Émergence et franchissement de barrières d`espèces : effet papillon ?

éditorial
Émergence et franchissement
de barrières d’espèces : effet papillon ?
A. Vabret
Laboratoire de Virologie, CHU Caen
<[email protected]>
La barrière la plus immuable de la nature
se situe entre les pensées d’un homme et celles d’un autre
(W. James)
L’étude des maladies infectieuses émergentes est relativement récente
(années 1990) et connaît un grand succès non seulement auprès des
communautés scientifiques et médicales, mais aussi auprès des médias
et des populations. La multidisciplinarité et la mise en réseau de données issues
de disciplines différentes (mathématiques, observation de la Terre, sociologie,
microbiologie, zoologie...) ouvrent la voie à l’explication de phénomènes
jusque-là incompris. Cependant, la complexité des situations à l’origine de
l’émergence des maladies infectieuses nous renvoie à cette métaphore concer-
nant le phénomène de sensibilité aux conditions initiales en théorie du chaos, et
connue sous le nom de l’effet papillon : « le battement d’ailes d’un papillon au
Brésil peut-il provoquer une tempête au Texas ? » [1]. Autrement dit, aucun
système prévisionnel ne serait infaillible, l’inattendu restant toujours possible
même au milieu des phénomènes les plus ordonnés. Il est vraisemblable que,
depuis toujours, l’histoire de l’humanité ait été associée à la survenue d’épidé-
mies de maladies infectieuses. Parmi les épisodes les plus célèbres, on peut citer
la grande épidémie de peste noire au XIV
e
siècle, dont les effets furent comparés
à ceux d’un conflit nucléaire, la grippe espagnole au début du XX
è
siècle,
responsable de plus de 30 millions de morts, et la pandémie liée au VIH-1, qui
touche environ 43 millions de sujets dans le monde. Charles Nicolle écrivait en
1933 : « Il y aura donc des maladies nouvelles. C’est un fait fatal. Un autre
fait, aussi fatal, est que nous ne saurons jamais les dépister dès leur origine.
Lorsque nous aurons notion de ces maladies, elles seront déjà toutes formées,
adultes pourrait-on dire... » L’histoire continue et illustre ce propos : Ebola,
VIH-1, Nipah, hantavirus, West Nile, dengue, hépatite C, SARS-CoV, Chikun-
gunya, influenza H5N1... sans compter les menaces potentielles du bioterro-
risme. En repoussant sans cesse les limites de notre observation, peut-être
parviendrons-nous à objectiver et contrecarrer ces maladies aux premiers stades
de leur développement et à faire de l’affirmation aux allures de prophétie de
C. Nicolle une déclaration désuète, d’un autre temps.
La plupart des maladies nouvelles sont d’origine animale et disposent d’un
potentiel zoonotique. Un des événements clef de l’émergence est le franchisse-
ment de barrière d’espèces. Il existe dans le monde microbien une règle de
spécificité, qui veut qu’une espèce microbienne donnée se développe chez un
hôte spécifique. On parle aussi d’hôte « habituel », dénomination imprécise, car,
parfois, les agents pathogènes ont un large spectre d’hôtes, comme les virus
rabiques par exemple. Au cours de l’évolution, le passage d’une espèce à une
autre constitue pour le microbe une solution d’avenir permettant d’assurer la
survie. À court terme, un nouvel équilibre doit alors être trouvé entre l’envahis-
seur et son hôte, souvent au détriment de ce dernier : les microbes ont le pouvoir
de nous rendre malades. Certains auteurs ont une vision moins manichéenne de
la stratégie microbienne ; ils considèrent l’hôte infecté comme un super-
doi: 10.1684/vir.2006.0023
Virologie 2006, 10 : 329-32
Virologie, Vol. 10, n° 5, septembre-octobre 2006 329
Copyright © 2017 John Libbey Eurotext. Téléchargé par un robot venant de 88.99.165.207 le 24/05/2017.

