Master - Mention Microbiologie, biologie végétale et biotechnologies

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Master - Mention Microbiologie, biologie végétale et biotechnologies
F Secrétariat
o Patricia Violland, Secrétariat pédagogique de Biologie, bat TPR2, 4ème étage - 04 91 82 95 46 –
sciences-master-mbvb@univ-amu.fr
F Responsables
Mention et M1 : Chantal Tardif, chantal.tardif@ univ-amu.fr
M2 Spécialité R Microbiologie : Frédéric Barras, frederic.barras@univ-amu.fr
M2 Spécialité R Biologie Végétale : Christophe Robaglia, christophe.robaglia@ univ-amu.fr
M2 Spécialité R BIODEV : Craig FAULDS, craig.faulds@univ-amu.fr
Organisation des enseignements du Master 1 MBVB –parcours « microbiologie »,
« BV » et « mixte »
F en noir les unités organisées par MBVB, en bleu les unités organisées par BBSG, en rouge les unités
organisées par DI, en violet les unités organisées par le CIELL.
F en gras les unités obligatoires, en caractères normaux les unités optionnelles (choisir une unité de chaque
rang pour les unités optionnelles, cf fiche de choix d’unités)
Semestre 1
Crédits
Intitulé de l’UE
Mail
Contrôle connaissances
Responsable
Introduction à la
génomique 1
1
3
Pascal Rihet/ Céline Brochier
pascal.rihet@univ-amu.fr Ecrit
2
Des
3 cyanobactéries
aux plantes
Cheng Cai Zhang
cheng-cai.zhang@univEcrit
amu.fr
3
3
Stress cellulaire
et adaptation
Frédéric Barras
Frederic.barras@univEcrit
amu.fr.
4
Transport et
3 adressage des
macromolécules
Sophie Blévès
sophie.bleves@univEcrit
amu.fr
5
Initiation à la
6 recherche 1
(Ateliers 100h)
6
Mécanismes
3 moléculaires de
régulation
Plantes énergie et
Lumière
7 et 8
3
7 et 8
Biologie cellulaire
3 et développement
végétal
7 et 8
Anatomie
3 fonctionnelle des
bactéries
7 et 8
3
9
Zohra Dermoun
zorah.dermoun@univEcrit + oral
amu.fr
Cécile Jourlin
jourlin@ibsm.cnrs-mrs.fr Ecrit
Christophe Laloi
christophe.laloi@univEcrit
amu.fr
Patrice Crété
patricie.crete@univEcrit
amu.fr
Chantal Tardif
chantal.tardif@univEcrit
amu.fr
Zohra Dermoun
zorah.dermoun@univEcrit
amu.fr
Nutrition et
croissance
tom.grainger@univResponsables :
amu.fr Contr. Conn. :
Tom Grainger jacques.van-helden@univ- Ecrit
Jacques van Helden
amu.fr Ecrit + contrôle continu
Pascal Rihet pascal.rihet@univ-amu.fr Oral
Christophe Robaglia
Ecrit
christophe.robaglia@univamu.fr
Unité libre :
Anglais
3 Bioinformatique 1
Introduction à la
génomique 2
Virologie
Total des crédits d'UEs de rangs différents : 30
Semestre 2
Rang Crédits
Intitulé de l’UE
Responsable
Mail
Contrôle connaissances
1
Initiation à la
12 recherche 2 (Stage
6 semaines)
1
12 Consolidation
Zorah Dermoun
Sophie Blévès
dermoun@imm.cnrs.fr Rapport + maitre de stage
sophie.bleves@univEcrit + TP
amu.fr
Communiquer en
sciences
Maryline Foglino
maryline.foglino@univOral
amu.fr
3,4,5
et 6
Interaction
3 plantes/pathogènes
et symbiontes
Christophe Robaglia
christophe.robaglia@univEcrit
amu.fr
3,4,5
et 6
Adaptation des
3 plantes à
l'environnement
Stéfano Caffarri
stefano.caffarri@univEcrit
amu.fr
3,4,5
et 6
3
Zorah Dermoun
zorah.dermoun@univEcrit
amu.fr
3,4,5
et 6
Biotechnologies
3 microbienne et
végétale
Christophe Robaglia
christophe.robaglia@univEcrit
amu.fr
3,4,5
et 6
Différentiation
3 cellulaire
bactérienne
3,4,5
et 6
3 Sciences et société
3,4,5
et 6
3
2
6
Métabolismes
microbiens et les
grands cycles de la
matière
Pathogénie
bactérienne
Cheng Cai Zhang
Frédéric Barras
Sophie Blévès
cheng-cai.zhang@univOral + écrit
amu.fr
barras@ifr88.cnrs-mrs.fr Oral + rapport
sophie.bleves@univEcrit
amu.fr
Total des crédits d'UEs de rangs différents : 30
Règles pour l’acquisition de l’année
F L’année = 60 crédits européens (ECTS)
F Les semestres ne sont pas compensables, vous devez acquérir indépendamment les 30 ECTS de
chaque semestre.
