Pathogènes émergents : dernières actualités Le projet Pathogen

AREDVI : journée technique – 14 mars 2017
Pathogènes émergents : dernières actualités
- Maladie du Pinot gris
- Xylella Fastidiosa
Le projet Pathogen pour mieux connaître les virus
Le Plan dépérissement : une plateforme
d’échanges
Anne-Sophie Spilmont, IFV (Le Grau du Roi)
14 mars 2017
Aredvi
La « Malattia del Pinot Grigio »
• Découverte en 2003, vignoble nord de l’Italie
• Symptômes dans quelques vignobles de Pinot gris, similaires à
l’acariose
« Maladie du Pinot gris »
14 mars 2017
Aredvi
Découverte d’un nouveau virus Grapevine Pinot gris
Virus (GPgV) en 2012
• dans ces plants symptomatiques
• identifié par technique de séquençage haut débit en 2012
- déformation des feuilles,
- récolte réduite,
- rabougrissement
A. Giampetruzzi et al. / Virus Research 163 (2012) 262–268 263
14 mars 2017
Aredvi
Le Grapevine Pinot gris Virus (GPgV)
• Recherché ensuite à large échelle dans les vignobles par PCR
• Identifié sur d’autres variétés dans le nord de l’Italie
• Puis aussi dans le sud de l’Italie
• Et dans le monde…
14 mars 2017
Aredvi
Identification du virus : situation actuelle dans le
monde
Virus identifié :
• La plupart des pays Européens
• Chine, USA, Canada
14 mars 2017
Pas mentionné : Chili, Argentine, Afrique du
Sud, Australie, Nouvelle Zélande
Aredvi
Focus sur la zone Europeenne
GPGV présent dans de
nombreux pays Européens
Dans quelques
vignes
bordelaises en
2015
?
La maladie identifiée à cette date uniquement en Italie (2003), en Slovénie (2001),
en Allemagne (2015)
Incidence de la maladie : situation actuelle en Italie
•Etudes en 2016 dans “Veneto” sur la maladie
•Prospections sur la base du volontariat
•290 vignobles observés (Glera et Pinot noir) : 500 à 1000 souches / parcelle
0
Taux de ceps malades dans les parcelles
<1%
9 parcelles sur 10 sans ou avec
très peu de symptômes
3%
1-10%
10%
10-40%
29%
58%
Le virus est présent dans un nombre significatif de pieds de vigne mais
très peu sont atteints par la maladie
14 mars 2017
Aredvi
Quel lien entre GPgV et « malattia del Pinot grigio » ?
• Le lien entre virus et maladie n’est pas totalement explicité
• Différentes hypothèses
• Deux variants distincts identifiés : un seul serait capable d’induire
des symptômes (Univ. Bari)
• Corrélation entre charge virale (concentration du virus) et les
symptômes (CREA, Conigliano)
• + Des facteurs environnementaux spécifiques pour l’induction des
symptômes (type de sol, climat, déficits hydriques et nutritionnels …)
D’après Angelini et al, September 2015 Issue of Wines & Vines
http://www.winesandvines.com/template.cfm?section=features&content=156977
Et Saldarelli et al, 2015
14 mars 2017
Aredvi
Des différences de sensibilité variétale
Seuls certains cépages semblent capables d’exprimer des symptômes
Les variétés identifiées comme sensibles à la “maladie du Pinot gris” à
cette date :
- Pinot gris, Pinot blanc, Pinot noir
- Gewürztraminer
- Chardonnay
- Glera
-- Sauvignonasse
- Muscat blanc
- Raisins de table (Black magic, Supernova)
14 mars 2017
Aredvi
Les symptômes de la maladie du Pinot gris
Entrenoeuds raccourcis, feuilles de petites tailles
Ces symptômes peuvent parfois être confondus avec des népovirus , Eutypiose,
Glera
Pinot gris
carences
ou phytotoxicité
14 mars 2017
Aredvi
Crédit photos, E Angelini
Les symptômes de la maladie du Pinot gris
Une végétation buissonnante
14 mars 2017
Aredvi
Les symptômes de la maladie du Pinot gris
Des symptômes plus ou moins nets
- végétation rabougrie
- feuilles déformées avec décolorations
- Mais pas de fasciation
Glera
Pinot gris
Parfois des symptômes légers :
- asymétrie
- épaississement de la nervure
14 mars 2017
Aredvi
Les symptômes de la maladie du Pinot gris
Les symptômes sont généralement fugaces :
- Bien visibles en mai/juin
- S’atténuent ensuite car le nouvelle végétation est « normale »
- Période de détection optimale sur feuilles au printemps
Pas de mortalité des souches identifiée à cette date
Effets sur la production et la qualité variables selon la variété
et l’environnement des parcelles
14 mars 2017
Aredvi
Un vecteur identifié
Colomerus vitis, l’acarien responsable de l’erinose
Boursouflure face supérieure et poils
face inférieure
Capable de transmettre le GPgV en
conditions de laboratoire
Démontré au vignoble en 2016
(Malagnini et al, 2016)
14 mars 2017
Aredvi
Crédit photos, G Sentenac et E Angelini
Et d’autres plantes hôtes…
• Identifié tout récemment dans des plantes herbacées
a
b
Chenopodium album L. (a) and Silene latifolia subsp. alba (Compagnon blanc) (b) plants showing chlorotic and
mottling spots, respectively.