organisme possédant différents génomes co-évoluant de
façon dynamique sur le long terme. À ce titre, la mitochon-
drie, présente dans toutes les cellules eucaryotes où elle
apporte la machinerie nécessaire au métabolisme oxydatif,
a probablement été le plus efficace de ces envahisseurs. De
même, 8 % de notre génome serait constitué d’éléments
rétroviraux [2]. S’il est probable que l’infection joue un rôle
important dans notre évolution et participe à la sélection
naturelle, ce concept « pacifiste » ne suffit pas à accepter la
morbidité et la mortalité qui en découlent. La lutte contre
les maladies infectieuses reste un enjeu important des sys-
tèmes de santé publique.
Parmi les agents infectieux émergents, les virus à ARN
représentent la majorité. L’introduction d’un virus chez un
nouvel hôte est le plus souvent le résultat d’un ensemble de
circonstances offrant l’opportunité de franchir la barrière
d’espèces. Deux questions sont alors posées : comment le
« saut » du virus s’est-il produit ? comment ce virus va-t-il
s’installer avec succès [3-5] ?
La capacité à franchir les barrières d’espèces est liée à
plusieurs facteurs : l’existence d’un énorme réservoir de
virus, l’interconnexion des différentes populations hôtes,
les propriétés biologiques des virus... la liste n’est pas
exhaustive. Connaître toutes les conditions initiales du
« saut » est impossible, reconnaître rétrospectivement les
circonstances favorisantes est utile pour comprendre et agir.
Le monde viral, en particulier celui des virus à ARN,
semble infini et d’une étonnante diversité. Il constitue un
réservoir d’agents pathogènes illimité pouvant infecter tou-
tes les formes de vie. Cette notion de « réservoir » de
diversité est fondamentale pour comprendre la richesse
potentielle des échanges. Pour Joshua Lederberg, le point
de départ de la réflexion est la prise de conscience de
l’évidence : la cohabitation de tous les êtres vivants. La
frontière entre virologies humaine, animale et végétale est
virtuelle, même si, pour des raisons académiques, chaque
spécialité mène une vie séparée [2, 6]. Pour de nombreuses
maladies virales, des recherches ont été menées pour iden-
tifier les réservoirs viraux et tenter de rompre la transmis-
sion à l’homme. Ces recherches sont difficiles et nécessi-
tent une collaboration interdisciplinaire. La définition
même du « réservoir » n’est pas univoque. Haydon et al.
[7] proposent d’inclure dans le terme de « réservoir » la ou
les populations reliées directement ou indirectement sur le
plan épidémiologique à la population « cible », cette ou ces
populations constituant un système de taille suffisante pour
permettre au virus de se maintenir indéfiniment. Il reste à
définir des populations animales candidates, savoir les
identifier, connaître leur écologie, recueillir des prélève-
ments dans le milieu naturel, détecter le virus ou son
ancêtre, faire des analyses phylogéniques... Alors que le
VIH1 est identifié depuis plus de vingt ans, que sa simili-
tude avec les souches simiennes est connue depuis plu-
sieurs années, la démonstration que les chimpanzés Pan
troglodytes troglodytes constituent le réservoir naturel des
souches SIV-cpz pandémiques et non pandémiques, ancê-
tres du VIH1, vient juste d’être rapportée par Keele et al.,
dans une très belle étude publiée en mai 2006 [8]. Les
« sauts » d’espèces à espèces pouvant intéresser tout le
règne animal, la recherche du réservoir peut être une quête
sans fin. Ainsi, le virus influenza H5N1, responsable de la
pandémie de grippe aviaire depuis 2003, élargit son spectre
d’hôte au fur et à mesure de sa diffusion, et de nombreuses
espèces animales aviaires et non aviaires deviennent ainsi
potentiellement dangereuses pour l’homme [9]. L’homme
n’est d’ailleurs pas le seul concerné, des infections virales
émergentes mortelles étant décrites chez d’autres espèces :
les lions du Parc Serengeti (Tanzanie) infectés par le canine
distemper virus (CDV) en 1994, les guépards en captivité
du Winston Safari Parc (Oregon, USA) infectés par un
coronavirus du chat (FECoV) dans les années 1980, un
marmouset mort d’une infection par herpèsvirus humain...