F Au sein de chaque semestre, les unités s’acquièrent
o indépendamment : chaque unité est acquise définitivement avec les ECTS correspondants
lorsque la note correspondante est supérieure ou égale à 10 sur 20.
o par compensation : toutes les unités d’un semestre sont acquises lorsque la moyenne générale
du semestre (calculée en tenant compte des coefficients, relatifs aux ECTS) est supérieure ou
égale à 10 sur 20.
Admission en M2 MBVB
* Mention AB souhaitée, accès limitée par l’accord sur un stage accrédité par le comité de pilotage du
master.
* Quelques informations sur les différentes spécialités de M2 MBVB à l’URL suivante : http://biosciences.univ-amu.fr/master-mbvb.
* Chaque spécialité de M2 est organisée de la façon suivante : un semestre d’enseignements théoriques
(septembre à décembre) et un semestre « stage » de janvier à juin. Le stage en milieu académique, en
plateforme technologique ou en entreprise.
Quelques informations pratiques
Documents fournis :
F Emploi du temps du 1er semestre. Surveiller les actualisations sur l’ENT et votre boite mail.
F Fiches de choix d’unités optionnelles à remplir et déposer au secrétariat du M1 début septembre
pour le S1 et mi-décembre pour le S2. Consulter la description des unités (voir ci-dessous) pour
vous aider dans vos choix. Les choix indiqués sur la fiche seront utilisés pour les inscriptions aux
examens. Toute absence aux examens correspondants sera considérée comme une absence injustifiée et
vaudra un zéro.
F Plan du campus universitaire et technologique de Marseille-Luminy avec indication de la
localisation des salles et amphis sur le site du master. En cas de doute sur la localisation d’une salle,
s’adresser à l’accueil du grand hall.
Description du contenu des UEs de M1
Intitulé de l'UE
Semestre n°
Crédits
Adaptation des plantes à l'environnement
Semestre 2
3
Contenus
Responsables
La première partie du cours a pour but de présenter les réponses des plantes aux changements de
l’environnement et les mécanismes moléculaires et cellulaires de défense contre les stress abiotiques.
La deuxième partie étudie les bases et les dernières avancées concernant les régulations épigénétiques qui
interviennent dans des processus biologiques tel que le développement, la résistance au virus ou le contrôle
des éléments transposables. Le rôle des régulations épigénétiques de type transcriptionnel et posttranscriptionnel dans l’adaptation des plantes à des changements environnementaux a été récemment mis en
évidence.
Stefano CAFFARRI
Stefano CAFFARRI, MC
Enseignants
Patrice CRETE, MC
intervenant dans
Christophe LALOI MC
l'UE
Intitulé de l'UE
Anatomie fonctionnelle des bactéries
Semestre n°
Semestre 1
Crédits
3
La majeure partie de ce cours porte sur l’étude de la structure et de la fonction des enveloppes
bactériennes et des appendices qui leurs sont associés:
-Paroi et autres structures de l'enveloppe bactérienne : muréines et polymères associés, membrane
externe des gram négatives, couche S (S-layer), capsules et polymères excrétés.
-Membrane et Perméation : Perméase, Phosphotransférase, Transporteur ABC. Transport des ions.
- Adhésion et mobilité/chimiotactisme : Pili et Flagelles.