Valeria Gualandri et al, Eur J Plant Pathol, 2016
Plantes réservoirs : rôle dans la dispersion de ce virus ??
14 mars 2017
Aredvi
Qu’en est-il de la situation en France ?
• Identification du GPgV dans le Bordelais en 2014 (Beuve et al, INRA
Colmar)
• Sur Merlot co-infecté par nepovirus
En 2016 : réalisation de 3000 analyses avec pour objectif
Avoir une idée de la présence du virus sur le territoire Français :
• différentes régions viticoles
• différents cépages
• parcelles d’âges variés
14 mars 2017
Aredvi
Analyses 2016 : suivi en France
Avoir une idée de sa présence en France : parcelles de
production dans différentes régions
Val de Loire, Bordelais, Midi-Pyrénées, LR, PACA, Vallée du Rhône,
Bourgogne, Champagne, Alsace
- Vignes de production
- 2 gammes d’âge : + 10 ans et moins de 5 ans
- 10 parcelles par catégorie dans chaque région
- Prélèvement sur 20 souches par parcelle
14 mars 2017
Aredvi
Prévalence du virus GPGV en France
(analyses 2016)
Echantillons GPGV+
Echantillons GPGV-
Virus identifié dans
l’ensemble des régions
72% des échantillons sont
trouvés GPGV+
Virus très présent comme
dans les pays limitrophes…
14 mars 2017
Aredvi
Etude selon l’âge des parcelles
Répartition par classe d‘âge en nombre de parcelles
45
40
35
30
25
26
19
35
20
15
13
17
10
5
11
3
8
avt 1971
9
14
6
3
0
12
1972-1980
1981-1990
1991-2000
GPGV-
2001-2005
5
2
1
2006-2010
2011-2014
2015-2016
GPGV+
Pas de lien entre âge des parcelles et détection du virus :
- ce virus est aussi trouvé dans de très vieilles parcelles
- contamination ancienne ou récente ???
14 mars 2017
Aredvi
Situation à l’Espiguette
Tests par PCR sur le matériel initial dans les conservatoires
- Conservatoire plein-champ
- Conservatoire en serre insect-proof (= Conservatoire bis) : la plupart des
clones agréés y sont conservés non greffés en hors sol
On détecte fréquemment le GPGV dans le conservatoire de plein champ et
de façon très sporadique dans le Bis : seulement 2% des clones détectés
GPGV+
Ce conservatoire a joué son rôle protecteur !
