Manuscrit Thèse version réparée

THÈSE
PRÉSENTÉE A
L’UNIVERSITÉ BORDEAUX 1
ÉCOLE DOCTORALE DES SCIENCES
« Sciences et Environnements »
Par Maria CELLAMARE
POUR OBTENIR LE GRADE DE DOCTEUR
SPÉCIALITÉ : Écologie évolutive, fonctionnelle et des communautés
N° d’ordre : 3920
Évaluation de l’Etat Ecologique des Plans d’Eau Aquitains à
partir des Communautés de Producteurs Primaires
Soutenue le : 10 décembre 2009
Devant la commission d’examen formée de :
M. Jacques HAURY Co-directeur de Thèse
Professeur, AGROCAMPUS OUEST
M. Didier ALARD Co-directeur de Thèse
Professeur, UMR BIOdiversité, Gènes et ECOsystèmes, Université Bordeaux 1
Mme Myriam BORMANS Rapporteur
Directrice de Recherche, CNRS, Université de Rennes
M. Jean-Bernard LACHAVANNE Rapporteur
Professeur, Département Anthropologie et Ecologie, Université de Genève, Suisse
M. Alain DUTARTRE Examinateur
Ingénieur de Recherche, Unité Réseaux Epuration et Qualité des Eaux, Cemagref, Bordeaux
Mme Maria LEITAO Examinatrice
Directrice du bureau d’études Bi-Eau, Angers
Mme Gabrielle THIEBAUT Examinatrice
Professeur, UMR-CNRS, Université de Rennes I
M. Michel COSTE Examinateur
Directeur de Recherche Emérite, Cemagref, Bordeaux

Aussitôt, j'ai su que je te dédierai cette thèse…
A Paul Capdevielle, dont ces travaux ont inspiré certains des chapitres ici présentés…
« Seulement quand le dernier arbre aura été coupé,
quand le dernier fleuve aura été pollué, quand le dernier
poisson aura été pêché; alors l’homme se rendra compte qu’il
ne peut pas manger son argent »
Proverbe Indien

REMERCIEMENTS
A l’issue de ce temps dense et précieux, passé au Cemagref –devenu alors pour moi comme
un second foyer- je tiens à exprimer mes profondes gratitude et reconnaissance à toutes les
personnes qui ont permis le réalisation et l’aboutissement de cette thèse.
Mes premiers remerciements sont adressés à Myriam Bormans (Directrice de Recherche à
l’INRA, Rennes) et Jean-Bernard Lachavanne (Professeur à l’Université de Genève, Suisse),
rapporteurs de ce travail ; ainsi qu’à Gabrielle Thiébaut (Professeur à l’Université de Rennes
I), présidente du jury, pour avoir accepté de participer au jury de thèse, pour la minutieuse
relecture du manuscrit, les opportuns corrections et commentaires.
Mes remerciements vont ensuite à M. Jacques Haury, M. Didier Alard et M. Alain Dutartre
pour avoir accepté de diriger cette thèse. A Jacques Haury, Professeur de l’Agrocampus
Ouest, qui m’a soutenue pendant toutes ces années et particulièrement dans la dernière ligne
droite. Merci beaucoup pour tous vos judicieux conseils. A Didier Alard, Professeur à
l’Université Bordeaux 1, que je remercie d’avoir accepté de suivre mon travail. Ensuite, je
remercie mon responsable scientifique au Cemagref, M. Alain Dutartre, pour m’avoir donné
l’opportunité de réaliser cette thèse au sein de son équipe et de m’avoir fait partager son
intérêt pour les macrophytes aquatiques.
Ce travail a été réalisé au sein de l’unité Réseaux Epuration et Qualité des Eaux (REBX) du
Cemagref de Bordeaux. Je tiens donc à remercier le chef de l’unité M. Daniel Poulain, pour
son accueil et sa disponibilité. Merci Daniel pour votre écoute, votre aide et vos
encouragements qui m’ont été d’un grand secours. Philippe Duchêne, François Delmas et
Bernard Montuelle ont, d’une manière ou d’une autre rendu possible la concrétisation du
projet initial de cette recherche et je les en remercie chaleureusement.
Je tiens à adresser mes remerciements à mes camarades et « sauveteurs » du terrain …A
Christophe Laplace pour sa précieuse aide dans la logistique et dans les prélèvements,
compagnon navigateur, conducteur et bricoleur de génie…A Mathieu Torre, Céline Madigou,
Jerôme Grange, Jenny Huppert et Sylvia Moreira pour leur disponibilité et leur GRANDE
aide, toujours avec autant de gentillesse, patience, sympathie et bonne humeur…Au « James
Bond des plans d’eau » Vincentico Bertrin -merci pour ta précieuse aide dans les
prélèvements, pour ton œil de lynx dans la détection des plantes parfois imperceptibles et pour
tes conseils-…Je me souviendrai toujours des moments passés avec vous tous sur ces lacs
magnifiques pendant le travail et les pauses petit et gros déjeuner…sous le soleil ou sous la
pluie…
Je remercie infiniment « las chicas del labo » Muriella Bonnet, Maryse Boudigues, Brigitte
Delest et Brigitte Méchin pour leur efficacité dans l’analyse de ces centaines
d’échantillons…et toujours avec gentillesse, sympathie et sourire…
J’associe également à ces remerciements Catuchi Ferrière et Marie-Hélène Montel pour leur
disponibilité et efficacité dans tout le traitement des aspects administratifs pas toujours
évidents… et cela toujours de manière agréable et sympathique… Merci aussi à Jacques
Bonnet pour son travail de grande qualité facilitant la vie d’un doctorant aux abois….
Je remercie également Chantal Gardes pour sa gentillesse et sa super efficacité dans la
recherche et l’obtention des livres de taxonomie sans lesquels une bonne partie de ce travail