Une partie du cours est consacrée à l’étude de la diversité du monde bactérien
Contenus
Responsables
Chantal TARDIF
Stéphanie PERRET MC
Enseignants
Anne WALBURGER MC
intervenant dans l'UE
Chantal TARDIF Professeur
Intitulé de l'UE
Semestre n°
Crédits
Contenus
Responsables
Anglais
Semestre 1
3
Consolidation des notions d’anglais acquises jusqu’en licence. Préparation au TOEIC
Tom GRAINGER
Enseignants intervenant dans l'UE Enseignants du CIELL
Intitulé de l'UE
Semestre n°
Crédits
Contenus
Plantes, énergie et lumière
Semestre 1
3
Les plantes dominent la Terre grâce à leur capacité à capturer l’énergie du soleil et à la convertir en énergie
chimique à travers la photosynthèse. Cette conversion énergétique par les organismes photosynthétiques
produit environ 130 térawatts par an, soit dix fois la consommation d'énergie de la civilisation humaine! La
photosynthèse constitue donc un excellent moyen naturel de conversion et de stockage de l’énergie solaire
sous une forme stable et durable et, de part ce fait, est maintenant intégrée dans des stratégies économiques
à travers l’émergence des biocarburants. L'énergie de la lumière peut toutefois être dangereuse pour les
cellules photosynthétiques en raison de la formation d'oxygène réactif. Les plantes ont donc développé une
série de réseaux sophistiqués de signalisation qui leur permet d’ajuster leur fonction photosynthétique afin
d’optimiser la capture de la lumière ou inversement minimiser les effets d’un excès. La lumière constitue
donc non seulement la source d’énergie principale, mais également un ensemble de signaux nécessaire,
complexe et évolutif, permettant aux végétaux de connaitre leur environnement et de s’y adapter. Ces
actions complexes et variés de la lumière seront abordées dans cette UE autour de trois thèmes principaux :
1. La lumière, signal: photo-perception, signalisation cellulaire et rôle dans le développement.
2. La lumière, source d’énergie: optimisation de la capture de lumière, prévention des excès, conséquences
des excès
3. La lumière, source principale d’énergie renouvelable : conversion en énergie chimique, stockage et
utilisation dans les bioénergies
Responsables
Christophe LALOI
Enseignants
Stefano CAFFARRI MC
intervenant dans Christophe LALOI MC
l'UE
Yonghua Li-Beisson
Intitulé de l'UE
Semestre n°
Crédits
Contenus
Responsables
Biologie cellulaire et développement végétal
Semestre 1
3
Cette unité présente les éléments essentiels de la biologie du développement des végétaux. Les
particularités cellulaires et organisationnelles des plantes seront rappelées (paroi, plasmodesmes etc) et leur
conséquence sur les processus développementaux étudiées. L'ensemble du cours tentera de faire une
synthèse critique entre les données classiques de la botanique expérimentale et celles, plus récentes,
apportées par la génétique moléculaire, la biochimie et l'imagerie cellulaire et subcellulaire.
Les sujets suivants seront abordés:
Rappels : cellules végétales
Hormones végétales (auxines, cytokinines)
Organisation de la plante
Fécondation et embryogénèse (zygotique et somatique)
Totipotence des cellules végétales
Méristèmes
Rôle de la paroi dans la morphogénèse
Génétique et fonctionnement du méristème
Génétique du développement floral
Développement et morphogénèse adaptative de la racine
Patrice CRETE
Enseignants
Christophe ROBAGLIA, Professeur
intervenant dans Patrice CRETE MC
l'UE
Benoît MENAND, Chargé de Recherche CNRS
Intitulé de l'UE
Semestre n°
Crédits
Contenus
Responsables
Biotechnologies microbienne et végétale
Semestre 2
3
Dans cette UE double (biotechnologies végétales, biotechnologies microbiennes) seront étudiées les
principes de l'amélioration des plantes modernes comme l'utilisation des marqueurs moléculaires, le
développement et les applications de la génétique quantitative, les méthodes et les applications de la
transformation génétique nucléaire et chloroplastique. On étudiera aussi les principes de l'utilisation des
plantes et des micro-algues pour la production de biocarburants. Les présentations, physiologie et
précautions de mise en oeuvre de microorganismes jouant un rôle central dans les applications finalisées
seront abordées, sous l’angle de la métagénomique, des OGM, et de la préservation de l’environnement
(composés xénobiotiques, valorisation en molécules à très haute valeur ajoutée). Les enseignements
pourront avoir lieu partiellement sur les sites de l'INRA Montfavet et du CEA Cadarache et
s'accompagneront de visite de laboratoires et installations expérimentales.
Les stratégies d'ingénierie métabolique et d'expression hétérologue mises en oeuvre en biotechnologies
microbiennes seront illustrées par des exemples principalement sur l'utilisation des micro-organismes pour
la production de métabolites cellulaires à intérêt industriel (acides aminés, biocarburants) et de protéines à
usage thérapeutique mais aussi sur leur utilisation en dépollution ou en alimentaire.
