Proposition de sujet de thèse Ecole Doctorale - impmc

Proposition de sujet de thèse Ecole Doctorale Interdisciplinaire pour le vivant (iViv, ED387) Unité de recherche : UMR7590, Institut de Minéralogie et de Physique des Milieux Condensés (IMPMC), CNRS-­‐PMC Equipe AMMABIO (responsable I. Callebaut) Campus Jussieu, case 115, 4 place Jussieu, 75252 PARIS Cedex 05 Directeur de thèse : Dr Isabelle CALLEBAUT (HDR), [email protected] en co-­‐direction avec Slavica JONIC ([email protected]) Titre de la thèse : Prédiction de sites d'interactions de protéines par une approche topologique et évolutive – Application à l’analyse et l’interprétation des structures de complexes macromoléculaires issues de la microscopie électronique. Prediction of protein interaction sites through a topological and evolutionary approach – Application to the analysis and interpretation of structures of macromolecular complexes obtained by electron microscopy. Résumé : Les interactions opérées par les protéines avec leurs partenaires jouent un rôle clé dans la fonction de celles-­‐ci. Pour autant, la prédiction de ces interactions reste encore un problème majeur en biologie structurale. Nous proposons dans cette thèse de développer une méthodologie originale de prédiction de déterminants hydrophobes de sites d'interaction, à partir de la seule information de séquence en acides aminés. Cette méthodologie, basée sur une analyse topologique des structures secondaires régulières au travers de l'approche Hydrophobic Cluster Analysis, sera utilisée en conjonction avec des méthodes évolutives déjà disponibles, afin de mettre au point un outil de prédiction innovant. Cet outil sera en particulier appliqué à l’analyse des structures issues de la cryo-­‐
microscopie électronique pour dévoiler l'architecture de gros complexes macromoléculaires. Abstract : Interactions of proteins with their partners play a key role in their functions. Nonetheless, the prediction of these interactions is a major challenge in structural biology. We propose in this PhD thesis to develop an original methodology for predicting hydrophobic features of interaction sites, from the only knowledge of the protein amino acid sequence. This methodology, based on a topological analysis of regular secondary structures through Hydrophobic Cluster Analysis, will be used together with already available evolutionary methods, in order to design an innovative prediction tool. This one will be in particular applied to the analysis of structures obtained by cryo-­‐electron microscopy to unveil the architecture of large macromolecular complexes.