Florian CHAIN (UMR MICALIS) : Identification des

Identification des fonctions bactériennes
par une approche de banque
génomique
Florian CHAIN
(Equipe ProbiHôte, Institut MICALIS, INRA,
Jouy en Josas)
Vitagora, colloque Flores d’intérêt, 7 octobre 2014

Pappso
Analyse
protéomique par
spectrométrie de
masse
Anaxem
Animalerie de
rongeurs
axéniques
Mima2
Microscopie
électronique et
confocale
Métagénopolis SAMBO: Bio-Banque d’échantillons de microbiotes intestinaux
METAQUANT: Séquençage Métagénomique à haut-débit
METAFUN: Phénotypage haut-débit des clones métagénomiques
CIRM-Levures
Caractérisation et
préservation des
levures alimentaires
« Risques »
Mécanismes d’émergence et
contrôle des pathogènes
opportunistes d’origine alimentaire
« Ecosystèmes »
Ecosystèmes microbiens alimentaires
et intestinal: interactions fonctionnelles
aliment-microbiote-hôte
« BioSys »
Biologie systémique et synthétique
microbienne et biotechnologies
Microbiologie de l’Alimentation
pour la Santé

Introduction
Les micro-organismes sont depuis longtemps utilisés dans l’élaboration
de produits destinés à la consommation humaine et animale.
Levures et bactéries sont notamment utilisées pour leur capacités de ferment
(boissons alcoolisées, yaourt, etc.)
Depuis longtemps, également, il y a une volonté d’améliorer l’ensemble des
procédés existants… et une recherche d’applications nouvelles.
Existant : Une des voies d’amélioration possible est la recherche de souches plus
performantes que celles classiquement utilisées (production de biomasse facilitée,
enzyme plus performante, développement de saveurs plus agréables,…)
Applications nouvelles : utilisation des capacités des microorganismes pour
réaliser des opérations nouvelles ou différemment : méthanisation, bioremédiation,
production de matières (polymères, gels,…), bactéries probiotiques…

Introduction
Dans certains cas, la fonction recherchée est bien caractérisée. Le mécanisme
est décortiqué au niveau moléculaire… et dans d’autres cas, tout reste à faire.
Un cas typique est celui des bactéries probiotiques : certaines bactéries ont des
effets potentiellement bénéfiques mais pour autoriser leur commercialisation avec
utilisation d’une allégation, il faut un accord de l’EFSA (European Food Safety
Agency).
De nombreux dossiers ont été soumis jusqu’à présent. Une des causes de rejet
est le manque de lien de cause à effet. Ce lien peut être établi si le MODE
d’ACTION est caractérisé.
Deux cas de figure nous intéresseront ici :
-recherche ciblée d’une fonction connue
-recherche du support d’une fonction

Banque génomique : définition
Une banque génomique est une POPULATION de vecteurs (e.g. plasmides ou
autres) contenant des fragment d'ADN divers (i.e. gènes) représentatifs d'un
type cellulaire, par exemple une bactérie.