Méthodologie du réseau national de surveillance de la résistance

Bull. Acad. Vét. de France, 2002, 155, 259-266
Méthodologie du réseau national de surveillance
de la résistance aux antibiotiques
chez les principales bactéries pathogènes
des animaux de rente (RESAPATH)
par Éric JOUY
1,
Danièle MEUNIER 2, Jean-Louis MARTEL 2,
Marylène KOBISCH ',Michel COUDERT2, Pascal SANDERS3
RÉSUMÉ
Face à l'augmentation de la prévalence des bactéries pathogènes
résistantes aux antibiotiques, aussi bien en médecine
humaine
que
vétérinaire, la mise en place de réseaux qui permettent de suivre cette
évolution est indispensable. En France, la surveillance chez les bovins est
assurée depuis vingt ans et a été étendue aux filières avicole et porcine en
200 l pour donner un réseau unique : le RESAPATH. Les résultats des
antibiogrammes réalisés dans les laboratoires d'analyses vétérinaires publics
et privés sont ainsi récoltés par les sites de Lyon et Ploufragan de l' Agence
Française de Sécurité Sanitaire des Aliments (AFSSA). La synthèse de ces
données permet la détection de nouveaux phénotypes de résistance ainsi
qu'une
meilleure orientation thérapeutique en élevage. Le RESAPATH
participe également à l'harmonisation des techniques de mesure de la
résistance in vitro aux antibiotiques pour les bactéries d'origine animale.
Mots-clés: Antibiorésistance - Antibiogramme - Réseau - Bactéries
vétérinaires.
1
AFSSA - Site de Ploufragan - Unité Mycoplasmologie-Bactériologie - BP 53 - 22440
Ploufragan.
' AFSSA - Site de Lyon - Unité Bactériologie-Antibiorésistance - BP 7033
-
69342
Lyon Cedex 07.
'AFSSA - Site de Fougères - Unité Contaminants médicamenteux - La Haute Marche
- Javené - 35133 Fougères Cedex.
260
BULLETIN DE L'ACADÉMIE VÉTÉRINAIRE DE FRANCE
SUMMARY
METHODOLOGY OF THE
ETWORK FOR VETERI
ATIO
AL ANTIBIOTIC
FROM FOOD-PROD
Cl
MONITORli
G
RESISTAt\CE
A RY PATHOGENIC BACTERIA 1501
.
ATED
G ANll\IALS IRESAPATHl
Faced with the increase in the prevalence of antibiotic-re i tant
pathogenic bacteria, in human and veterinary medicine, the
networks which follow this evolution i
e
etting up of
entiaJ. ln France, the re i tance
monitoring of bovine pathogens, which bas been exi ting ince twenty years,
was extended to poultry and pig production
in 200 l to give a
ingle
network: RESAPATH. Antibiotic u ceptibility data are collected in public
and private veterinary diagnostic laboratorie by the French Agency for Food
Safety (AFSSA) in the laboratorie of Lyon and Ploufragan. The analy i of
these data allow the detection of new re i tance phenotype
therapeutic indication in veterinary medicine. The RE
part in the standardisation of the in vitro antimicrobiaJ
u
and a bett r
AP J'Hal
ptibility t
take
t
�r
bacteria of animal origin.
Key-words:
Antibiotic re i tance - Su ceptibility t
t -
tw rk -
Veterinary bacteria.
