Phylogénie moléculaire

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Phylogénie moléculaire
Plan Introduction : Historique. Phénétique et cladisme Origine de la diversité Hypothèses fondatrices LUCA Familles multigéniques Comparaison de génomes Racine de l’arbre du vivant Outils phylogénétiques Arbres ou réseaux Taxons et caractères Caractères morphologiques ou moléculaires ? Conclusion
Méthodes phénétiques Concepts de base Distance Similitude et distance Propriétés des distances Distances observées et évaluées Principe du calcul Corrections utilisées Tests statistiques Procédures UPGMA NJ pour Neighbor Joining
Méthode de Parcimonie Parcimonie Principe de parcimonie Orientation Ontogénie Paléontologie Chorologie (distribution géographique) Extra-groupe Caractères Modèle Procédures Algorithme exact Exemple du Quagga Algorithme Branch and bound Algorithme heuristique Algorithme de Wagner (1961) Branch swapping Analyse des résultats Retour aux caractères Optimisation Pondération Saturation Arbres de consensus Tests de robustesse CI et RI mesure de l’homoplasie Bootstrap et jackknife Indice de Bremer Congruence des données
Méthodes probabilistes Maximum de vraisemblance Le problème des longues branches Principe Calcul de la probabilité d’un arbre Modèles et paramètres Procédures Tests d’hypothèses Comparaison de deux arbres TREEPUZZLE ou la méthode des quartets Méthode bayesienne Le théorème de Bayes Exemple Exemple 1 Exemple 2 Procédure Etape 1 Exploration du paysage d’arbres par MCMC (Markov Chain Monte Carlo Algorithme) Analyse des résultats Entrée des commandes à l’aide du fichier de données Fichiers de sortie Analyse après le run
Conclusion 
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