Espèces protégées, complément Franche-Comté (1992). Aconitum anthora L.; Aconit anthora; 39, 1 dizaine de stations. Adenocarpus complicatus (L.) Gay; Adénocarpe à feuilles pliées; 39, non revu depuis 20 ans. Adiantum capillus-veneris L.; Capillaire de Montpellier; 39, 1 station et 25, 1 station. Agrostis schraderiana Bech.; Agrostide poilue; 25, non revue depuis 1 siècle !. Alnus alnobetula (Ehrh.) K.Koch; Aulne vert; 39, 1 station fragile. Alyssum montanum L.; Alysson des montagnes; 39, 5 stations. Anacamptis coriophora (L.) Bateman, Pridgeon & Chase; Orchis Punaise; 39, 3 stations. Anacamptis laxiflora (Lam.) Bateman, Pridgeon & Chase; Orchis à fleurs lâches; 39, 25 (1 station). Anacamptis palustris (Jacq.) Bateman, Pridgeon & Chase; Orchis des marais; disparue ?. Androsace lactea L.; Androsace lactée; 39, 1 station et 25, 1 station. Anemone narcissifolia L.; Anémone à fleurs de Narcisse; 39, 2 stations et 25, 2 stations. Anthyllis montana L.; Antyllide/Anthyllis/Vulnéraire des montagnes; 25 39. Arabis scabra All.; Arabette scabre; 39, 3 stations. Arctium nemorosum Lej.; Bardane des bois; 25, 7 stations et 39, 1 station. Asperula tinctoria L.; Aspèrule des teinturiers; 39, 6 stations. Aster alpinus L.; Aster des Alpes; 25, 2 stations. Athyrium distantifolium Tausch ex Opiz; Athyrium alpestre; 39, 1 station et 90, 1 station. Baldellia ranunculoides (L.) Parlatore; Baldellie/Alisma/Flûteau fausse Renoncule; non connue, à rechercher. Bombycilaena erecta (L.) Smoljan.; Micrope dressé/droit/ Gnaphale dressé/ Cotonnière dressée; 39, 3 stations et 70, 3 stations. Bupleurum ranunculoides L.; Buplèvre fausse Renoncule; 25, 1 station. Butomus umbellatus L.; Butome en ombelle/Jonc fleuri; 25 39 70 90, 54 stations. Calamagrostis stricta (Timm) Koeler; Calamagrostide raide; 25, 3 stations. Campanula latifolia L.; Campanule à larges feuilles; 25 39 70, 12 stations. Campanula thyrsoides L.; Campanule en thyrse; 25, 2 stations et 39, 1 station. Carex cespitosa L.; Laîche en touffe; Haut Jura 25 39. Carex depauperata Curtis ex With.; Laîche appauvrie; 25, 5 stations. Carex pseudocyperus L.; Laîche faux Souchet; 39 70 90, 17 stations. Cicuta virosa L.; Ciguë vireuse; 25 39. Circaea alpina L.; Circée des Alpes; 25, 5 stations. Circaea *intermedia Ehrh.; Circée intermédiaire; 25 39 70, 17 stations. Corallorhiza trifida Châtel.; Racine de corail; 25 39, 17 stations. Coronilla coronata L.; Coronille des montagnes/couronnée; 25 39, 12 stations. Crepis aurea (L.) Cass.; Crépide/Crépis orangé(e); 39, 1 station. Cryspis alopecuroides (Piller & Mitterp.) Schrad.; Cryspis faux Vulpin; disparu ?. Cyperus michelianus (L.) Delile; Souchet de Micheli; Bresse du Jura 39. Dactylorhiza traunsteineri (Saut.) Soó; Orchis/Dactylorhize de Traunsteiner; 25 39 70, 18 stations. Daphne alpina L.; Daphné/Thymélée des Alpes; 25 39. Daphne cneorum L.; Daphné Camélée; 25, 1 station et 39. Descurainia sophia (L.) Webb ex Prantl; Descurainie sagesse; 39, 1 station. Dianthus gratianopolitanus Vill.; Œillet de Grenoble; 25 39. Dipsacus laciniatus L.; Cardère découpée; 39, 7 stations. Dryas octopetala L.; Dryade à huit pétales; 25, 1 station. Dryopteris remota (Döll) Druce; Dryoptéris espacé; 25 39, 7 stations. Elatine triandra Schkuhr; Élatine à trois étamines; 39 90. Eleogiton fluitans (L.) Link; Scirpe flottant; 70, 3 stations. Empetrum nigrum