INTRODUCTION
En médecine humaine, lémergence de bactérie ré i tante aux traite­
ments antibiotiques a été observée dès 1947 avec l'apparition de première
souches de staphylocoques résistantes à la pénicilline G. Depui , le phé­
nomène s'est généralisé à toutes les bactérie , pour toute
d'antibiotiques et dans tous les pays. Les eau e
le
cla
e
de cette amplification de
l' antibiorésistance sont diverses: pression de élection en milieu ho pitalier,
traitements antibiotiques inappropriés, ralentissement de la mi e au point de
nouvelles molécules [ACAR et COURVALIN (1998), O'BRIEN (2000),
ROUVEIX (2001)]. Afin de suivre l'évolution de cette antibioré istance et
donc de mettre en place une politique d'usage des anti-infectieux plu
sonné et mieux ciblé, des réseaux de surveillance ont vu le jour dan
rai­
de
nombreux pays, à la fois en médecine humaine et vétérinaire [AARESTRUP
et al. (1998), MORENO et al. (2000), O'BRIEN (2000), SAHM et TENOVER
(1997), STELLING et O'BRIEN (1997), WRAY et GNANOU (2000)]. Chez
l'animal, outre les échecs thérapeutiques en élevage, l'antibiorésistance peut
entraîner des risques pour l'homme par la transmi sion, via l'alimentation
ou l'environnement, de gènes de résistance et de bactéries zoonotiques résis­
tantes aux traitements antibiotiques humains [SANDERS (2001 ), VAN DEN
BOGAARD (2000)]. En France, dans le domaine vétérinaire, la surveillanc
est assurée depuis 20 ans pour les bactérie pathogènes isol es des bovin
COMMUNICATIONS
261
[MARTEL et al. (2000)] et a été étendue en 200 1 aux filières avicole et
porcine avec la naissance d'un réseau unique de suivi de la résistance aux
antibiotiques chez les principales bactéries pathogènes isolées chez les
animaux de rente: le RESAPATH. Ce réseau s'inscrit dans un programme
plus vaste de surveillance de l'antibiorésistance chez les bactéries d'origine
animale mis en place en France par la Direction Générale de l'Alimentation
et l' AFSSA [SANDERS (2001)].
STRUCTURE ET FONCTIONNEMENT DU RESAPATH
La
tructure du RESAPATH est présentée dans la figure 1. Le comité
de pilotage
e réunit annuellement afin de suivre le fonctionnement du
réseau et de valider le résultats obtenus. Il est composé des représentants de
l' AFSSA, de la DGAL, de
laboratoires d'analyses vétérinaires publics et
privé , de la Société Nationale des Groupements Techniques Vétérinaires
(SNGTV) et de vétérinaires praticiens de chacune des trois filières. Il peut
créer de comité spéciali és en fonction des sujets ou difficultés d'ordre
technique rencontrés par le réseau. Les laboratoires d'analyses adhérant au
RESAPATH communiquent leurs résultats d'antibiogrammes à l'AFSSA Site de Lyon pour la filière bovine et à l' AFSSA - Site de P loufragan pour
les filières avicole et porcine.
A�ALyoa
�le Meunier
Michel Coudert
Jean-Louis Martel
A�A Ploufragan
Eric Jouy
Marylènc Kobiscb
Figure 1.
Structure du RESAPATH.
262
BULLETIN DE L'ACADÉMIE VÉTÉRINAIRE DE FRANCE
DONNÉES RECUEILLIES PAR LE RESAPATH
Elles peuvent être divisées en deux catégorie , d'une part le
commé­
moratifs, c'est-à-dire tous les renseignements qui accompagnent le
prélè­
vements analysés dans les laboratoires (espèce animale, type d'élevage, date
et localisation géographique du prélèvement, type de prélèvement, patho­
logie ou symptôme observé) et, d'autre part, le ré ultat d'antibiogramme
exprimés sous forme de diamètres de zones d'inhibition. Ce
obtenus sur des milieux gélosés sur lesquel
dernier
ont
e développe un tapi bactérien
en présence de disques imprégnés d'antibiotique
[FEILLOU et MARTEL
(1996), CA-SFM (2002)]. Le laboratoire ayant préalablement i olé et iden­
tifié l'espèce bactérienne susceptible d'être re pon able de la pathologie
observée chez 1' animal.
Les bactéries suivies par le RESAPATH
rement rencontrées dans le pathologie de
ont celle qui
nt maJonta1-
animaux de r nte: Es ·herichia
coli, Salmonella enterica subsp enterica, Pa teurella mu/ta ·ida
t autr
Pasteurellaceae, Streptococcus, Staphylococcus.
En fonction de l'espèce animale, de e pèce et érovar ba téri n
·
nt
plus spécifiquement surveillés:
•Bovins: E. coli K99, Streptococcus uberi .
treptococcu
dy ga­
lactiae, Streptococcus agalactiae, Mannheimia haemolytica.
• Porcs : E. coli K88, Streptococcus suis, Actinobacillus pleuropneu­
moniae, Haemophilus parasuis.
