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2 - De la Réforme au milieu du XXe siècle
La Réforme entraîna la naissance de deux Eglises séparées (Confessionnalisme). Du côté catholique, le
concile de Trente (1545-1563) lança la Contre-Réforme, qui se traduisit surtout dans la politique
confessionnelle, ainsi qu'une profonde réforme catholique; les cantons restés fidèles à l'ancienne foi
encouragèrent ce double mouvement et le dirigèrent, avec l'appui de la nonciature (siège permanent créé en
1586 à Lucerne), des jésuites affectés aux hautes écoles et des capucins spécialisés dans la pastorale. Le
Collegium helveticum de Milan, institué par l'archevêque Charles Borromée, servit à former des prêtres. La
Réforme catholique se traduisit surtout par la culture et la piété du baroque, l'édification d'églises et de
couvents, la fondation de confréries, la dévotion mariale, les processions, les pèlerinages et les transferts de
reliques. Les Lumières du XVIIIe s. touchèrent une élite, en ville et dans le clergé régulier, qui tendait à
revendiquer, dans les cantons catholiques, une Eglise d'Etat (affaire d' Udligenswil). Elles entraînèrent dans le
domaine ecclésial des réformes dont les plus remarquables eurent lieu au début du XIXe s. dans le diocèse de
Constance dirigé par Ignaz Heinrich von Wessenberg.
La révolution helvétique de 1798 et la suppression de l'Eglise d'Empire (Recès de la Diète impériale de 1803)
mirent fin à l'ordre séculaire des diocèses se jouant des frontières et relevant d'archidiocèses étrangers. Le
nouvel ordre ecclésiastique se traduisit par l'érection en 1821 du diocèse de Genève-Lausanne (Genève-
Lausanne-Fribourg en 1924), la réorganisation de celui de Bâle en 1828 et la fondation en 1847 de celui de
Saint-Gall. Celui de Coire perdit en 1816 ses domaines autrichiens et en 1997 la principauté du Liechtenstein,
par la création de l'archevêché de Vaduz. Dans le canton du Tessin, une administration apostolique fut
instituée en 1888 et le diocèse de Lugano en 1971. Seul le diocèse de Sion resta inchangé. La Sécularisation
d'une cinquantaine de couvents au XIXe s. fut partiellement compensée à partir de 1830 par la fondation de
nombreuses congrégations masculines et féminines (citons celles des sœurs de Baldegg, de Cham,
d'Ingenbohl, de Menzingen), qui rendirent des services essentiels à la population catholique dans les
domaines de l'enseignement, des soins aux malades et des activités sociales et caritatives, notamment au
sein de la diaspora catholique en forte croissance dans les agglomérations industrielles.
A partir des années 1830, l'Eglise catholique rejeta les Lumières et le libéralisme. Dans certains cantons elle
entra en conflit ouvert avec les partisans d'une Eglise d'Etat (articles de Baden). Le Sonderbund et la
fondation de l'Etat fédéral condamnèrent l'Eglise catholique et le parti conservateur qui lui était intimement
lié à une position marginale, tant politique qu'économique et culturelle, sur le plan fédéral. Dans la seconde
moitié du XIXe s., l'ultramontanisme et les décrets ecclésiastiques contre les tendances modernes (encyclique
Quanta cura et Syllabus de 1864) fortifièrent du côté catholique le refus de la société libérale et bourgeoise.
Cela aboutit, après le premier concile du Vatican (1869-1870), au Kulturkampf, qui provoqua la suppression
de la nonciature par le gouvernement fédéral en 1873, l'inscription dans la Constitution de 1874 des articles
d'exception dirigés contre l'Eglise catholique et la fondation de l'Eglise catholique-chrétienne. En même
temps, le Kulturkampf favorisa la formation d'une société catholique conservatrice fermée sur elle-même,
avec son réseau serré d'institutions culturelles, sociales et politiques, tandis que le catholicisme libéral
perdait de son influence. En 1889, l'université de Fribourg ouvrait ses portes.
Après la Première Guerre mondiale, les rapports entre l'Eglise catholique et l'Etat fédéral moderne connurent
une ère nouvelle, caractérisée sur le plan politique par une alliance entre radicaux et conservateurs, sur le
plan idéologique par un rejet commun du communisme, du socialisme et de la démocratie sociale, ainsi que
par des tendances partagées à l'antisémitisme. Durant la Deuxième Guerre mondiale, l'Eglise catholique
soutint la politique du gouvernement fédéral. L'égalité juridique entre les Eglises catholique et réformée est
postérieure à 1950 dans tous les cantons, sauf à Genève (dans le canton de Vaud en 1970, à Neuchâtel en
2000). En 1961, la mission catholique lança l'Action de Carême, la plus importante des œuvres catholiques
avec Caritas (1901).