[10-12]. Les relations entre les populations hôtes dépendent
d’innombrables facteurs environnementaux. Une variation
même infime des conditions de vie peut suffire à créer un
empiétement d’écosystèmes différents : variations de cli-
mat, déforestation, créations de réseaux d’irrigation, indus-
trialisation, techniques de culture... Les effets de l’évolu-
tion de la population humaine sont imprévisibles :
allongement de la vie, augmentation démographique, rapi-
dité des échanges, urbanisation, préparation massive des
aliments, mondialisation de la distribution. Le tour du
monde en moins de 80 heures, comparé aux 80 jours de
Jules Vernes au XIX
e
siècle, est une véritable révolution et
une aubaine pour les agents pathogènes : les trajets longue
distance quotidiens transportent des milliers de passagers,
eux-mêmes porteurs de virus. La diffusion mondiale du
SRAS en février 2003 à partir d’un hôtel de Hong Kong
illustre bien ce propos [13]. À toutes ces circonstances
favorisant les échanges de pathogènes, il faut ajouter les
propriétés biologiques des virus à ARN. Ces virus sont
ubiquitaires et possèdent un potentiel évolutif particulière-
ment efficace. Ce sont les virus les plus représentés dans le
monde animal et le monde végétal, et pratiquement les
seuls à présenter des cycles de transmission avec des hôtes
variés (invertébrés), ce qui indique leur extrême faculté
d’adaptation et d’évolution [14]. La source de leur diversité
est le processus même de réplication de leur génome, au
cours duquel mutations et recombinaisons peuvent se pro-
duire. La génération constante de variants a pour résultat
une entité hétérogène connue sous le nom de « quasi-
espèce » [15]. La quasi-espèce est un concept dynamique,
elle représente à chaque instant un état d’équilibre entre la
formation de variants et les forces évolutives de l’environ-
nement. La quasi-espèce peut être considérée comme une
stratégie d’optimisation de la survie, une structure permet-
éditorial
Virologie, Vol. 10, n° 5, septembre-octobre 2006 330
Copyright © 2017 John Libbey Eurotext. Téléchargé par un robot venant de 88.99.165.207 le 24/05/2017.

tant de disposer d’un réservoir de variants possédant les
capacités pour faire face aux changements environnemen-
taux et pouvant être sélectionnés lors de l’évolution [16].
Devant l’accumulation des exemples de passages inter-
espèces, la notion classique de barrière est-elle dépassée ?
Oui, dans le sens où elle ne doit plus inclure la notion de
protection. Cependant, il existe bien des obstacles à fran-
chir pour que le virus s’installe chez son nouvel hôte, parmi
lesquels on trouve l’immunité, la sensibilité génétique et la
possibilité de réaliser efficacement les différentes étapes de
son cycle de multiplication. Nous possédons un système
immunitaire complexe, et de nombreux mécanismes ont été
mis en place au cours de l’évolution : immunité acquise
pouvant être croisée pour plusieurs pathogènes et limitant
les possibilités d’échappement pour un pathogène émer-
gent, immunité innée, processus du RNA silencing... Cer-
tains de ces mécanismes de défense ont été mis récemment
en évidence, tels que les protéines APOBEC et les facteurs
de restriction rétroviraux (Fv1, TRIM5alpha). Ces facteurs
de restriction ont été mis en place lors d’infections rétrovi-
rales passées. Bien sûr, le fait que les populations virales
évoluent beaucoup plus rapidement que les mammifères
fait que tout mécanisme cellulaire mis en place pour limiter
la multiplication d’un virus est rapidement démodé. La
simple mutation d’un acide aminé confère une activité
anti-VIH au TRIM5alpha, et un simple résidu aminé de
APOBEC3G contrôle l’activité de la protéine Vif de VIH-
1... La caractérisation de tels systèmes a mis en évidence la
fragilité de la barrière d’espèces ; néanmoins, elle ouvre
dans le même temps la voie à d’éventuelles applications en
