Sommaire - Vigot Maloine

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Sommaire
Chapitre 1 Bases fondamentales
1 Aspects généraux de la microbiologie médicale
etdiagnostic de laboratoire . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
F.H. Kayser, E.C. Böttger, P. Deplazes, O. Haller
1.1 Les maladies
infectieuses, passé et
avenir . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
F.H. Kayser,
E.C. Böttger
 Historique. . . . . . . . . . . . . . . . . . 
 Postulats de Henle-Koch. . . . 
 La situation actuelle . . . . . . . . 
1.2 Les agents des
maladies infectieuses . . . . . 
F.H. Kayser,
E.C. Böttger
 Les agents infectieux
subcellulaires. . . . . . . . . . . . . . . 
 Micro-organismes
procaryotes et eucaryotes . . 
 Bactéries . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
 Champignons et
protozoaires. . . . . . . . . . . . . . . . 
 Animaux. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
1.3 Généralités
eninfectiologie . . . . . . . . . . . 
F.H. Kayser,
E.C. Böttger
 Terminologie
fondamentale en
infectiologie. . . . . . . . . . . . . . . . 
 Flore normale . . . . . . . . . . . . . . 
1.4 Diagnostic de labora-
toire des infections . . . . . . . 
F.H. Kayser,
E.C. Böttger
 Conditions préalables
méthodologie générale
interprétation . . . . . . . . . . . . . . 
 Matériel d’analyse . . . . . . . . . . 
 Procédés traditionnels
de diagnostic de laboratoire 
 Procédés moléculaires
de diagnostic de laboratoire 
 Détection des antigènes
et des anticorps. . . . . . . . . . . . . 
Précipitation . . . . . . . . . . . . . . . . 
Agglutination. . . . . . . . . . . . . . . . 
Réaction de fixation
ducomplément (RFC) . . . . . . . 
Immunofluorescence directe
et indirecte . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
Test d’immunoadsorption . . . . 
Western blot (Immunoblot) . . . 
 Point Of Care Test (POCT)
ou test express (test sur le
lieu de soin) . . . . . . . . . . . . . . . . 
 Sécurité dans
unlaboratoire d’analyse. . . . 
1.5 Diagnostic de labora-
toire enbactériologie . . . . 
F.H. Kayser,
E.C. Böttger
 Matériel d’analyse . . . . . . . . . . 
 Microscopie culture
identification. . . . . . . . . . . . . . . 

Sommaire
22
Microscopie . . . . . . . . . . . . . . . . . 
Culture . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
Identification . . . . . . . . . . . . . . . . 
 Méthodes moléculaires. . . . . 
 Détection des anticorps
des antigènes des toxines . . . 
1.6 Diagnostic de
laboratoire
en mycologie. . . . . . . . . . . . . . 
F.H. Kayser,
E.C. Böttger
1.7 Diagnostic de labora-
toire en virologie. . . . . . . . . . 
O. Haller
 Matériel de prélèvement
transport information et
interprétation des résultats . 
 Mise en évidence du virus . . 
 Détection des anticorps . . . . 
1.8 Diagnostic de labora-
toire enparasitologie. . . . . 
P. Deplazes1
 Matériel deprélèvement . . . 
 Méthodes d’analyse. . . . . . . . . 
2 Épidémiologie ethygiène. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
F.H. Kayser, E.C. Böttger
2.1 Introduction. . . . . . . . . . . . . . . 
2.2 Épidémiologie. . . . . . . . . . . . . 
 Terminologie de
l’épidémiologie. . . . . . . . . . . . . 
 Transmission zoonoses
sources d’infection . . . . . . . . . 
Transmission de l’agent
infectieux. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
Zoonoses . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
Sources d’infection. . . . . . . . . . . 
 Dispositions légales
dans la lutte contre les
maladies infectieuses. . . . . . . 
 Prophylaxie d’exposition . . . 
 Prophylaxie
deprédisposition. . . . . . . . . . . 
Immunisation active . . . . . . . . . 
Immunisation passive . . . . . . . . 
Chimioprophylaxie. . . . . . . . . . . 
2.3 Stérilisation
etdésinfection . . . . . . . . . . . . 
 Terminologie généralités . . 
Terminologie . . . . . . . . . . . . . . . . 
Cinétique d’élimination
desgermes . . . . . . . . . . . . . . . . . 
Mécanismes d’action . . . . . . . . 
 Procédés physiques
d’élimination des germes. . . . 
Chaleur . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
Rayons . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
Filtration. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
 Procédés chimiques
d’élimination des germes . . 
 Mesures pratiques
dedésinfection . . . . . . . . . . . . . 
2.4 Hygiène hospitalière
(infections
nosocomiales). . . . . . . . . . . . . 
 Agents infectieux
morbidité infections . . . . . . . 
Agents infectieux . . . . . . . . . . . . 
Morbidité (prévalence) . . . . . . 
Types d’infection. . . . . . . . . . . . . 
 D’après J Eckert P Deplazes eédition