Pascale DE PHILIP MC
Enseignants
Pascale DE PHILIP MC
intervenant dans Christophe ROBAGLIA, PR
l'UE
Intitulé de l'UE
Semestre n°
Crédits
Contenus
Responsables
Communiquer en sciences
Semestre 2
6
Après une ou deux séances introductives, l’étudiant doit expliquer à l’ensemble des étudiants de l’UE, le
contenu d’un article scientifique issu d’un journal international sur un thème donné. Un thème est choisi
par chaque intervenant qui encadre un petit groupe d’étudiants (maximum 7) les aidant dans leur lecture et
les conseillant pour la préparation de l’exposé oral. Durant trente minutes, outre l’exposé proprement dit,
l’étudiant doit répondre aux questions des autres étudiants mais également des enseignants participants. Un
jury d’étudiants est constitué dans le but de permettre un apprentissage de l’évaluation.
Maryline FOGLINO
Enseignants
6 intervenants participent chaque année à cette UE. Tous les enseignants du Master sont susceptibles d'y
intervenant dans
participer.
l'UE
Intitulé de l'UE
Semestre n°
Crédits
Contenus
Responsables
Des cyanobactéries aux plantes
Semestre 1
3
Un grand nombre de fonctions métabolique et énergétique sont conservées chez les plantes et les bactéries.
Ces observations sont les plus évidentes lorsqu’on considère les chloroplastes et les cyanobactéries qui
partagent des ancêtres en commun. Les génomes chloroplastiques ne représentent que 5-10% d’un génome
moyen de cyanobactéries. Alors où est partie la majorité de gènes et comment le chloroplaste de type
procaryote s’intègre dans le fonctionnement global d’une plante vice-versa ? Ce cours d’interface traitera
ces problématiques en intégrant les informations des études sur les génomes de plantes, de cyanobactéries
et de chloroplastes, et des bactéries.
Les thèmes traités sont: 1) génomique comparative et fonctionnelle entre chloroplastes, cyanobactéries et
plantes; 2) division des chloroplastes comparée à la division bactérienne; 3) exemples de conservation du
mécanisme de régulation et de signalisation chez les plantes et les bactéries; 4) régulation et coordination
des métabolismes carboné et azoté chez les plantes et les cyanobactéries.
Cheng Cai ZHANG
Emmanuelle BOUVERET, Chargé de Recherche CNRS
Enseignants
Amel LATIFI, MC
intervenant dans
Christophe ROBAGLIA, PR
l'UE
Cheng Cai ZHANG, PR
Intitulé de l'UE
Semestre n°
Crédits
Contenus
Responsables
Différentiation cellulaire bactérienne
Semestre 2
3
Dans certaines conditions, les bactéries réorganisent leur cellule pendant un processus de différenciation.
Les différentes activités cellulaires, telles que métabolisme, cycle cellulaire et morphogenèse, sont
hautement coordonnées. A travers quelques modèles (Bacillus, Caulobacter, Anabaena, Myxococcus), les
points suivants seront traités : 1) programme génétique de la différenciation, 2) expression spatiotemporelle des gènes, et 3) interaction inter-cellulaire et comportement social chez les bactéries.
Première partie (C.-C. Zhang) : Différenciation et comportement social chez Caulobacter, Anabaena, et
Myxococcus
Deuxième partie (C. Jourlin-Castelli) : La sporulation chez Bacillus (Programme génétique et réseau de
régulation)
Cheng-Cai ZHANG
Enseignants
Cécile JOURLIN-CASTELLI, MC
intervenant dans
Cheng-Cai ZHANG, PR
l'UE
Intitulé de l'UE
Semestre n°
Crédits
Métabolismes microbiens et les grands cycles de la matière
Semestre 2
3
A travers plusieurs thèmes, les différentes approches de l’étude d’un métabolisme sont développées
(approches physiologiques, biochimiques, génétiques et évolution)
Thème 1 : Métabolisme de l’hydrogène et les hydrogénases
Thème 2 : Dégradation microbienne des polymères carbonés majeurs sur la planète
Physiologie des bactéries qui jouent un grand rôle dans les cycles de la matière étudiée sous les
angles biochimique et moléculaire :
Cycle du soufre et physiologie des bactéries sulfato-réductrices
Cycle du carbone et Relations trophiques inter-espèces qui permettent la minéralisation anaérobie de
la matière organique-Transfert inter-espèces d’hydrogène-méthanogenèse.
