Indications pour la détermination de la résistance du virus VIH aux

Indications pour la détermination de la résistance du virus VIH aux
antirétroviraux
Introduction
La détermination de la résistance aux antirétroviraux peut être réalisée par des tests génotypiques
ou des tests phénotypiques.
Le génotype se réfère à la séquence d'acides aminés (AA) de la protéine virale ciblée par le
médicament antirétroviral. Les virus présentant des séquences d'AA de ces protéines comparables à
celles des virus de patients n'ayant jamais été traités ont un génotype dit "sauvage". Des différences
génétiques c'est à dire des mutations du virus par rapport à ce génotype sauvage sont considérées
comme des mutations de résistance à un médicament antirétroviral lorsqu'elles sont la cause d'une
diminution de l'efficacité antivirale du médicament. Actuellement l'analyse génotypique porte sur la
protéase, la transcriptase inverse et l’intégrase virales. De plus, le tropisme viral pour le co-recepteur
(CCR5 ou CXCR4) peut être déterminé.
Les tests phénotypiques de sensibilité du virus aux médicaments antirétroviraux déterminent la
concentration d'antirétroviral nécessaire pour inhiber la croissance du virus en culture de cellules.
Ces tests sont plus complexes et plus laborieux que les tests génotypiques.
Les Laboratoires de Référence SIDA (LRS) réalisent les tests génotypiques uniquement. L'analyse
génotypique du VIH comprend deux étapes : d'abord la détermination de la séquence d'acides
nucléiques de la protéine virale et sa traduction en séquence d'AA, ensuite l'interprétation du profil
de résistance qui consiste à comparer la séquence d'AA obtenue avec une séquence consensus et à
établir la liste des mutations de la souche virale analysée avec leurs effets biologiques et cliniques
attendus en présence des médicaments antiviraux habituels.
Les résultats obtenus par les tests génotypiques et phénotypiques sont complexes et nécessitent
une interprétation basée sur expertise virologique et clinique solides de façon à contribuer avec
succès à guider les cliniciens dans leurs choix de thérapie antirétrovirale.
Pour cette raison le génotypage du VIH pour la résistance aux antirétroviraux est réalisé chez les
patients fréquentant un Centre de Référence SIDA (CRS), ou suivis par des médecins qui travaillent
en collaboration étroite avec un CRS ou un LRS.
Actuellement, les analyses génotypiques de la protéase et de la transcryptase inverse sont
effectuées en routine. Les autres tests sont réalisés sur demande.
Le phénotype se réfère à certaines caractéristiques et propriétés du virus. Les tests phénotypiques
de sensibilité du virus aux médicaments antirétroviraux déterminent la concentration
d'antirétroviral nécessaire pour inhiber la croissance du virus en culture de cellules. Ces tests sont
plus complexes et plus laborieux que les tests génotypiques.
Les Laboratoires de Référence SIDA (LRS) réalisent les tests génotypiques uniquement.

L'analyse génotypique du VIH comprend deux étapes : d'abord la détermination de la séquence
d'acides nucléiques de la protéine virale et sa traduction en séquence d'AA, ensuite l'interprétation
du profil de résistance qui consiste à comparer la séquence d'AA obtenue avec une séquence
consensus et à établir la liste des mutations de la souche virale analysée avec leurs effets biologiques
et cliniques attendus en présence des médicaments antiviraux habituels.
Les résultats obtenus par les tests génotypiques et phénotypiques sont complexes et nécessitent
une interprétation basée sur expertise virologique et clinique solides de façon à contribuer avec
succès à guider les cliniciens dans leurs choix de thérapie antirétrovirale.
Pour cette raison le génotypage du VIH pour la résistance aux antirétroviraux est réalisé chez les
patients fréquentant un Centre de Référence SIDA (CRS), ou suivis par des médecins qui travaillent
en collaboration étroite avec un CRS ou un LRS.
Actuellement, les analyses génotypiques de la protéase et de la transcryptase inverse sont
effectuées en routine. Les autres tests sont réalisés sur demande.
Indications du génotypage
Patients sous traitement
Une recherche de résistance du virus est indiquée lorsqu’un changement de traitement est envisagé.
L'échec thérapeutique se caractérise par : 1) une charge virale détectable confirmée sur 2
échantillons de sang consécutifs après une période d'indétectabilité de la charge virale, 2) une
charge virale stable ou en augmentation après l'instauration d'une thérapie antirétrovirale, 3) une
charge virale détectable 6 mois après le début d'une thérapie antirétrovirale.
Dans de tels cas d’échec virologique, la recherche de la résistance du virus est indiquée à la
condition que le patient prend effectivement sa médication au moment de la prise de sang. En effet,
si l’échantillon est prélevé en dehors de la présence d’une pression sélective, il y a de fortes chances
qu’un virus de type sauvage soit détecté plutôt qu’un mutant. Les virus mutants montrent souvent
une capacité de réplication diminuée par rapport au virus sauvage et sont pour cela rapidement
submergés par le virus sauvage.
Néanmoins, ils restent présents sous forme de variants mineurs et pourront rapidement ré-émerger
au cours d’un traitement subséquent et ainsi causer un échec thérapeutique.
Patients "naïfs" (n'ayant jamais reçu de traitement antiviral)
La recherche de résistance aux antirétroviraux avant de commencer un traitement pour la première
fois chez un patient naïf est indiquée si l'on a de bonnes raisons de suspecter une infection par un
virus résistant.
Néanmoins, il faut tenir compte que si l'infection a eu lieu moins de 6 mois avant la prise de sang, les
virus mutants ne seront pas détectés à cause de la prédominance des virus sauvages en absence de
pression de sélection.,Pour cette raison,l'échantillon le plus proche du moment de contamination
devrait être testé.

