Chapitre 1

ECOLE DOCTORALE DES SCIENCES DE LA VIE ET DE LA SANTE
Biotechnologies et Signalisation Cellulaire - UMR 7242
THESE présentée par :
Claire FERRET
soutenue le : 19 septembre 2012
pour obtenir le grade de Docteur de l’université de Strasbourg
Discipline : Sciences du Vivant
Spécialité : Aspects moléculaires et cellulaires de la biologie
Rôle des Pseudomonas fluorescents
dans la biodisponibilité des métaux
contaminant les minéraux du sol :
application à la phytoremédiation
THESE dirigée par :
Mme Valérie GEOFFROY (Université de Strasbourg) - Maître de conférences
MEMBRES DU JURY :
M. Philippe LEMANCEAU (INRA - Dijon) - Rapporteur externe
M. Christian MUSTIN (Université de Nancy) - Rapporteur externe
M. Stéphane VUILLEUMIER (Université de Strasbourg) - Examinateur interne
Mme Emmanuelle GUILLOT-COMBE (MRIS) - Examinatrice externe
UNIVERSITÉ DE STRASBOURG

Remerciements
Je tiens tout d’abord à remercier ma directrice de thèse, le Dr Valérie G
EOFFROY , ainsi
que le Dr Isabelle S CHALK , directrice de l’équipe « Transport Membranaire Bactérien » pour
m’avoir permis d’effectuer cette thèse. Merci à Valérie pour les « bons conseils »
d’enseignante concernant le monitorat et à Isabelle pour son soutien, sa générosité, sa patience
et les longues discussions, scientifiques ou non, dans son bureau.
Je souhaiterais également remercier l’ensemble des membres du jury (Dr Emmanuelle
G UILLOT -C OMBE , Dr Philippe L EMANCEAU , Christian M USTIN et Pr Stéphane V UILLEUMIER )
pour avoir accepté de juger ce travail.
Je remercie aussi tous les collaborateurs du projet Ingénierie Ecologie, projet qui a
permis à mon sujet de voir le jour. Merci au Pr Thierry L EBEAU , pour les discussions très
enrichissantes lors des réunions. Merci à Thibault S TERCKEMAN , pour tous les dosages,
souvent effectués dans des laps de temps très courts, les nombreuses discussions par mail et
pour la petite phrase « S’il n’y avait pas de variabilité, il n’y aurait pas de recherche
scientifique » qui m’a permis de relativiser grand nombre d’expériences. Merci également au
Dr Karine J EZEQUEL pour tous les moments passés à Colmar lors des expériences « plantes »,
aux discussions scientifiques. Un merci tout particulier au Dr Jean-Yves C ORNU qui m’a
appris à « dompter » le phytotron, les tomates et le minéralisateur, mais aussi pour tous les
échanges, téléphoniques et électroniques, que nous avons eus au cours de ces trois années de
thèse, et à la phrase de conclusion « ça va sourire » en réponse à mes mails les plus « noirs » !
Merci également pour les derniers résultats « tout chauds ».
Merci également à tous les membres de l’équipe, déjà partis ou encore présents : Karl
(bien qu’il m’accuse de cacher des miettes sous ma chaise), Véro (pour les discussions mode,
rouge ? carmin ? indigo ? mais également les discussions plus scientifiques : adsorption ?
rétention ?), Françoise (pour tous les petits potins matinaux !), Gaëtan (bien que chimiste, il
aime les bons desserts !), Bénédicte (arrivée en même temps que moi et avec qui j’ai partagé
les premières expériences de la vie de thésarde), Mélissa (et les discussions chats), Emmanuel
(et ses purif de pyoverdine !). Merci également à Sabrina pour les moments agréables ainsi
qu’à Etienne, Isabelle et Olivier. Je remercie tous les membres de l’équipe pour leur bonne
humeur et l’ambiance sympa au labo.

Dans l’équipe, je tiens particulièrement à remercier Laurent. Par où commencer, il y a
tellement à dire ?! Tout d’abord, merci d’avoir fait de ce bureau l’un des endroits les plus
sympas et les plus gais du bâtiment. Merci pour toutes les discussions scientifiques, les idées
de manip à tester, les conseils et les relectures de posters, de présentations, mais surtout de
thèse. Merci pour tous les coups de main donnés lors de mes expériences aux mille boîtes, le
comptage des colonies qui aurait selon lui des vertus déstressantes et de me laisser appliquer
sur ses gels (cela est déstressant !). Merci pour toutes les petites pauses sympas et de m’avoir
tant écoutée. Merci pour la vie au labo si agréable mais également en dehors du travail : les
cinés, les plans « loose » (choucroute dans un clergé, courts-métrages endormants …), les
Pilates, les trajets à vélo, les vacances et les flamants roses !...
Je remercie aussi l’équipe Wagner, qui m’a hébergée dans ses labos les premiers mois.
Un merci particulier à Christel, qui de collègue est devenue amie et à Renaud, bien qu’il
quémande toujours des gâteaux. Merci également à Alaa avec qui j’ai partagé mon premier
bureau, toujours souriant et de bonne humeur, tout comme Dayana.
Merci aux nombreux « secoueurs de boîtes », qui ont eu pitié de moi, ensevelie sous ces
montagnes de plastique et de milieu gélosé : Laurence, Bruno, Dorine, Pierre et beaucoup
d’autres.
Je remercie également Olivier (meilleur binôme de tous les temps), pour tous les supers
moments passés ensemble depuis déjà quelques années. Merci à Camille qui, du fin fond de sa
Bretagne, a toujours eu le mot pour rire dans ses mails.
Passons maintenant à la famille proche, qui a toujours été présente autour de moi. Tout
d’abord, le chat, Mohas, omniprésent lors de la rédaction, lové sur les genoux…mais préférant
la véritable place de « greffier » vautré sur les papiers, la tête sur le bord du clavier (comme
en ce moment même). Un grand merci à l’infographiste de la famille, Bri, pour avoir toujours
réalisé de superbes premières pages pour chacun de mes stages et maintenant pour ma thèse.
Je ne sais comment remercier mes parents, qui ont toujours cru en moi, qui m’ont toujours
épaulée mais surtout qui m’ont permis d’arriver où je suis aujourd’hui. Mille mercis pour tous
les moments à me remonter le moral au téléphone ou en webcam, ou à l’inverse, à écouter
toutes les petites joies de la science. Merci à mon père qui a découpé tous les bouts de tuyaux
nécessaires à la croissance des tomates, sans lui, je ne sais comment les expériences auraient
été possibles. Merci à ma mère pour les relectures à la recherche des fautes d’orthographe.
Pour finir, merci à Benoît, présent chaque jour à mes côtés, qui m’a suivie chaque fois que

j’allais au labo les week-ends et jours fériés pour le « au cas où », qui a supporté tous les
détails de la vie de mes bactéries, puis de mes tomates. Merci d’avoir essuyé les larmes pour
les jours où rien n’allait et à l’inverse d’avoir traversé avec moi l’euphorie d’une manip
réussie. Merci à vous d’avoir été là.