Cycle de l’azote et métabolismes associés
Métabolisme et réactivité de l’oxygène
Biotopes extrêmes
Contenus
Responsables
Zorah DERMOUN
Enseignants intervenant
Zorah DERMOUN MC
dans l'UE
Intitulé de l'UE
Semestre n°
Crédits
Contenus
Responsables
Initiation à la recherche 1
Semestre 1
6
Les étudiants se familiarisent avec la problématique de recherche par la lecture de publications
scientifiques, conçoivent, préparent et réalisent des expériences. Ils analysent et critiquent les résultats
obtenus. Chaque atelier comprend des manipulations de microbiologie/biologie végétale, biologie
moléculaire, biochimie, ainsi que des analyses bio-informatiques. L’objectif est de créer un environnement
de recherche en mettant en avant l’interdisciplinarité essentielle pour mener à bien un projet et progresser
dans la connaissance. Chaque atelier regroupant une dizaine d'étudiants est encadré par un enseignantchercheur.
Zohra DERMOUN
Laurent AUSSEL, MC
Sophie BLEVES, MC
Zorah DERMOUN, MC
Enseignants
Cécile JOURLIN, MC
intervenant dans
Amel LATIFI, PR
l'UE
Sandrine PAGES, MC
Pascale de PHILIP, MC
Anne WALBURGER, MC
Intitulé de l'UE
Semestre n°
Crédits
Contenus
Responsables
Enseignants intervenant dans
l'UE
Intitulé de l'UE
Semestre n°
Crédits
Contenus
Responsables
Initiation à la recherche 2
Semestre 2
12
Stage en laboratoire de recherche
Durée: 6 semaines
Zorah DERMOUN
Les étudiants sont encadrés en laboratoire de recherche par des enseignants-chercheurs ou
des chercheurs
Interaction plantes/pathogènes et symbiontes
Semestre 2
3
L’UE est centrée sur la réponse des plantes aux pathogènes (bactériens, viraux et fongiques) et aux
bactéries non-pathogènes (symbiotiques et bactéries de la rhizosphére). Une large part y faite aux
mécanismes de la reconnaissance, de la mise en place de la résistance et de la génétique de celle ci.
Les thèmes suivants sont abordés:
Interactions non-pathogènes et symbiotiques, Bactéries de la rhizosphère, Symbiose Rhizobiumlégumineuses, Principaux pathogènes (virus, champignons, bactéries, nématodes), Mécanismes de
résistance, La réaction hypersensible, Relation gène à gène, Gènes de résistance,Parenté animaux /
végétaux dans les systèmes de résistance, Concept de surveillance, Résistance aux Virus et RNA-silencing.
Christophe ROBAGLIA
Enseignants
Christophe ROBAGLIA, PR
intervenant dans
Thierry HEULIN, DR CEA Cadarache
l'UE
Intitulé de l'UE
Semestre n°
Crédits
Contenus
Responsables
Introduction à la génomique 1
Semestre 1
3
Panorama transversal de la génomique. Les contours de la génomique seront définis et l’accent est mis sur
l’aspect transversal de l’approche. L’approche génomique sera illustrée aussi bien chez les procaryotes que
chez les eucaryotes. Cette partie sera principalement composée de cours portant notamment sur l’obtention
et l’annotation des séquences, l’évolution des génomes (micro et macro évolution), l’expression des gènes,
les réseaux de régulation, les réseaux d’interaction protéique, et l’influence des variations du génome et du
transcriptome sur les phénotypes au niveau de l’organisme. Une série de TD viendra compléter cet
enseignement théorique et permettra au travers d’études de cas d’illustrer les points cruciaux du cours.
Ce module est articulé avec les modules de Bioinformatique et d’introduction à la génomique 2 de BBSG.
Une application pratique (sur machine) n’est pas intégrée dans ce module, mais l’est dans le module de
Bioinformatique. Ce module est ouvert aux mentions de développement/Immunologie d’une part et de
Microbiologie, biologie végétale et biotechnologies d’autre part.