thérapie génique [17, 18]. De même, la découverte du RNA
silencing, phénomène eucaryote assurant plusieurs fonc-
tions biologiques fondamentales telles que le maintien de
l’intégrité du génome et la défense antivirale, a largement
influencé les recherches en biologie, notamment sur la
persistance virale et la détermination du tropisme tissulaire
[6, 19]. Après avoir vaincu ces défenses, le virus nouveau
doit trouver un environnement permissif à sa multiplica-
tion. Un des déterminants importants de la spécificité d’es-
pèce est l’entrée du virus dans la cellule via un récepteur
[20]. Là encore, la barrière est fragile. Pour le SARS-CoV,
seuls quatre acides aminés de la protéine d’attachement S
diffèrent entre les souches virales humaines et celles pro-
venant de civettes ; pourtant l’affinité entre cette protéine et
le récepteur humain ACE2 varie d’un facteur 1 000 entre
ces souches [21]. Bien que cette liaison entre protéine
d’attachement viral et récepteur cellulaire ait été très étu-
diée pour certains virus (VIH-1, virus influenza A, SARS-
CoV...), de nombreux aspects de l’entrée du virus restent
obscurs. La virologie classique a concentré ses recherches
sur le versant virologique de l’entrée, et de nombreuses
données concernant le versant cellulaire manquent (proces-
sus d’internalisation, relations avec le cytosquelette, casca-
des de signalisation). Toutes ces voies de recherche permet-
tront peut-être de définir des groupes de virus utilisant les
mêmes voies d’entrée et d’imaginer de nouvelles classes
d’agent antiviraux [22]. Enfin, il est probable que toutes les
étapes du cycle de réplication virale nécessitent une opti-
misation dans la cellule hôte, notamment l’activité polymé-
rase [23]. La barrière d’espèce existe donc bien, même si
elle est fragile et perméable.
Une fois la barrière franchie, qu’est-ce qui caractérise un
envahisseur efficace ? Les modélisations biomathémati-
ques servent de base à la prédictibilité, avec la difficulté
d’éviter d’une part les modèles trop complexes et inutilisa-
bles, d’autre part, les modèles trop simples simulant des
comportements trop artificiels des populations. La théorie
de Kermak et McKendrick, définissant le R0 ou taux de
reproduction de base (nombre de cas secondaires engen-
drés par un cas index si l’ensemble de la population est
susceptible), reste à la base de nombreuses modélisations.
Il permet d’analyser la réussite (si R0 > 1) du maintien de
l’infection et l’épidémie. Parfois, les éléments de l’équa-
tion sont quasi impossibles à déterminer, comme le taux de
transmission pour une infection respiratoire émergente
(durée de l’infectiosité, taille de la fraction susceptible de la
population, distribution géographique...) [4]. Ces modèles
mathématiques sont souvent pris à défaut, comme cela a été
le cas pour deux pathologies émergentes récentes : la mala-
die de Creutzfeld-Jakob nouveau variant ou le SRAS. Le
renforcement des réseaux épidémiologiques, la circulation
de plus en plus rapide de l’information, ainsi que la prise en
compte des facteurs environnementaux (climats, végéta-
tion...) contribueront probablement à l’établissement de
« cartes de risques » plus précises [24]. Cependant, la pré-
vision reste l’un des exercices scientifiques les plus diffici-
les. Il n’y a donc pas encore de réponse claire à la question
de savoir ce qui fait la réussite émergentielle. Il s’agit d’une
question insoluble, et le propre des questions insolubles est
d’être usé par la parole.
Références
1. Lorenz E. Predictability : Does the flap of a butterfly’s wings in Brazil
set off a tornado in Texas ?. In : American Association for the Advance-
ment of Science. Washington, D.C. 1972.
2. Lederberg J. Infectious history. Science 2000 ; 288(5464) : 287-93.
3. Chastel C. Emergences virales chez l’homme et réussite émergentielle.
Virologie 2000;4:273-9.