Sommaire
23
 Sources d’infection
modes d’infection . . . . . . . . . . 
 Lutte contre les
infections nosocomiales. . . . 
2.5 Hygiène de l’eau . . . . . . . . . . 
 Eau potable. . . . . . . . . . . . . . . . . 
Qualité de l’eau potable. . . . . . 
Qualité de l’eau. . . . . . . . . . . . . . 
Traitement de l’eau pour
larendre potable . . . . . . . . . . . . 
 Eau de piscine et
debaignade naturelle . . . . . . 
 Eaux usées . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
2.6 Hygiène alimentaire . . . . . . 
 Terminologie . . . . . . . . . . . . . . . 
 Toxi-infection alimentaire. . 
 Prévention. . . . . . . . . . . . . . . . . . 
Chapitre 2 Immunologie
3 Bases fondamentales de l’immunologie . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
A. Roers
3.1 Généralités . . . . . . . . . . . . . . . . 
3.2 Introduction aux
principes fonctionnels
fondamentaux du
système immunitaire . . . . . 
 Composants cellulaires
et moléculaires du
système immunitaire. . . . . . . 
Composants cellulaires. . . . . . . 
Composants moléculaires . . . . 
 Organes du système
immunitaire. . . . . . . . . . . . . . . . 
Organes lymphoïdes
primaires . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
Organes lymphoïdes
secondaires. . . . . . . . . . . . . . . . . . 
 Principes du
déroulement d’une
réponse immunitaire. . . . . . . 
3.3 Immunité innée . . . . . . . . . . . 
 Reconnaissance de
motif par le système
immunitaire inné . . . . . . . . . . 
 Récepteurs de
l’immunité innée. . . . . . . . . . . 
PRR cellulaires . . . . . . . . . . . . . . . 
PRR circulants. . . . . . . . . . . . . . . . 
La reconnaissance desmotifs
moléculaires associés
àundanger (DAMP)
parlesrécepteurs de
l’immunité innée. . . . . . . . . . . . . 
 Effecteurs del’immunité
innée . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
Effecteurs moléculaires . . . . . . . 
Cellules effectrices
del’immunité innée . . . . . . . . . 
3.4 Immunité adaptative . . . . . 
 Les récepteurs
antigéniques des
lymphocytes B et T. . . . . . . . . . 
Structure des récepteurs
antigéniques. . . . . . . . . . . . . . . . . 
Génération de la diversité des
récepteurs antigéniques par
larecombinaison VDJ . . . . . . . . 
 Développement et sélec-
tion des lymphocytesB
danslamoelle . . . . . . . . . . . . . . 