Pascal RIHET
Enseignants
intervenant dans
l'UE
Intitulé de l'UE
Semestre n°
Crédits
Contenus
Responsables
Introduction à la génomique 2
Semestre 1
3
Les différents grands projets de génomique seront abordés (les projets génome humain, génomes animaux,
génomes des plantes, micro-organismes) au travers d’articles scientifiques récents en langue anglaise. Ce
module permettra aux étudiants d’approfondir un aspect particulier de la génomique en fonction de sa
sensibilité et de son projet de formation. Les étudiants seront acteurs : chaque binôme d’étudiants analysera
un article, et présentera l’article oralement. Le travail de préparation se fera en étroite interaction avec un
enseignant spécialiste. L’enseignant fournira des informations complémentaires et du matériel
supplémentaire (articles ou revues) utiles pour la compréhension et la présentation de l’article. A l’issue des
présentations, chaque binôme rédigera un rapport sur un autre thème après discussion et échanges
d’information avec un autre binôme.
Pascal RIHET
Enseignants
intervenant dans
l'UE
Intitulé de l'UE
Semestre n°
Crédits
Contenus
Responsables
Mécanismes moléculaires de régulation
Semestre 1
3
Cet enseignement traite des principaux mécanismes moléculaires impliqués dans la régulation de
l’expression génétique chez les bactéries. Les différents niveaux de régulation, depuis la synthèse jusqu'à la
dégradation des macromolécules biologiques, seront abordés à travers différents exemples. Des systèmes
spécifiques permettant aux bactéries de s’adapter à leur environnement ou de communiquer entre elles
seront également étudiés.
Cécile JOURLIN-CASTELLI
Sophie BLEVES, MC
Enseignants
Maryline FOGLINO, MC
intervenant dans
Cécile JOURLIN-CASTELLI, MC
l'UE
Amel LATIFI, PR
Intitulé de l'UE
Semestre n°
Crédits
Contenus
Nutrition et croissance
Semestre 1
3
L’objectif de cet enseignement est d’amener les étudiants à la maîtrise des paramètres énergétiques des
cultures des microorganismes prenant en compte leurs exigences nutritionnelles et physico-chimiques.
L’enseignement s’appuie sur une modélisation mathématique des croissances bactériennes qui permet
l’interprétation et la compréhension de la physiologie des croissances essentiellement bactériennes en
milieu non renouvelé ainsi qu’en milieu renouvelé.
Responsables
Zorah DERMOUN
Enseignants
intervenant dans Zorah DERMOUN, MC
l'UE
Intitulé de l'UE
Semestre n°
Crédits
Contenus
Responsables
Pathogénie bactérienne
Semestre 2
3
Il s’agit de former les étudiants à la microbiologie cellulaire, une discipline qui fait le lien entre la
bactériologie et la biologie cellulaire, et qui permet d’étudier les processus mis en place lors de l’interaction
des bactéries pathogènes avec leurs cellules hôtes. Différents aspects de la pathogénie bactérienne seront
abordés : toxines bactériennes, l’acquisition du fer, les biofilms, l’adhérence, les mécanismes d’entrée (par
«Zipper » et par «Trigger»), le trafic intracellulaire (Listeria, mobilisation de l'actine, la survie
intracellulaire (Salmonella, survie dans les macrophages), la survie extracellulaire (détournement du
système immunitaire primaire par Yersinia). La réponse de la cellule hôte sera traitée en abordant la
transduction du signal chez les eucaryotes (les récepteurs Toll et Nod, les MAP kinases, la voie NfkB, les
interleukines, les petites protéines G).
Sophie BLEVES
Enseignants
Sophie BLEVES, MC
intervenant dans
Sophie de BENTZMAN, Chargé de Recherche CNRS
l'UE
Intitulé de l'UE
Pratique de l'analyse des séquences biologiques in silico (Bioinfo I)
Semestre n°
Semestre 1
Crédits
3
Cette unité vise à approfondir les notions de base sur l'analyse in silico de séquences biologiques, en
abordant de manière plus complète les notions
1. de recherche et de caractérisation de domaines protéiques
2. de reconstruction phylogénétique
3. d'analyse et de prédiction de structures protéiques 3D
4. de mise en évidence de mécanismes de régulation transcriptionnelle.
Attention: il ne s'agit pas d'une unité d'introduction à la bioinformatique; les étudiants n'ayant que peu
de notions de bioinformatique et souhaitant néanmoins prendre cette unité sont donc priés de contacter
l'enseignant responsable auparavant.