4. May RM, Gupta S, McLean AR. Infectious disease dynamics : What
characterizes a successful invader? Philos Trans R Soc Lond B Biol Sci
2001 ; 356 : 901-10.
5. Vabret A. Emergences et barrières d’espèces. Med Mal Infect 2004 ;
34 : 506-13.
6. Keller M, Jonard G. Les virus des plantes et les virus des animaux :
deux mondes totalement différents? Virologie 2004 ; 8 : 251-7.
7. Haydon DT, Cleaveland S, Taylor LH, Laurenson MK. Identifying re-
servoirs of infection : a conceptual and practical challenge. Emerg Infect
Dis 2002 ; 8 : 1468-73.
éditorial
Virologie, Vol. 10, n° 5, septembre-octobre 2006 331
Copyright © 2017 John Libbey Eurotext. Téléchargé par un robot venant de 88.99.165.207 le 24/05/2017.

8. Keele BF, Van Heuverswyn F, Li Y, et al. Chimpanzee reservoirs of
pandemic and nonpandemic HIV-1. Science 2006 ; 313 : 523-6.
9. Chastel C. Emergence de virus nouveaux en Asie : les changements
climatiques sont-ils en cause? Med Mal Infect 2004 ; 34 : 499-505.
10. Cleaveland S, et al. Serological and demographic evidence for domes-
tic dogs as a source of canine distemper virus infection for Serengeti
wildlife. Vet Microbiol 2000 ; 72 : 217-27.
11. Huemer HP, Larcher C, Czedik-Eysenberg T, Nowotny N, Reifinger
M. Fatal infection of a pet monkey with Human herpesvirus. Emerg Infect
Dis 2002 ;8:639-42.
12. Pearks Wilkerson AJ, Teeling EC, Troyer JL, et al. Coronavirus out-
break in cheetahs : lessons for SARS. Curr Biol 2004 ; 14 : R227-R228.
13. Radun D, Niedrig M, Ammon A, Stark K. SARS : retrospective co-
hort study among German guests of the Hotel ’M’, Hong Kong. Euro
Surveill 2003 ; 8 : 228-30.
14. Waterfield NR, Wren BW, Ffrench-Constant RH. Invertebrates as a
source of emerging human pathogens. Nat Rev Microbiol 2004 ; 2 :
833-41.
15. Eigen M. On the nature of virus quasispecies. Trends Microbiol 1996 ;
4 : 216-8.
16. Domingo E. Viruses at the edge of adaptation. Virology 2000 ; 270 :
251-3.
17. Bogerd HP, Doehle BP, Wiegand HL, Cullen BR. A single amino acid
difference in the host APOBEC3G protein controls the primate species
specificity of HIV type 1 virion infectivity factor. Proc Natl Acad Sci USA
2004 ; 101 : 3770-4.
18. Cisse A, Darbandi-Tehrani K, Derache A, et al. Les facteurs de res-
triction rétrovirale : de Fv1 à TRIM5alpha. Virologie 2006 ; 10 : 119-27.
19. Cullen BR. Viruses and microRNAs. Nat Genet 2006 ; 38(Suppl) :
S25-S30.
20. Harvey R, et al. Restrictions to the adaptation of influenza a virus h5
hemagglutinin to the human host. J Virol 2004 ; 78 : 502-7.
21. Li F, et al. Structure of SARS coronavirus spike receptor-binding
domain complexed with receptor. Science 2005 ; 309 : 1864-8.
22. Damm EM, Pelkmans L. Systems biology of virus entry in mamma-
lian cells. Cell Microbiol 2006 ; 8 : 1219-27.
23. Gabriel G, et al. The viral polymerase mediates adaptation of an avian
influenza virus to a mammalian host. Proc Natl Acad Sci USA 2005 ; 102 :
18590-5.
24. Flahault A. La prédiction des épidémies d’origine virale. Virologie
2003 ; 7 : 395-9.
éditorial
Virologie, Vol. 10, n° 5, septembre-octobre 2006 332
Copyright © 2017 John Libbey Eurotext. Téléchargé par un robot venant de 88.99.165.207 le 24/05/2017.