Phylogénie moléculaire

Phylogénie moléculaire
Plan
Introduction :
Historique.
Phénétique et cladisme
Origine de la diversité
Hypothèses fondatrices
LUCA
Familles multigéniques
Comparaison de génomes
Racine de l’arbre du vivant
Outils phylogénétiques
Arbres ou réseaux
Taxons et caractères
Caractères morphologiques ou moléculaires ?
Conclusion
Méthodes phénétiques
Concepts de base
Distance
Similitude et distance
Propriétés des distances
Distances observées et évaluées
Principe du calcul
Corrections utilisées
Tests statistiques
Procédures
UPGMA
NJ pour Neighbor Joining
Méthode de Parcimonie
Parcimonie
Principe de parcimonie
Orientation
Ontogénie
Paléontologie
Chorologie (distribution géographique)
Extra-groupe
Caractères
Modèle
Procédures
Algorithme exact
Exemple du Quagga
Algorithme Branch and bound
Algorithme heuristique
Algorithme de Wagner (1961)

Branch swapping
Analyse des résultats
Retour aux caractères
Optimisation
Pondération
Saturation
Arbres de consensus
Tests de robustesse
CI et RI mesure de l’homoplasie
Bootstrap et jackknife
Indice de Bremer
Congruence des données
Méthodes probabilistes
Maximum de vraisemblance
Le problème des longues branches
Principe
Calcul de la probabilité d’un arbre
Modèles et paramètres
Procédures
Tests d’hypothèses
Comparaison de deux arbres
TREEPUZZLE ou la méthode des quartets
Méthode bayesienne
Le théorème de Bayes
Exemple
Exemple 1
Exemple 2
Procédure
Etape 1
Exploration du paysage d’arbres par MCMC (Markov Chain Monte Carlo Algorithme)
Analyse des résultats
Entrée des commandes à l’aide du fichier de données
Fichiers de sortie
Analyse après le run
Conclusion