• Volailles : E. coli 078 K80, E. coli 0 l K 1, E. coli 02 K 1.
Concernant le choix des disques imprégné d'anti-infectieux à intégrer
dans les antibiogrammes, le laboratoire di po e de li te minimale
validée
par le comité de pilotage en fonction de l'e pèce animale et de l'étiologie
bactérienne. Ces molécules ont été choisie
uivant leur( ) intérêt( ) théra­
peutique ou (et) épidémiologique.
Ces listes de bactéries et d'antibiotique
uivi par le RESAPATH
mises à jour régulièrement en fonction de e pèce bactérienne
ont
émergente
et des nouvelles molécules mises sur le marché. Ain i, chez la dinde,
Omithobacterium rhinotracheale est de plu en plus ouvent i olé dan de
cas d'aérosacculites et de pneumonies [VAN EMPEL et HAFEZ ( 1999),
EUZEBY (1999)]. L'ajout de cette bactérie dan la li te du RESAPATH era
donc discuté lors d'une réunion du comité de pilotage.
DIFFUSION DES RÉSULTATS
Les résultats issus du RESAPATH sont diffusés sous deux forme . Il y
a, d'une part, un bulletin semestriel qui comprend de données techniques et
bibliographiques destinées aux membre
du ré eau. D'autre part, le
263
COMMUNICATIONS
résultats épidémiologiques sont publiés au niveau national et international
après avis du comité de pilotage.
Une première synthèse réalisée sur les commémoratifs montre que
E. coti est la bactérie la plus fréquemment isolée, quelle que soit l'espèce
animale (figure 2 et tableau I).
Concernant les pathologies en filière bovine (figure 2), ce sont celles
d'origine digestive qui donnent le plus souvent lieu à la réalisation d'anti­
biogrammes (55 %). Pour la filière porcine, le recoupement des données des
tableaux II et III montre qu'il y a trois pathologies majoritaires qui ont
chacune une prévalence équivalente (environ 25 %) : respiratoire, digestive
et urinaire. Chez les volailles, où les animaux sont difficilement observables
de façon individuelle, c'est l'augmentation anormale de la mortalité qui est
souvent le premier symptôme mesurable (tableau II).
Pour cette filière, il y a donc un fort pourcentage de renseignements
manquants au niveau de la pathologie (53 % ).
Les données épidémiologiques actuelles sur la résistance aux antibio­
tiques seront soumises à la prochaine réunion du comité de pilotage avant
leur diffusion. Ces données seront également confrontées aux résultats d'un
essai inter-laboratoires concernant l'identification des bactéries et la réali­
sation des antibiogrammes.
Respiratoire (9%}
Pasteurella multocida {n = 162)
Mannhe;mia haemolytica (n
=
105)
Autres
pathologies (11%)
Digestive (55%)
Mammaire
(25%)
E. coll:
E. coli (n =207)
Staphytocoques : coagulase
+
(n = 212)
coagulase - (n =45)
Streptococcus :
Salmonella:
K99. (n = 1800)
K99 + (n • 241)
Typhlmunum (n = 223)
agll•ctlae (n = 7)
Dublin (n=4)
dysgalactlae (n = 53)
autres (n=65)
uberls (n
•
431)
autres (n = 32)
Figure 2.
Synthèse des pathologies et des étiologies bactériennes pour la filière bovine
(données 1999/2000).
264
BULLETIN DE L'ACADÉMIE VÉTÉRINAIRE DE FRANCE
Tableau/.
Répartition des bactéries isolées dan le
filière
porcine et avicole
entre juillet 2001 et juin 2002.
Filière avicole
Filière porcine
1 875 antibiogrammes
1 574 antibiogrammes
%
Bactérie
E. co/i NT"'
E. co/i 078 K80
E. coli 02 KI'"
44,6
E. coli NT"'
52.4
20.1
Pasteurel/ a mu/tocida
14.9
14.1
Streptococcus suis
9.1
Actinobacillus pleuropneumoniae
6.0
5.3
5,2
Staphyl ococcus
%
Bactérie
Salmonella
4.9
E. coli K
Pasteurel/a multocida
4,6
Staphylococcus
5.0
Ornithobacterium rhinotracheale
3.7
Haemophilus parasuis
2.5
E. coliOIKI
1,6
Salmonella
2.2
Streptococcus
0,7
Streptococcus autre que uis
1.