Accrédite la thèse d’une arrivée récente du virus en France…
14 mars 2017
Aredvi
Analyses de variabilité réalisées
Hypothèse : des variants du virus différents, capables ou non d’induire les
symptômes
20 échantillons GPGV+ sélectionnés avec ou sans symptômes
- 2 prélevés sur des souches italiennes symptomatiques
- 18 prélevés dans les vignobles français avec ou sans symptome
• Folle Blanche (NS), Muscat (NS), Bourboulenc (NS)
• Savagnin Blanc (NS and S), Gewurtraminer (NS and S), Vermentino (NS and S),
Zinfandel (NS and S),
• Sauvignon blanc (S), Pinot Noir (S)
Réalisation d’un arbre phylogénétique
14 mars 2017
Aredvi
LN606731
LN606734
LN606710
LN606719
LN606725
29
LN606727
LN606729
34
LN606737
LN606720
60
LN606736
LN606741
30
LN606730
Ech italien (S)
21-S-it-P-RC
6
LN606716
LN606714
Groupe Italien
symptomatique
LN606717
48
LN606738
Séquences
Références
Sequences
Françaises
sympt
LN606713
41
LN606709
asympt
28
sympt
LN606721
LN606715
4
asympt
LN606739
LN606723
22
LN606707
62
44
LN606708
23-S-it-G
46
LN606712
5
82
2407-S-CIVC
2419-S-CIVC
Ech prélevés en
Champagne
LN606728
80
LN606705
96
LN606711
94
LN606722
LN606726
73
72
14 mars 2017
2356-S-I-Z-RC
Aredvi
Pinot noir de
Champagne (S)
LN606712
5
82
2407-S-CIVC
2419-S-CIVC
LN606728
80
Séquences
Références
Sequences
Françaises
sympt
LN606705
96
asympt
LN606711
LN606722
94
sympt
LN606726
73
asympt
2356-S-I-Z-RC
72
2969-S-TER-V
94
2967-S-TER-V
74
2970-S-TER-V
68
2971-NS-TER-V
34
2355-NS-I-Z
99
2977-NS-TER-V
94
15
Zinfandel (S)
433-NS-CB-B
693-NS-PG
Cs Car273-DetF-R
Groupe Italien
asymptomatique
LN606702
77
LN606706
1133-NS-B-FB
66
13
1142-NS-I-SB
20
1143-S-I-SB
4
94
5
4
Des souches notées
symptomatiques dans
ce groupe
1152-NS-B-G
1266-S-I-S
6
2746-NS-CB-M
2965-NS-TER-V
LN606703
36
5
LN606704
Cs Car288-DetF-R
49
3
LN606718
LN606724
66
27
LN606733
LN606732
25
LN606735
20
LN606740
LN606742
14 mars 2017
0.005
Aredvi
A cette date…
Le lien entre virus et maladie reste à clarifier !!
Des symptômes très divers à mieux caractériser
Des études supplémentaires nécessaires
14 mars 2017
Aredvi
Autres variants ?
Autres pathogènes impliqués ?
Rôle de l’environnement ?
Ce qui a été fait en France depuis juillet 2016
• Transmission des résultats obtenus aux instance officielles en septembre
(Ministère et à FAM)
• Information de la direction de l’INRA
• 2 référents désignés sur le sujet : T Candresse et O Lemaire
• Accord de participation aux travaux sur ce sujet
• Mise en place d’un comité de suivi
§ objectif : montage et suivi de projets de recherche
§ composé de personnes ayant des compétences diverses
(T Candresse, O Lemaire, S Kreiter, G Sentenac, G Uriel, JM Boursiquot, O Yobrégat, P Bloy,
L Audeguin, AS Spilmont)
§ virologues, acarologues, agronomes…
Programme de recherche à court et moyen terme
14 mars 2017
Aredvi
Perspectives de recherche pour 2017
• 1- Mieux caractériser les symptômes associés à la maladie du Pinot gris
• Caractériser finement les symptômes sur certaines souches : variabilité, intensité, diversité entre
cépages
• Les Conséquences agronomiques : effet sur la production, mortalité des souches ?
• Reproduction des symptômes : Tests d’indexage et de bouturage, transmission à des plantes
herbacées
• Suivi fin de quelques parcelles dans différentes régions (cartographies plusieurs fois dans la saison)
- parcelles identifiées en Champagne et en Alsace
- à identifier dans le sud-est
• 2- Etudes sur le ou les vecteurs
• Identifier d’éventuels autres vecteurs (piégeages pour faire l’inventaire de la faune) et plantes hôtes
3 - Lien virus / maladie
• Etude des variants et concentrations virales
• Autres virus ou agents pathogènes impliqués
• Effet de l’environnement sur l’expression de la maladie : sol, climat…
14 mars 2017
Aredvi
Partenariats établis et à établir
INRA Colmar
(symptomatologie,
vecteurs, outils)
INRA
Bordeaux
(variants,
autres virus…)
IFV
SupAgro
(symptomatologie,
outils, lien
maladie)
Interpros,
CA
(symptomatologie,
vecteurs)
Selon l’intérêt régional
CIVC : OK
Autres ??