Patients particuliers
Femmes enceintes
Le génotypage de résistance est indiqué au début d'un traitement antirétroviral et en cas d'échec
thérapeutique.
Enfants
Chez le nouveau-né infecté, le génotypage de résistance est indiqué lorsque la mère a été traitée par
des antiviraux pendant la grossesse.
Remarques
L'utilité clinique de la détermination de la résistance aux antirétroviraux est limitée par les facteurs
suivants :
1. La relation entre la résistance aux antirétroviraux et l'échec thérapeutique clinique est
complexe. La résistance aux antirétroviraux n'est pas la seule cause d'échec thérapeutique.
La non-adhérence au traitement, l'usage de combinaisons d'antirétroviraux d'efficacité
moindre, l'impact de facteurs pharmacocinétiques qui peuvent diminuer la concentration
efficace de l'un ou l'autre antirétroviral dans un traitement combiné, et probablement
également d’autres facteurs peuvent contribuer aussi à un échec thérapeutique.
Inversement, un antirétroviral peut avoir un certain effet même dans un environnement
"résistant", grâce à un certain effet résiduel limité, parce que beaucoup de virus résistants
ont une capacité de réplication réduite comparés aux virus encore sensibles.
2. La limitation importante des analyses génotypiques et phénotypiques est l'incapacité de ces
tests à détecter des populations de variants minoritaires. Cette limitation peut compliquer
l'interprétation des tests de résistance particulièrement chez des patients avec des
antécédents de traitements complexes. Pour cette raison, l’histoire des traitements et des
résistances devra toujours être prise en compte.
3. La population de VIH présente chez chaque patient infecté est une "quasispecies" complexe
au sein de laquelle coexistent une multitude de sous-populations de variants résistants. De
plus des sous-populations qui ne se répliquent plus activement sont "archivées" sous une
forme latente dans certaines cellules. La complexité de ces "quasispecies" peut influencer le
succès du traitement de façon non prévisible par les tests de détermination de la résistance
aux antirétroviraux.
La détermination de la résistance aux antirétroviraux peut être déterminée exceptionnellement dans
d’autres circonstances après avis du directeur du laboratoire. Veuillez prendre contact avec le LRS.
La détermination de la résistance aux antirétroviraux pour le virus VIH2 ou pour les glycoprotéines
d’enveloppe peuvent t également être demandée. Elle sont cependant actuellement insuffisamment
validées. Prendre contact avec un LRS pour des informations supplémentaires.
Une analyse de détermination de résistance peut être réalisée sur des prélèvements archivés dans
les LRS.
Prendre contact avec le LRS pour la disponibilité de ces échantillons.

Contacts
Université Libre de Bruxelles, Hôpital Erasme (Cliniques
Universitaires de Bruxelles)
Marie-Luce Delforge
Tel.: [phone]
Laboratoire de Référence SIDA
Université Libre de Bruxelles, Hôpital Universitaire Erasme
Laboratoire de Virologie
Route de Lennik, 808
1070 Bruxelles
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Instituut Tropische Geneeskunde
Katrien Fransen
Tel.: [phone]
e-mail : [email protected]
AIDS-Referentielaboratorium
Instituut voor Tropische Geneeskunde
Departement klinische wetenschappen
Nationalestraat 155
2000 Antwerpen
Cliquez ici pour visiter le site LRS.
Université de Liège, Centre Hospitalier Universitaire de
Liège
Marie-Pierre Hayette (Director)
Tel.: [phone]
Dolorès Vaira
e-mail: [email protected]
Tel.: [phone]
Christiane Gérard
Tel.: [phone]
Laboratoire de Référence SIDA
Université de Liège
Domaine Universitaire du Sart-Tilman
Laboratoire de Microbiologie Clinique
Niveau 2 - Bât. B23
4000 Sart-Tilman via Liège 1
Tel. ARL: [phone]
Vrije Universiteit Brussel
(Section: Universitair Ziekenhuis Brussel)
Denis Pierard
e-mail: [email protected]
AIDS Referentie Laboratorium
VUB, UZ-Brussel
Laboratorium voor Klinische Biologie
Laarbeeklaan 101, 1090 Brussel
Tel.: [phone]
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Vrije Universiteit Brussel (Section: Universitair Medisch
Centrum Sint-Pieter)
Sigi Van den Wijngaert
Tel.: [phone]
AIDS Referentie Laboratorium
Universitair Medisch Centrum Sint-Pieter
Hoogstraat 185
1000 Brussel
Tel.: [phone]
Universiteit Gent, Universitair Ziekenhuis Gent
Chris Verhofstede
Tel: [phone]
e-mail: [email protected]
AIDS Referentie Laboratorium
Universiteit Gent
Laboratorium voor Bacteriologie en Virologie
Blok A, 3de verdieping
De Pintelaan 185
9000 Gent
Tel.: [phone]
Fax: [phone]
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Université Catholique de Louvain, Cliniques Universitaires
Saint-Luc
Patrick Goubau
Tel.: [phone]
e-mail: [email protected]
Université Catholique de Louvain, Cliniques Universitaires
Saint-Luc
Laboratoire de Référence SIDA
Unité de Microbiologie
Avenue Hippocrate 5492
1200 Bruxelles
Tel.: [phone]
Fax: [phone]
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Katholieke Universiteit Leuven, Universitaire Ziekenhuizen
Leuven
Marc Van Ranst
Katholieke Universiteit Leuven, Universitaire Ziekenhuizen
Leuven
Zone Medische Diagnostiek, Activiteitencentrum AIDS
Referentie Laboratorium
Gasthuisberg - CDG8
Herestraat 49
3000 Leuven
Tel.: [phone]
Fax: [phone]