Contenus
Responsables
Jacques van HELDEN
Enseignants
intervenant dans
l'UE
Intitulé de l'UE
Semestre n°
Crédits
Contenus
Responsables
Sciences et société
Semestre 2
3
Science et Société est un enseignement délivré par des enseignants chercheurs, des chercheurs et des
journalistes. L’objectif pédagogique est double : il s’agit de donner aux étudiants, d’une part, des
informations sur des thèmes où Science et Société se rencontrent, et, d’autre part, d'’initier les étudiants au
métier de journaliste scientifique. Les thèmes traités concernent Les Femmes et la Science, L’eugénisme,
Les OGM, La structuration politique de la recherche, Le fonctionnement des associations caritatives. Un
journaliste professionnel enseigne aux étudiants comment rédiger un article de presse grand public type "Le
Monde" ou "Libération", sur un des thèmes précités.
Frédéric BARRAS
Enseignants
Frédéric BARRAS, PR
intervenant dans Emmanuelle BOUVERET, Chargé de Recherche CNRS
l'UE
Christophe ROBAGLIA, PR
Pédro LIMA, Journaliste
Intitulé de l'UE
Semestre n°
Crédits
Stress cellulaire et adaptation
Semestre 1
3
Contenus
Responsables
Originellement, la vie s’est développée sur terre dans un contexte atmosphérique réducteur. Puis
l’apparition de la photosynthèse a transformé l’environnement, le rendant oxydant. Les "formes réactives de
l’oxygène" (F.R.O.) produites par la respiration ou la photosynthèse, sont également générées lors des
réactions immunitaires et sous l'effet d'oxydants environnementaux. Parce que ces F.R.O. attaquent les
macromoléc. essentielles à la vie (ADN, lipides, protéines), les organismes vivants disposent de moyens de
défense variés. Les uns sont enzymatiques, comme des catalases, peroxydases, glutathion réductases,… ou
non enzymatiques (caroténoïdes, vitamines C et E, sélénium...). Il existe, normalement, un équilibre
dynamique entre la production de radicaux libres et leur neutralisation par les systèmes de protection. Ce
bel équilibre est parfois dépassé, (insuffisance d'apport en antioxydants, inefficacité des enzymes
protectrices, augmentation de la production de radicaux libres) et l'organisme se trouve dans un état de
"stress oxydatif ", ouvrant la porte à de nombreuses déficiences, allant d’une perte de viabilité chez les
bactéries jusqu’à des pathologies graves chez les organismes supérieurs, en passant par une diminution des
rendements des plantes en culture. L’objectif de ce cours sera de faire une présentation des stratégies mises
en place par les bact. et les plantes pour lutter contre les méfaits du stress oxydatif. L'intégration de ce stress
dans d'autres stress cellulaires tels que la carence en fer, le vieillissement cellulaire sera discuté.
Amel LATIFI
Amel LATIFI, PR
Enseignants
Frédéric BARRAS, PR
intervenant dans Laurent AUSSEL, MC
l'UE
Patrice MOREAU, Chargé de Recherche CNRS
Frank GALLAND, PR
Intitulé de l'UE
Semestre n°
Crédits
Transport et adressage des macromolécules
Semestre 1
3
Contenus
Responsables
L’enveloppe bactérienne est une barrière essentielle à l’imperméabilité et l’intégrité de la cellule
bactérienne. Malgré tout, cette enveloppe est le siège d’un intense trafic moléculaire depuis ou vers
l’intérieur de la cellule. Ces transports sont notamment requis pour les échanges métaboliques avec
l’extérieur, le transfert d’ADN, pour la perception des conditions environnementales, ou encore pour la
sécrétion d’enzymes, de toxines chez les bactéries pathogènes. Ces systèmes de transport nécessitent
l’assemblage de complexes protéiques au niveau de l’enveloppe, qui interviennent dans le transit de
molécules hydrophiles à travers des barrières hydrophobes. De ce point de vue tous les principes
fondamentaux qui régissent ces mécanismes de transports de macromolécules (protéines et ADN)
présentent un intérêt évident du point de vue académique, médical et biotechnologique.
Sophie BLEVES
Laurent AUSSEL, MC
Enseignants
Sophie BLEVES, MC
intervenant dans
Eric CASCALES, Chargé de Recherches CNRS
l'UE
Romé VOULHOUX, Chargé de Recherche CNRS
Intitulé de l'UE
Virologie
Semestre n°
Semestre 1
Crédits
Contenus
Responsables
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Classification des virus. Cycle viral. Exemples de virus (plantes et animaux)
Christophe ROBAGLIA
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