nous avons développé un algorithme de conceptions de sondes pour
biopuces phylogénétiques que nous avons entièrement déployé sur la grille de calcul européenne
EGEE, et d’autre part, nous avons proposé un deuxième algorithme pour biopuces fonctionnelles que
nous avons déployé sur un cluster. Les deux algorithmes ont nécessité une phase importante
d’ingénierie logicielle. Nous avons donc proposé une démarche d’ingénierie dirigée par les modèles
(IDM) et notamment de transformation de modèle pour résoudre le problème de traduction inverse
d’oligopeptide. Les deux algorithmes sont destinés à une utilisation massive et permettent de
concevoir tout type de sondes.
Mots-clés : Conception de sondes, Puces à ADN, Grille de calcul, IDM, Ecologie microbienne.