Espèces protégées, complément Franche-Comté (1992).
Aconitum anthora L.; Aconit anthora; 39, 1 dizaine de stations.
Adenocarpus complicatus (L.) Gay; Adénocarpe à feuilles pliées; 39, non revu depuis 20 ans.
Adiantum capillus-veneris L.; Capillaire de Montpellier; 39, 1 station et 25, 1 station.
Agrostis schraderiana Bech.; Agrostide poilue; 25, non revue depuis 1 siècle !.
Alnus alnobetula (Ehrh.) K.Koch; Aulne vert; 39, 1 station fragile.
Alyssum montanum L.; Alysson des montagnes; 39, 5 stations.
Anacamptis coriophora (L.) Bateman, Pridgeon & Chase; Orchis Punaise; 39, 3 stations.
Anacamptis laxiflora (Lam.) Bateman, Pridgeon & Chase; Orchis à fleurs lâches; 39, 25 (1 station).
Anacamptis palustris (Jacq.) Bateman, Pridgeon & Chase; Orchis des marais; disparue ?.
Androsace lactea L.; Androsace lactée; 39, 1 station et 25, 1 station.
Anemone narcissifolia L.; Anémone à fleurs de Narcisse; 39, 2 stations et 25, 2 stations.
Anthyllis montana L.; Antyllide/Anthyllis/Vulnéraire des montagnes; 25 39.
Arabis scabra All.; Arabette scabre; 39, 3 stations.
Arctium nemorosum Lej.; Bardane des bois; 25, 7 stations et 39, 1 station.
Asperula tinctoria L.; Aspèrule des teinturiers; 39, 6 stations.
Aster alpinus L.; Aster des Alpes; 25, 2 stations.
Athyrium distantifolium Tausch ex Opiz; Athyrium alpestre; 39, 1 station et 90, 1 station.
Baldellia ranunculoides (L.) Parlatore; Baldellie/Alisma/Flûteau fausse Renoncule; non connue, à rechercher.
Bombycilaena erecta (L.) Smoljan.; Micrope dressé/droit/ Gnaphale dressé/ Cotonnière dressée; 39, 3 stations et 70, 3
stations.
Bupleurum ranunculoides L.; Buplèvre fausse Renoncule; 25, 1 station.
Butomus umbellatus L.; Butome en ombelle/Jonc fleuri; 25 39 70 90, 54 stations.
Calamagrostis stricta (Timm) Koeler; Calamagrostide raide; 25, 3 stations.
Campanula latifolia L.; Campanule à larges feuilles; 25 39 70, 12 stations.
Campanula thyrsoides L.; Campanule en thyrse; 25, 2 stations et 39, 1 station.
Carex cespitosa L.; Laîche en touffe; Haut Jura 25 39.
Carex depauperata Curtis ex With.; Laîche appauvrie; 25, 5 stations.
Carex pseudocyperus L.; Laîche faux Souchet; 39 70 90, 17 stations.
Cicuta virosa L.; Ciguë vireuse; 25 39.
Circaea alpina L.; Circée des Alpes; 25, 5 stations.
Circaea *intermedia Ehrh.; Circée intermédiaire; 25 39 70, 17 stations.
Corallorhiza trifida Châtel.; Racine de corail; 25 39, 17 stations.
Coronilla coronata L.; Coronille des montagnes/couronnée; 25 39, 12 stations.
Crepis aurea (L.) Cass.; Crépide/Crépis orangé(e); 39, 1 station.
Cryspis alopecuroides (Piller & Mitterp.) Schrad.; Cryspis faux Vulpin; disparu ?.
Cyperus michelianus (L.) Delile; Souchet de Micheli; Bresse du Jura 39.
Dactylorhiza traunsteineri (Saut.) Soó; Orchis/Dactylorhize de Traunsteiner; 25 39 70, 18 stations.
Daphne alpina L.; Daphné/Thymélée des Alpes; 25 39.
Daphne cneorum L.; Daphné Camélée; 25, 1 station et 39.
Descurainia sophia (L.) Webb ex Prantl; Descurainie sagesse; 39, 1 station.
Dianthus gratianopolitanus Vill.; Œillet de Grenoble; 25 39.
Dipsacus laciniatus L.; Cardère découpée; 39, 7 stations.
Dryas octopetala L.; Dryade à huit pétales; 25, 1 station.
Dryopteris remota (Döll) Druce; Dryoptéris espacé; 25 39, 7 stations.
Elatine triandra Schkuhr; Élatine à trois étamines; 39 90.
Eleogiton fluitans (L.) Link; Scirpe flottant; 70, 3 stations.
Empetrum nigrum L.; Camarine noire; 25 39, 9 stations.
Epilobium alsinifolium Vill.; Épilobe à feuilles d’Alsine; 39, 2 stations.
Epilobium anagallidifolium Lam.; Épilobe à feuilles de Mouron; 39, 2 stations.
Epilobium duriaei J.Gay ex Godr.; Épilobe de Durieu; 39, 2 stations.
Epipactis microphylla (Ehrh.) Sw.; Épipactis à petites feuilles; 25 39 70 90, 10 stations.
Equisetum ramosissimum Desf.; Prêle très rameuse; aucune donnée récente.
Equisetum variegatum Scheicher; Prêle panachée; 25 39.
Erythronium dens-canis L.; Dent-de-chien; 39.
Euphorbia palustris L.; Euphorbe des marais; 39 70, 7 stations.
Euphorbia seguieriana Necker; Euphorbe de Séguier; 39, 7 stations.
Festuca amethystina L.; Fétuque améthyste; 25, 1 station.
Fritillaria meleagris L.; Fritillaire pintade; 25 39.
Gentiana acaulis L.; Gentiane de Koch; 25 39.
Gentiana asclepiada L.; Gentiane à feuilles d’Asclépiade; 25, 1 station.
Gentiana clusii Perrier & Songeon; Gentiane de Clusius; 25, 4 stations.
Gentiana pneumanthe L.; Gentiane des marais; 25 39 70, 45 stations.
Geranium nodosum L.; Géranium noueux; 39, 5 stations.
Geranium palustre L.; Géranium des marais; 25 39, 20 stations.
Gymnadenia austriaca (Teppner & Klein) Delforge; Nigritelle d’Autriche; 25 39.