Sommaire
24
 Présentation d’antigènes
et reconnaissance
des antigènes par le
récepteur des cellules T. . . . . 
Présentation des peptides
parles molécules CMH
declasse I . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
Présentation des peptides
par les molécules CMH
declasseII. . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
Cellules présentatrices
d’antigène
«professionnelles» (APC). . . . 
Structure et polymorphisme
du locus CMH . . . . . . . . . . . . . . . 
 Développement
etsélection des
cellulesT dans le thymus . . . 
 Réponse immunitaire
adaptative . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
Activation des cellules
dendritiques dans les tissus
périphériques. . . . . . . . . . . . . . . . 
Activation des cellules T . . . . . . 
Lymphocytes T effecteurs. . . . . 
Comportement des
lymphocytes T effecteurs
recirculants . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
Tolérance périphérique . . . . . . 
 Réponse des cellules B. . . . . . 
Activation des cellules B. . . . . . 
Réaction du centre
germinatif . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
Plasmocytes et sécrétion
desimmunoglobulines. . . . . . . 
Les différentes classes
d’immunoglobulines et leurs
fonctions effectrices . . . . . . . . . . 
3.5 Réponses
immunitaires contre
les différentes classes
d’agents infectieux . . . . . . . 
 Réponse immunitaire
contre les virus . . . . . . . . . . . . . 
Facteurs antiviraux
intrinsèques innés. . . . . . . . . . . . 
Détection d’une infection
virale par le système
immunitaire inné . . . . . . . . . . . . 
Mécanismes effecteurs
antiviraux de l’immunité
adaptative . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
Immunité adaptative
antivirale . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
 Réponses immunitaires
contre les bactéries. . . . . . . . . 
Détection des infections
bactériennes par le système
immunitaire inné . . . . . . . . . . . . 
Mécanismes effecteurs
antibactériens du système
immunitaire inné . . . . . . . . . . . . 
Immunité adaptative
antibactérienne . . . . . . . . . . . . . . 
 Réponses immunitaires
contre les parasites . . . . . . . . . 
Parasites unicellulaires . . . . . . . 
Helminthes . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
 Réponses immunitaires
contre les champignons. . . . 
3.6 Immunodéficience. . . . . . . . 
 Déficits immunitaires
héréditaires . . . . . . . . . . . . . . . . 
Déficits génétiques du
système immunitaire inné . . . . 
Déficits héréditaires
dusystème immunitaire
adaptatif . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
 Déficits immunitaires
acquis . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
3.7 Maladies provoquées
par le système
immunitaire . . . . . . . . . . . . . . . 
 Maladies auto-
inflammatoires. . . . . . . . . . . . . 
 Maladies provoquées
par le système
immunitaire adaptatif. . . . . . 

Sommaire
25
Mécanismes effecteurs
des anticorps et des
lymphocytesT à l’origine
delésions tissulaires. . . . . . . . . . 
Défauts de régulation
du système immunitaire
adaptatif, à l’origine de
lésions tissulaires de cause
immunologique . . . . . . . . . . . . . 
3.8 Immunologie
delatransplantation
etdela transfusion . . . . . . . 
 Immunologie
delatransplantation . . . . . . . 
 Immunologie
delatransfusion. . . . . . . . . . . . 
3.9 Protection vaccinale . . . . . . 
3.10 Méthodes de dosage
immunologique. . . . . . . . . . . 
Chapitre 3 Bactériologie
4 Bactériologie générale. . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
F.H Kayser, E.C. Böttger
4.1 Morphologie et
ultrastructure des
bactéries . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
 Forme des bactéries . . . . . . . . 
 Ultrastructure
desbactéries. . . . . . . . . . . . . . . . 
Nucléotide (équivalent
noyau) et plasmides . . . . . . . . . 
Cytoplasme. . . . . . . . . . . . . . . . . . 
Membrane cytoplasmique . . . 
Paroi cellulaire . . . . . . . . . . . . . . . 
Capsule . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
Flagelles . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
Fimbriae d’adhésion
et pili sexuels . . . . . . . . . . . . . . . . 
Biofilm . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
Spores bactériennes. . . . . . . . . . 
4.2 Physiologie du
métabolisme et
de la croissance
desbactéries . . . . . . . . . . . . . . 
 Métabolisme
des bactéries. . . . . . . . . . . . . . . . 
Vue d’ensemble . . . . . . . . . . . . . 
Réactions cataboliques . . . . . . . 
Réactions anaboliques . . . . . . . 
Régulation du métabolisme. . . 
 Croissance etculture
desbactéries. . . . . . . . . . . . . . . . 
Nutrition . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
Croissance et mort
cellulaire . . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
4.3 Bases moléculaires de
la génétique bactérienne. 
 Structure de l’ADN
bactérien . . . . . . . . . . . . . . . . . . . 
 Réplication del’ADN . . . . . . . 
 Transcription
ettraduction . . . . . . . . . . . . . . . 
 Régulation
del’expression génique . . . . 
4.4 Variation génétique
des bactéries . . . . . . . . . . . . . . 
 Mécanismes
moléculaires de la
variation génétique . . . . . . . . 
Mutation spontanée . . . . . . . . . 