PowerPoint, 2.5 Mo

Annotation de génomes complets
Anne Morgat
Séminaire IN’Tech - Octobre 2003 - Lyon
Fondation
Rhône-Alpes
Futur

Séquençage
= « décryptage » du support physique de l’information génétique
Après le séquençage …

séquence ADN brute
•Annotation syntaxique Eléments génétiques (features)
• CDSs, ARNs
• Signaux de régulation
• Répétitions... etc
détection par contenu
Après le séquençage… l’annotation
Objets
« individuels »
BD
•Annotation fonctionelle Attribution de « fonction(s) »
• produits des gènes
• familles d ’opérateurs
•• Similarité de séquences
•• Annotation contextuelle / relationnelle
•analyse des relations entre les entités

Genome B
Genome A
Synton
• Génomique comparative
• Réseaux de régulation
• Assemblages moléculaires
ABC tranporters
Fichant et al.
• Voies métaboliques
relation
Annotation contextuelle/relationnelle

............CGACTAGGATGGCGG.................... CGA CTA GGA TGG CGG ........
phase 1
............ ALG WA........
............ CGA CTA GGA TGG CGG ........
phase 1
. code génétique + usage des acides-aminés
. usage des codons synonymes (biais d’usage du code)
• Biologie : usage du code génétique
Annotation syntaxique : Recherche de gènes (1)
. ARNt disponibles, taux d’expressions des gènes