L.; Camarine noire; 25 39, 9 stations. Epilobium alsinifolium Vill.; Épilobe à feuilles d’Alsine; 39, 2 stations. Epilobium anagallidifolium Lam.; Épilobe à feuilles de Mouron; 39, 2 stations. Epilobium duriaei J.Gay ex Godr.; Épilobe de Durieu; 39, 2 stations. Epipactis microphylla (Ehrh.) Sw.; Épipactis à petites feuilles; 25 39 70 90, 10 stations. Equisetum ramosissimum Desf.; Prêle très rameuse; aucune donnée récente. Equisetum variegatum Scheicher; Prêle panachée; 25 39. Erythronium dens-canis L.; Dent-de-chien; 39. Euphorbia palustris L.; Euphorbe des marais; 39 70, 7 stations. Euphorbia seguieriana Necker; Euphorbe de Séguier; 39, 7 stations. Festuca amethystina L.; Fétuque améthyste; 25, 1 station. Fritillaria meleagris L.; Fritillaire pintade; 25 39. Gentiana acaulis L.; Gentiane de Koch; 25 39. Gentiana asclepiada L.; Gentiane à feuilles d’Asclépiade; 25, 1 station. Gentiana clusii Perrier & Songeon; Gentiane de Clusius; 25, 4 stations. Gentiana pneumanthe L.; Gentiane des marais; 25 39 70, 45 stations. Geranium nodosum L.; Géranium noueux; 39, 5 stations. Geranium palustre L.; Géranium des marais; 25 39, 20 stations. Gymnadenia austriaca (Teppner & Klein) Delforge; Nigritelle d’Autriche; 25 39. Gymnadenia odoratissima (L.) Rich.; Orchis très odorant; 25 39 70. Gymnadenia rhellicani (Teppner & Klein) Teppner & Klein; Orchis vanille; 25 39. Helianthemum apenninum (L.) Mill.; Hélianthème des Apennins; 25 39 70. Hepatica nobilis Mill.; Hépatique à trois lobes; 25 90. Herminium monorchis (L.) R.Brown; Orchis Musc; 25 39. Hieracium scorzonerifolium Vill.; Épervière à feuilles de Scorzonère; 25 39. Hornungia petraea (L.) Rchb.; Hutchinsie des pierres; 25 39. Hottonia palustris L.; Hottonie des marais/Millefeuille aquatique/Millefeuille d’eau; 25 39 70, 32 stations. Hydrocotyle vulgaris L.; Écuelle d’eau; 70, 22 stations. Hypericum richeri Vill.; Millepertuis de Richer de Belval; 25, 7 stations, et 39, 1 station. Iberis intermedia Guers.; Ibéris intermédiaire/de Prost/à feuilles de Lin; 25, 39. Iberis saxatilis L.; Ibéris des rochers; 25, 1 station. Illecebrum verticillatum L.; Illécébre verticillé; 39, 2 stations et 70, 3 stations. Inula helvetica Web.; Inule des montagnes; 39, 2 stations et 70, 2 stations. Lathyrus bauhinii L.; Gesse de Bauhin; 25, 39?. Lathyrus heterophyllus L.; Gesse à feuilles diffèrentes; Haut Doubs 25, 11 stations. Lathyrus sphaericus Retz.; Gesse à graines sphériques; 39, 10 stations. Limodorum abortivum (L.) Swartz; Limodore à feuilles avortées/sans feuilles; 25 39 70 90. Lonicera caerulea L.; Camérisier bleu; 25 39. Ludwigia palustris (L.) Elliott; Ludwigie des marais; 39 70 90. Lycopodium clavatum L.; Lycopode en massue/officinal; 39 70 90, 15 stations. Muscari botryoides (L.) Mill.; Petit Muscari; 39. Myriophyllum alternifolium DC.; Myriophylle à feuilles alternes; 70, 3 stations. Najas marina L.; Naïade marine; 39 70, 15 stations. Najas minor All.; Petite Naïade; 39 90. Nuphar pumila (Timm) DC.; Nénuphar nain; 25 39 70. Oenanthe peucedanifolia Pollich; Oenanthe à feuilles de Peucédan; 39 70 90. Ophrys apifera Huds.; Ophrys abeille; 25 39 70 90. Ophrys aranifera Huds.; Ophrys araignée; 39, 67 stations, et 70, 1 station. Orchis purpurea Huds.; Orchis pourpre; 39 70. Orchis simia Lmk.; Orchis Singe; 39, et 25 (1 station). Orlaya grandiflora (L.) Hoffm.; Orlaya à