Indications pour la détermination de la résistance du virus VIH aux

Indications pour la détermination de la résistance du virus VIH aux
antirétroviraux
Introduction
La détermination de la résistance aux antirétroviraux peut être réalisée par des tests génotypiques ou des
tests phénotypiques.
Le génotype se réfère à la séquence d'acides aminés (AA) de la protéine virale ciblée par le médicament
antirétroviral. Les virus présentant des séquences d'AA de ces protéines comparables à celles des virus de
patients n'ayant jamais été traités ont un génotype dit "sauvage". Des différences génétiques c'est à dire des
mutations du virus par rapport à ce génotype sauvage sont considérées comme des mutations de résistance
à un médicament antirétroviral lorsqu'elles sont la cause d'une diminution de l'efficacité antivirale du
médicament. Actuellement l'analyse génotypique porte sur la protéase, la transcriptase inverse et l’intégrase
virales. De plus, le tropisme viral pour le co-recepteur (CCR5 ou CXCR4) peut être déterminé.
Les tests phénotypiques de sensibilité du virus aux médicaments antirétroviraux déterminent la
concentration d'antirétroviral nécessaire pour inhiber la croissance du virus en culture de cellules. Ces tests
sont plus complexes et plus laborieux que les tests génotypiques.
Les Laboratoires de Référence SIDA (LRS) réalisent les tests génotypiques uniquement.
L'analyse génotypique du VIH comprend deux étapes : d'abord la détermination de la séquence d'acides
nucléiques de la protéine virale et sa traduction en séquence d'AA, ensuite l'interprétation du profil de
résistance qui consiste à comparer la séquence d'AA obtenue avec une séquence consensus et à établir la
liste des mutations de la souche virale analysée avec leurs effets biologiques et cliniques attendus en
présence des médicaments antiviraux habituels.
Les résultats obtenus par les tests génotypiques et phénotypiques sont complexes et nécessitent une
interprétation basée sur expertise virologique et clinique solides de façon à contribuer avec succès à guider
les cliniciens dans leurs choix de thérapie antirétrovirale.
Pour cette raison le génotypage du VIH pour la résistance aux antirétroviraux est réalisé chez les patients
fréquentant un Centre de Référence SIDA (CRS), ou suivis par des médecins qui travaillent en
collaboration étroite avec un CRS ou un LRS.
Actuellement, les analyses génotypiques de la protéase et de la transcryptase inverse sont effectuées en
routine. Les autres tests sont réalisés sur demande.

Indications du génotypage
Patients sous traitement
Une recherche de résistance du virus est indiquée lorsqu’un changement de traitement est envisagé. L'échec
thérapeutique se caractérise par : 1) une charge virale détectable confirmée sur 2 échantillons de sang
consécutifs après une période d'indétectabilité de la charge virale, 2) une charge virale stable ou en
augmentation après l'instauration d'une thérapie antirétrovirale, 3) une charge virale détectable 6 mois après
le début d'une thérapie antirétrovirale.
Dans de tels cas d’échec virologique, la recherche de la résistance du virus est indiquée à la condition que
le patient prend effectivement sa médication au moment de la prise de sang. En effet, si l’échantillon est
prélevé en dehors de la présence d’une pression sélective, il y a de fortes chances qu’un virus de type
sauvage soit détecté plutôt qu’un mutant. Les virus mutants montrent souvent une capacité de réplication
diminuée par rapport au virus sauvage et sont pour cela rapidement submergés par le virus sauvage.
Néanmoins, ils restent présents sous forme de variants mineurs et pourront rapidement ré-émerger au cours
d’un traitement subséquent et ainsi causer un échec thérapeutique.
Patients "naïfs" (n'ayant jamais reçu de traitement antiviral)
La recherche de résistance aux antirétroviraux avant de commencer un traitement pour la première fois
chez un patient naïf est indiquée si l'on a de bonnes raisons de suspecter une infection par un virus résistant.
Néanmoins, il faut tenir compte que si l'infection a eu lieu moins de 6 mois avant la prise de sang, les virus
mutants ne seront pas détectés à cause de la prédominance des virus sauvages en absence de pression de
sélection.,Pour cette raison,l'échantillon le plus proche du moment de contamination devrait être testé.
Patients particuliers
Femmes enceintes
Le génotypage de résistance est indiqué au début d'un traitement antirétroviral et en cas d'échec
thérapeutique.
Enfants
Le génotypage de résistance est indiqué en cas d'échec thérapeutique. Il n'y a pas de différences par rapport
à la prise en charge du patient adulte.
Chez le nouveau-né infecté, le génotypage de résistance est indiqué lorsque la mère a été traitée par des
antiviraux pendant la grossesse.

Remarques
L'utilité clinique de la détermination de la résistance aux antirétroviraux est limitée par les facteurs suivants
:
1. La relation entre la résistance aux antirétroviraux et l'échec thérapeutique clinique est complexe.
La résistance aux antirétroviraux n'est pas la seule cause d'échec thérapeutique. La non-adhérence au
traitement, l'usage de combinaisons d'antirétroviraux d'efficacité moindre, l'impact de facteurs
pharmacocinétiques qui peuvent diminuer la concentration efficace de l'un ou l'autre antirétroviral dans un
traitement combiné, et probablement également d’autres facteurs peuvent contribuer aussi à un échec
thérapeutique. Inversement, un antirétroviral peut avoir un certain effet même dans un environnement
"résistant", grâce à un certain effet résiduel limité, parce que beaucoup de virus résistants ont une capacité
de réplication réduite comparés aux virus encore sensibles.
2. La limitation importante des analyses génotypiques et phénotypiques est l'incapacité de ces tests à
détecter des populations de variants minoritaires. Cette limitation peut compliquer l'interprétation des tests
de résistance particulièrement chez des patients avec des antécédents de traitements complexes. Pour cette
raison, l’histoire des traitements et des résistances devra toujours être prise en compte.
3. La population de VIH présente chez chaque patient infecté est une "quasispecies" complexe au sein de
laquelle coexistent une multitude de sous-populations de variants résistants. De plus des sous-populations
qui ne se répliquent plus activement sont "archivées" sous une forme latente dans certaines cellules. La
complexité de ces "quasispecies" peut influencer le succès du traitement de façon non prévisible par les
tests de détermination de la résistance aux antirétroviraux.
La détermination de la résistance aux antirétroviraux peut être déterminée exceptionnellement dans d’autres
circonstances après avis du directeur du laboratoire. Veuillez prendre contact avec le LRS.
La détermination de la résistance aux antirétroviraux pour le virus VIH2 ou pour les glycoprotéines
d’enveloppe peuvent t également être demandée. Elle sont cependant actuellement insuffisamment
validées. Prendre contact avec un LRS pour des informations supplémentaires.
Une analyse de détermination de résistance peut être réalisée sur des prélèvements archivés dans les LRS.
Prendre contact avec le LRS pour la disponibilité de ces échantillons.
Le 5 janvier 2011.