Mannheimia haemolytica
0,5
Actinobaci/111 suis
Mannheimia haemolytirn
1.2
0.1
-�
"'Non typable ou non typé avec les réactifs pour la détection des sérovars 07H K80. 01 KI. 02 KI /HJllr le
volailles et K88 pour le porc.
Tableau Il.
Répartition des pathologies ou
ymptôme
pour le
antibiogramme
concernant les filières porcine et avicole réali é entre juillet 2001 et juin 2002.
Filière avicole
Filière porcine
1 875 antibiogrammes
1 574 antibiogramme
Pathologie ou symptôme
%
Pathologie ou ymptôme
é
%
Non précisé
52,6
Non préci
Mortalité
23,7
Re piratoire
21.9
Respiratoire
10.5
Dige tive
21.5
25.0
Autres
7,7
Autres
16.2
Septicémie
5,5
Urinaire
15.4
Tableau Ill.
Répartition des prélèvements pour les antibiogramme
concernant les filières porcine et avicole réaJi és entre juillet 2001 et juin 2002.
Filière avicole
Filière porcine
1 875 antibiogrammes
1 574 antibiogrammes
Prélèvements
%
Prélèvements
%
Foie
42,7
Voie respiratoire
25.9
Tissus cardiaques
18,1
Origine digestive
24.7
Autres
13,2
Urine
23.3
Non précisé
12,8
Autres
19.8
Voie respiratoire
8.9
Moelle osseuse
4,3
Non précisé
6.3
-
COMMUNICATIONS
265
CONCLUSIONS ET PERSPECTIVES
L'expérience acquise avec la filière bovine a permis la détection de nou­
veaux phénotypes de résistance et l'étude des mécanismes correspondants
[CHASLUS-DANCLA et al. (1987), MARTEL et al. (1995)] ainsi qu'une
meilleure connaissance globale de l'antibiorésistance dans les élevages et
donc une meilleure orientation thérapeutique. Grâce à l'extension aux
filières avicole et porcine, la surveillance et les intérêts qui en résultent sont
maintenant généralisés à la majorité des animaux destinés à la consom­
mation humaine.
De plus, par son suivi des recommandations de
l'Observatoire national de l'épidémiologie de la résistance bactérienne aux
antibiotiques (Onerba), le RESAPATH peut confronter ses données à celles
des ré eaux de
urveillance en médecine humaine.
L'amélioration de la précision et de la régularisation des envois de
ré ultat de la part de laboratoires est une des perspectives du RESAPATH.
Un travail plu particulier e t à effectuer sur le transfert informatique des
donnée . En effet, concernant les filières avicole et porcine, près de 80 % des
résultat
ont tran mi par courrier électronique. Actuellement, le traitement
de donnée reçue (détection des nouveaux phénotypes et des incohérences
de ré i tance, épidémiologie) est réalisé à l'aide du logiciel Access®. Il est
envi agé de réali er ce traitement à l'aide d'un logiciel "expert", plus spéci­
fique et plu pui sant.
Le RESAPATH joue un rôle dans l'harmonisation des techniques de
mesure de la rési tance aux antibiotiques in vitro grâce à l'organisation
d'essais inter-laboratoires. Les gestionnaires du réseau participent éga­
lement à la transformation des textes COFRAC (Comité Français de
l'Accréditation) existants en normes AFNOR (Association Française de
Normalisation) avec, en parallèle, la création au sein du Comité de
l'Antibiogramme de la Société Française de Microbiologie (CA-SFM) d'un
sous-comité spécialisé dans les bactéries et les antibiotiquès d'intérêt vété­
rinaire. Ce sous-comité aura notamment la charge de définir les concentra­
tions et diamètres critiques pour les molécules utilisées uniquement chez
l'animal.
REMERCIEMENTS
Les auteurs remercient les laboratoires d'analyses pour leur partici­
pation active, basée sur le volontariat.
Les auteurs remercient également la Direction Générale de
l' Alimentation pour le soutien financier apporté au fonctionnement du
RESAPATH.
266
BULLETIN DE L:ACADÉMIE VÉTÉRINAIRE DE FRANCE
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