grandes fleurs; 25, 1station. Osmunda regalis L.; Osmonde/Fougère royale; 39 70. Pedicularis sylvatica L.; Pédiculaire des forêts; 25 39 70 90. Pinguicula grandiflora Lam.; Grassette à grandes fleurs; 39, 1 station. Pinguicula grandiflora Lam. subsp. reuteri Genty; Grassette de Reuter; 39, 4 stations. Pinguicula vulgaris L.; Grassette commune; 25 39 90. Plantago maritima L. subsp. serpentina (All.) Arcang.; Plantain serpentant; 25. Platanthera chlorantha (Custer) Rchb.; Platanthère verdâtre; 25 39 70 90. Polystichum setiferum (Forkäl) Woynar; Polystich à soies; 25 39 70. Potamogeton acutifolius Link; Potamot à feuilles aiguës; 39, 4 stations. Potamogeton alpinus Balbis; Potamot des Alpes; 25 39 70. Potamogeton compressus L.; Potamot aplati; 39, 1 station. Potamogeton filiformis Pers.; Potamot filiforme; 39, 1 station. Potamogeton gramineus L. subsp. heterophyllus Fries; Potamot graminée; 25 39. Potamogeton praelongus Wulfen; Potamot allongé; 25, 1station et 39, 3 stations. Potentilla caulescens L.; Potentille caulescente; 39, 1 station. Potentilla supina L.; Potentille étalée; 39, 2 stations. Pseudorchis albida (L.) Löve; Orchis blanc/-miel; 25 39 70 90. Pulsatilla alpina (L.) Delarbre; Pulsatille des Alpes; 25 et 39, 3 stations. Pyrola media Sw.; Pirole intermédiaire; 25 39. Rhamnus pumila Turra; Nerprun nain; 25, 1 station. Rhynchospora fusca (L.) W.T.Aiton; Rhynchospore brun rougeâtre; 70, 11 stations. Saxifraga exarata Vill.; Saxifrage sillonnée (inclut S. musquée et S. de Gizia); 39. Saxifraga granulata L.; Saxifrage granulée; 25 39 70. Saxifraga rosacea Moench subsp. sponhemica (Gmel.) Webb; Saxifrage rhénane; 39. Schoenoplectus mucronatus (L.) Palla; Scirpe mucroné; 39 70. Schoenoplectus triqueter (L.) Palla; Scirpe triquètre; actuellement inconnue en Franche-Comté. Scorzonera hispanica L.; Scorsonère d’Espagne; 39, 1 station. Sison amomum L.; Sison aromatique; 39, 3 stations. Sisymbrium austriacum Jacq.; Sisymbre d’Autriche; 39, 4 stations. Sium latifilium L.; Berle à larges feuilles; 39, 6 stations. Sparganium minimum Wallr.; Rubanier nain; 25 39 70. Spiranthes spiralis (L.) Chevallier; Spiranthe en spirale/spiralée/d’automne; 25 39 70. Stellaria palustris Retz.; Stellaire des marais; 25 39 70, 38 stations. Stipa pennata L.; Stipe pennée/plumeuse; 25 39. Stratiotes aloides L.; (Stratiotès) faux Aloès/Aloès d’eau; 70, 7 stations. Streptopus amplexifolius (L.) DC.; Streptope à feuilles embrassantes; 25 39. Tanacetum corymbosum (L.) Schultz Bipontinus; Tanaisie en corymbe; 39, 4 stations. Telephium imperati L.; Téléphium d’Imperato; 39, 1 station. Tephroseris helenitis (L.) B.Nord.; Séneçon (à feuilles) spatulé(es)/en spatule; 25 39. Thelypteris palustris Schott; Fougère des marais/ Polystic des marais/des marécages; 25 39 70, 25 stations. Thesium divaricatum Jan ex Mertens & Koch; Thésium divariqué; 25 39, 13 stations. Thesium linophyllon L.; Thésium à feuilles de Lin; 39. Trifolium striatum L.; Trèfle strié; 39 70, 16 stations. Triglochin palustre L.; Troscart des marais; 25 39. Trinia glauca (L.) Dumort.; Trinie glauque; 25, 2 stations, et 39, 2 stations. Ulex minor Roth; Ajonc nain; 70, 4 stations. Utricularia intermedia Hayne; Utriculaire intermédiaire; 25 39 70, 7 stations. Viola collina Besser; Violette des coteaux; 25, 1 station. Viola mirabilis L.; Violette étonnante; 25 39 70 90.