(relai terrain)
14 mars 2017
Aredvi
Xylella fastidiosa
Bactérie, hôtes et vecteurs
Point de situation et surveillance en France
Focus rapide sur la maladie de Pierce
Anne-Sophie SPILMONT
François-Michel BERNARD, IFV Beaune
14 mars 2017
Aredvi
La bactérie Xylella fastidiosa
• Bactérie (Pierce, 1892) appelée Xylella fastidiosa car elle est
« fastidieuse » à cultiver et donc difficile à mettre en évidence
• Présente sur un très grand nombre d’espèces végétales, avec des
symptômes très variés
• Classification en au moins 4 sous espèces : X.f. fastidiosa, X.f. pauca,
X.f. multiplex, X.f. sandyi …
• ATTENTION : La spécificité entre sous-espèce et plante-hôte n’est pas
toujours stricte et évidente !
14 mars 2017
Aredvi
La bactérie Xylella fastidiosa
C’est une bactérie du xylème
• De multiples facteurs à prendre en compte :
• Nombreuses plantes hôtes
• Nombreux insectes vecteurs (piqueurs-suceurs)
• Parfois absence de symptômes visibles
Importance du TRYPTIQUE
Bactérie
(sous-espèce)
Insecte
vecteur
14 mars 2017
Aredvi
Plante
hôte
Présence de X. fastidiosa dans le monde (en 2015)
14 mars 2017
Aredvi
Et en Europe (données janvier 2017)
2016
2015
2013
2016
Oliviers
Multiples espèces ornementales et méditerranéennes
Lauriers-roses en serre
Cerisiers ornementaux
14 mars 2017
Aredvi
Xylella : point sur l émergence en France
La sous-espèce actuellement observée en Corse et en PACA
X. fastidiosa subsp. multiplex
• Espèces trouvées porteuses de Xylella fastidiosa
subsp. multiplex (France) :
• Polygala myrtifolia…
• … mais aussi genêt, armoise arborescente, asperge
sauvage, rosier x floribunda, chêne vert, lavande,
myrte, romarin…
• A ce jour, la sous-espèce ‘multiplex’ n’a encore
jamais été observée sur vigne
• Les autres sous-espèces (dont X.fastidiosa
fastidiosa) pourraient arriver sur le territoire
français.
Quels seraient alors leurs vecteurs ?...
14 mars 2017
Aredvi
Sur vigne : la Maladie de Pierce
• Décrite pour la première fois aux USA en 1892 (Pierce)
• Xylella fastidiosa subsp. fastidiosa
• Plusieurs phases d’émergence dont la plus importante fin des années
1990’s
« émergence » liée à l’arrivée d’un nouveau vecteur
14 mars 2017
Aredvi
Maladie de Pierce sur vigne
Défaut d’aoûtement sur vigne (Vitis vinifera)
(Photo : Pr Sforza USDA/EBCL – Phytoma)
Maladie de Pierce sur vigne (Vitis vinifera) - Symptômes sur Chardonnay
(Photo: J. Clark - University of California, Berkeley USA – Source : www.eppo.org)
14 mars 2017
Aredvi
Maladie de Pierce sur vigne
Maladie de Pierce sur vigne (Vitis vinifera)
Aredvi
(Photo: A. Walker)
14 mars 2017
Maladie de Pierce sur vigne
Maladie de Pierce sur vigne (Vitis vinifera)
(Photo: D. BOUBALS)
14 mars 2017
Aredvi
MaladiedePierce sur vigne
Maladie de Pierce sur vigne (Vitis vinifera) - Symptômes typiques
(Photo: J. Clark - University of California, Berkeley USA – Source : www.eppo.org)
14 mars 2017
Aredvi
La bactérie Xylella fastidiosa en Europe
3 sous espèces identifiées récemment
Allemagne : Lauriers roses
• 3 sous espèces présentes en Europe : X.f. fastidiosa
Maladie de Pierce : non
identifiée en Europe
X.f. pauca
Espagne : cerisiers
Italie : Oliviers et Lauriers roses
X.f. multiplex
France : Polygala et autres
•
• Une spécificité entre sous-espèce et plante-hôte existe mais pas
toujours stricte
• Des recombinaisons seraient aussi possibles…
14 mars 2017
Aredvi
Pour en savoir plus
• Arrêtés et cartographie des zones délimitées :
http://draaf.paca.agriculture.gouv.fr/Xylella-Fastidiosa
• ANSES : fiches de reconnaissance
• Fiche « Reconnaissance des symptômes Xylella »
• Fiche « Philænus spumarius »
• Site EPPO (dont photographies) :
http://photos.eppo.int
• Plusieurs sites étrangers (américains, …)
Ce qui est prévu sur vigne :
- Recensements de vecteurs potentiels dans différentes régions (projet
déposé en collaboration avec le CTIFL)
- Contact IFV : FM Bernard (franç[email protected])
14 mars 2017
Aredvi
Training Programme to improve
Grapevine virus knowledge and management
Formation pour améliorer les connaissances et le
contrôle des maladies virales de la vigne
www.pathogen-project.eu
Le projet PAThOGEN
• Objectifs :
– Développer un programme de formation adapté
aux différents acteurs de la filière vitivinicole
– améliorer les connaissances des professionnels de
l’ensemble du secteur viticole sur les viroses de la
vigne et leur management
• Méthode innovante de formation couplant des cours
en e-learning et des formations pratiques sur le
terrain
•
-
3 niveaux de cours proposés :
Basique
Accessibles via une plateExpert
forme de e-learning en 4
Formateur
langues
42
Le projet PAThOGEN : par qui ?
