Projet de M1-M2 Composition nucléotidique des virus et pathogénicite
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Projet de M1-M2 Composition nucléotidique des virus et pathogénicit́e Marc Bailly-Bechet Laboratoire Biométrie et Biologie Évolutive, Univ. Lyon I Mots-clefs : lentivirus, HIV, composition nucléotidique, interaction hôte-pathogène, divergence Contexte du projet Le SIDA est une maladie mortelle qui a émergé durant les années 80 et qui continue à être un fléau pour l’humanité. Son étude a permis de mettre à jour l’existence de maladies similaires chez les primates ou les félidés ; ces maladies sont véhiculées par des lentivirus, dont le HIV, vecteur du SIDA, est un exemple. Toutes ces maladies sont caractérisées par un affaiblissement du système immunitaire qui conduit progressivement à son effondrement, et à la mort des patients atteints par des pathogènes opportunistes. Il a récemment été proposé que l’affaiblissement du système immunitaire de l’hôte est un effet secondaire de son activation chronique par le virus. Les mécanismes de cette activation chronique, à laquelle le virus survit néanmoins, restent mystérieux ; des expériences récentes, à la fois numériques et en laboratoire, laissent penser que la composition nucléotidique des virus pourrait être un facteur important de cette activation, dans le cas du HIv mais de manière plus générale pour les lentivirus. Méthodologie L’étudiant, en s’appuyant sur les résultats précedemment acquis, devra étudier, à l’échelle des lentivrus et de leurs hôtes, les corrélations entre com1 position nucléotidique et pathogénicité. Cette relation sera abordée numériquement sous plusieurs aspects : – Confirmation des résultats déjà acquis concernant la composition nucléotidique globale des virus et leur pathogénicité. – Généralisation à l’étude de la composition en n-nucléotides. – Analyse de liens potentiels entre pathogénicité et présence de motifs particuliers sur le génome viral. Les corrélations entre composition nucléotidique et pathogénicité seront étudiées à l’aide de techniques statistiques de sélection de modèles, qui permettront de comparer les résultats obtenus entre eux afin de choisir les plus pertinents biologiquement. Différentes généralisations biologiques peuvent être abordées si les délais le permettent : étude de différentes souches de HIV, de différentes populations de personnes infectées, ou encore généralisation du principe à d’autres types de virus. Détails pratiques Le stage aura intégralement lieu à l’université Lyon 1, campus de la Doua, bât. Mendel, au LBBE. Les étudiants intéressés peuvent prendre contact avec Marc Bailly-Bechet par email : [email protected] 2
