Compatibilité d`arbres semi-étiquetés Application à la construction
Motivation
Algorithme
Perspectives
Compatibilité d’arbres semi-étiquetés
Application à la construction de super-arbres
Vincent Berry1Charles Semple1
Equipe Méthodes et Algorithmes pour la Bioinformatique
L.I.R.M.M. (Université Montpellier II - C.N.R.S.)
http://www.lirmm.fr/~vberry
Merci à l’ ACI IMP-Bio et au prog. BIO-STIC UM2.
Vincent Berry, Charles Semple Compatibilité dans le contexte des super-arbres
Motivation
Algorithme
Perspectives
1Motivation
Construction de super-arbres
Le challenge de Sanderson
Problème de l’inclusion taxonomique
2Algorithme
Definitions
Prétraitement et construction d’un graphe de
descendance
Construction d’un super-arbre depuis le graphe
3Perspectives
Cas de collections d’arbres incompatibles
Vers la construction automatique de super-arbres
Inconsistance taxonomique
Vincent Berry, Charles Semple Compatibilité dans le contexte des super-arbres
Motivation
Algorithme
Perspectives
Construction de super-arbres
Le challenge de Sanderson
Problème de l’inclusion taxonomique
Construction de super-arbre
Etant donné une collection T={T1, . . . , Tk}d’arbres sources
sur des ensembles de taxa différents, on cherche à
reconstruire un super-arbre Tsur l’ensemble des taxa L(T)qui
respecte les topologies sources.
Vincent Berry, Charles Semple Compatibilité dans le contexte des super-arbres
Motivation
Algorithme
Perspectives
Construction de super-arbres
Le challenge de Sanderson
Problème de l’inclusion taxonomique
Le challenge de M. Sanderson
extrait de Deep Green Challenges
The TreeBASE database contains over 1000 phylogenies with
over 11,000 taxa among them. Many of these trees share taxa
with each other and are therefore candidates for the
construction of supertrees.
A challenging problem is the construction of the "largest" and
"best" supertree possible from TreeBASE. However, "largest"
and "best" can be conflicting goals because resolution of a
supertree can be easily diminished by addition of
inappropriate trees or taxa.
Vincent Berry, Charles Semple Compatibilité dans le contexte des super-arbres
Motivation
Algorithme
Perspectives
Construction de super-arbres
Le challenge de Sanderson
Problème de l’inclusion taxonomique
Le challenge de M. Sanderson
extrait de Deep Green Challenges
The TreeBASE database contains over 1000 phylogenies with
over 11,000 taxa among them. Many of these trees share taxa
with each other and are therefore candidates for the
construction of supertrees.
A challenging problem is the construction of the "largest" and
"best" supertree possible from TreeBASE. However, "largest"
and "best" can be conflicting goals because resolution of a
supertree can be easily diminished by addition of
inappropriate trees or taxa.
Vincent Berry, Charles Semple Compatibilité dans le contexte des super-arbres
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