5 partenaires dans 3 pays (France, Italie, Espagne)
IFV, Institut Français de la Vigne et du Vin
(Coordinateur)
Institut technique de recherche appliquée dur la vigne et
le vin au service des entreprises et de la filière viticole
www.vignevin.com
CREA (It) Consiglio per la ricerca in agricoltura e l’analisi
dell’economia agraria, Department CREA-VIT : Centre de
recherche appliquée pour la viticulture
http://vit.entecra.it/
HORTA(It) spin off from Università Cattolica del Sacro
Cuore, PME spécialisée en Technologies de l’Information
et de la Communication pour le transfert des innovations
en agriculture
http://www.horta-srl.com/
FEUGA (Es), Fundación Empresa - Universidad Gallega
Fondation à but non lucratif, spécialisée dans le transfert
de connaissance et de technologie
http://www.feuga.es/es/
USC (Es), Université de Saint Jacques de Compostelle,
Une des plus anciennes universités publiques au monde
http://www.usc.es/es/index.html
43
Le projet PAThOGEN : POUR QUI ?
• Tous les professionnels de la filière viti-vinicole
–
–
–
–
–
–
–
–
Viticulteurs
Pépiniéristes
Basique
Techniciens de Chambre d’Agriculture
Techniciens de caves coopératives
Avancé
Les consultants
Les techniciens des services phytosanitaires
Les enseignants en viticulture
Formateur
Les chercheurs
44
Le projet PAThOGEN : Pour apprendre quoi ?
• La formation est organisée en différents modules thématiques :
Module 1. Principales maladies virales de la vigne : symptômes,
impacts agronomiques et économiques
Module 2. Modes de transmission des différents virus
Module 3. Méthodes de détection et diagnostic
Module 4. Contrôle et gestion des maladies à virus et de leurs vecteurs
Module 5. Maladies virales émergentes (niveaux Avancé et Formateur)
Module 6. Perspectives de recherche pour la gestion des maladies
virales de la vigne (niveaux Avancé et Formateur)
45
Extrait de la plateforme en Français
46
Le projet PAThOGEN
• Et en 2017…
• Expérimentation de la plateforme (mai à août) et sessions terrain
(sept/oct)
• Modalités
• Attribution d’un code
• Connexion depuis un ordinateur ou leur tablette libre
• Durée estimée : 10h (basique) à 20 h (avancée)
• Retour d’évaluation
• Formation terrain sur les symptômes (reconnaissance et confusions) :
1 à 1,5 jours (sept/oct)
Nous recherchons des volontaires sur les 3 niveaux pour suivre et évaluer
cette formation !!
- Basique : 50 personnes
- Expert : 30 personnes
- Formateur : 10 personnes
Le projet PAThOGEN
• Intéressés ??
• Inscrivez-vous è http://www.pathogenproject.eu/nqcontent.cfm?a_id=13066&tt=t_bt_app1_www&aa=contact_13020
• Besoin de plus d’infos : Contactez nous :
è[email protected]
è[email protected]
Le transfert de connaissances
www.plan-deperissement-vigne.fr
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