Proposition de sujet de thèse Ecole Doctorale - impmc

Proposition)de)sujet)de)thèse))
!
Ecole!Doctorale!Interdisciplinaire!pour!le!vivant!(iViv,!ED387)!
Unité!de!recherche!:!UMR7590,!Institut!de!Minéralogie!et!de!Physique!des!Milieux!Condensés!
(IMPMC),!CNRSKPMC)
Equipe!AMMABIO!(responsable!I.!Callebaut)!
Campus!Jussieu,!case!115,!4!place!Jussieu,!75252!PARIS!Cedex!05!
Directeur)de)thèse):!!Dr!Isabelle!CALLEBAUT!(HDR),![e-mail]!
! ! ! en#co&direction#avec#Slavica!JONIC!([e-mail])!
)
Titre)de)la)thèse):!!
Prédiction! de! sites! d'interactions! de! protéines! par! une! approche! topologique! et! évolutive! –!
Application!à!l’analyse!et!l’interprétation!des!structures!de!complexes!macromoléculaires!issues!de!la!
microscopie!électronique.!
Prediction!of!protein!interaction!sites!through!a!topological!and!evolutionary!approach!–!Application!
to!the!analysis!and!interpretation!of!structures!of!macromolecular!complexes!obtained!by!electron!
microscopy.#
Résumé&:&&
Les!interactions!opérées!par!les!protéines!avec!leurs!partenaires!jouent!un!rôle!clé!dans!la!fonction!
de! cellesKci.! Pour! autant,! la! prédiction! de! ces! interactions! reste! encore! un! problème! majeur! en!
biologie!structurale.!Nous!proposons!dans!cette!thèse!de!développer!une!méthodologie!originale!de!
prédiction!de! déterminants!hydrophobes! de!sites!d'interaction,! à! partir! de! la! seule! information! de!
séquence!en!acides!aminés.!Cette!méthodologie,!basée!sur!une!analyse!topologique!des!structures!
secondaires! régulières! au! travers! de! l'approche! Hydrophobic! Cluster! Analysis,! sera! utilisée! en!
conjonction! avec! des! méthodes! évolutives! déjà! disponibles,! afin! de! mettre! au! point! un! outil! de!
prédiction!innovant.!Cet!outil!sera!en!particulier!appliqué!à!l’analyse!des!structures!issues!de!la!cryoK
microscopie!électronique!pour!dévoiler!l'architecture!de!gros!complexes!macromoléculaires.!!
Abstract&:&
Interactions+ of+ proteins+with+their+ partners+play+ a+ key+role+in+their+functions.+Nonetheless,+the+
prediction+ of+ these+ interactions+ is+ a+ major+ challenge+ in+ structural+ biology.+ We+ propose+ in+ this+
PhD+ thesis+ to+ develop+ an+ original+ methodology+ for+ predicting+ hydrophobic+ features+ of+
interaction+ sites,+ from+ the+ only+ knowledge+ of+ the+ protein+ amino+ acid+ sequence.+ This+
methodology,+ based+ on+ a+ topological+ analysis+ of+ regular+ secondary+ structures+ through+
Hydrophobic!Cluster!Analysis,!will!be!used!together!with!already!available!evolutionary!methods,!in!
order!to!design!an!innovative!prediction!tool.!This!one!will!be!in!particular!applied!to!the!analysis!of!
structures!obtained!by!cryoKelectron!microscopy!to!unveil!the!architecture!of!large!macromolecular!
complexes.+
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