Projet de M1-M2 Composition nucléotidique des virus et pathogénicite

Projet de M1-M2
Composition nucléotidique des virus et
pathogénici´ te
Marc Bailly-Bechet
Laboratoire Biométrie et Biologie Évolutive, Univ. Lyon I
Mots-clefs : lentivirus, HIV, composition nucléotidique,
interaction hôte-pathogène, divergence
Contexte du projet
Le SIDA est une maladie mortelle qui a émergé durant les années 80 et
qui continue à être un fléau pour l’humanité. Son étude a permis de mettre
à jour l’existence de maladies similaires chez les primates ou les félidés ; ces
maladies sont véhiculées par des lentivirus, dont le HIV, vecteur du SIDA,
est un exemple. Toutes ces maladies sont caractérisées par un affaiblissement
du système immunitaire qui conduit progressivement à son effondrement, et
à la mort des patients atteints par des pathogènes opportunistes.
Il a récemment été proposé que l’affaiblissement du système immunitaire
de l’hôte est un effet secondaire de son activation chronique par le virus. Les
mécanismes de cette activation chronique, à laquelle le virus survit néan-
moins, restent mystérieux ; des expériences récentes, à la fois numériques et
en laboratoire, laissent penser que la composition nucléotidique des virus
pourrait être un facteur important de cette activation, dans le cas du HIv
mais de manière plus générale pour les lentivirus.
Méthodologie
L’étudiant, en s’appuyant sur les résultats précedemment acquis, devra
étudier, à l’échelle des lentivrus et de leurs hôtes, les corrélations entre com-
1

position nucléotidique et pathogénicité. Cette relation sera abordée numéri-
quement sous plusieurs aspects :
– Confirmation des résultats déjà acquis concernant la composition nu-
cléotidique globale des virus et leur pathogénicité.
– Généralisation à l’étude de la composition en n-nucléotides.
– Analyse de liens potentiels entre pathogénicité et présence de motifs
particuliers sur le génome viral.
Les corrélations entre composition nucléotidique et pathogénicité seront
étudiées à l’aide de techniques statistiques de sélection de modèles, qui per-
mettront de comparer les résultats obtenus entre eux afin de choisir les plus
pertinents biologiquement. Différentes généralisations biologiques peuvent
être abordées si les délais le permettent : étude de différentes souches de
HIV, de différentes populations de personnes infectées, ou encore généralisa-
tion du principe à d’autres types de virus.
Détails pratiques
Le stage aura intégralement lieu à l’université Lyon 1, campus de la Doua,
bât. Mendel, au LBBE. Les étudiants intéressés peuvent prendre contact avec
Marc Bailly-Bechet par email : marc.baillybec[email protected]
2