Applied Spectra Imaging S. CHEVALLIER L. GEGAS

CHERCHEUR DE
METAPHASES
APPLIED SPECTRAL IMAGING
Colloque ATC-20/21 Septembre 2010
Chevallier Suzanne
Gegas Laëtitia
Hôpital Necker-Enfants Malades
Histologie, Embryologie et Cytogénétique
Pr Vekemans
CHERCHEUR DE
METAPHASES
APPLIED SPECTRAL IMAGING
Colloque ATC-20/21 Septembre 2010
Chevallier Suzanne
Gegas Laëtitia
Hôpital Necker-Enfants Malades
Histologie, Embryologie et Cytogénétique
Pr Vekemans
CHERCHEUR DE
METAPHASES
APPLIED SPECTRAL IMAGING
Colloque ATC-20/21 Septembre 2010
Chevallier Suzanne
Gegas Laëtitia
Hôpital Necker-Enfants Malades
Histologie, Embryologie et Cytogénétique
Pr Vekemans
CHERCHEUR DE
METAPHASES
APPLIED SPECTRAL IMAGING
Colloque ATC-20/21 Septembre 2010
Chevallier Suzanne
Gegas Laëtitia
Hôpital Necker-Enfants Malades
Histologie, Embryologie et Cytogénétique
Pr Vekemans
CHERCHEUR DE
METAPHASES
APPLIED SPECTRAL IMAGING
Colloque ATC-20/21 Septembre 2010
Chevallier Suzanne
Gegas Laëtitia
Hôpital Necker-Enfants Malades
Histologie, Embryologie et Cytogénétique
Pr Vekemans
Au commencement, il y avait…
Avant l’arrivée du Chercheur (2008)
Post-natal
Onco-hématologique
1200 caryotypes
1200 caryotypes
 sang,
 fibroblastes.
 sang,
 moelle,
 ponctions.
Moléculaire
Pré-natal
2000 FISH
800 caryotypes
 préparations cytogénétiques,
 apposition de tissus,
 cryocoupes,
 coupes paraffinées.
 liquide amniotique,
 villosités choriales,
 sang fœtal.
2 techniciens détachés à l’informatique et la gestion du matériel.
Comment dégager du temps pour
suivre l’évolution de la discipline ?
Développer la CGH-array.
Réduire l’étape chronophage de recherche des métaphases
qui occupe 60% du temps technique.
 Acquérir
un Chercheur !
Cahier des charges publié en 2008





Peut traiter tous les types de préparations du laboratoire,
Travaille aussi bien en lumière transmise qu’en épi-fluorescence,
Permet la recherche de métaphases et d’interphases,
S’adapte au mieux à l’organisation existante,
Fonctionne via le réseau de l’hôpital.
Solution globale...
Présentation du chercheur
Applications en cytogénétique
post-natale :
mode « tout automatique ».
Configuration de l’installation
Serveur de fichiers
Stations de traitements
Archivage
(800 Go/ an)
RESEAU institutionnel
(APHP)
(1 image tiff=1 megaocte)
Etiquettes
code à barres
RESEAU du labo.
S.G.L
(système de gestion de labo.)
Transmission des
données patients
Chercheur de Métaphases
1.
Installation des lames sur le plateau.
2.
Mise en place du plateau dans le chargeur.
3.
Mise en route de SCANVIEW, le logiciel de Scan.
4.
START…le technicien peut rentrer chez lui !
5.
Chargement du plateau sur la platine et lecture des
codes à barres de chaque lame. Le code à barres
permet l’identification du patient et l’association entre
la lame et le type de paramètres de lecture à
appliquer.
6.
Les lames sont scannées à l’objectif 10 par balayages
gauche-droite sur la surface définie.
Le temps de scan dépend du nombre d’éléments
présents sur la lame :
 environ 4 minutes pour 1000 éléments.
7.
L’huile est distribuée et étalée automatiquement.
8.
Les 30 premières métaphases classées par « qualité »
sont relocalisées à l’objectif 100 de façon automatique :
 environ 15 secondes par métaphase.
Dés la relocalisation terminée, le plateau est replacé
dans le chargeur. Les métaphases capturées sont
accessibles sur le logiciel de traitement (Bandview).
Applications en cytogénétique
moléculaire.
1.
Recherche de métaphases au DAPI à l’objectif 10.
Relocalisation des métaphases à l’objectif 100 avec la
séquence de filtres paramétrée.
2.
Recherche des objets à l’objectif 63 et capture
simultanée des objets correspondant aux critères
morphologiques d’un noyau avec la séquence de
filtres et suivant le nombre de plans paramétrés.
 Durée très variable et fonction de la densité
cellulaire (20 à 40 min/plage d’HIS)
Résultats bruts :
3.
4.
Résultats après relecture :
Analyse automatique du nombre de signaux. Présentation des
résultats sous forme graphique.
Nécessité d’une relecture.
L’automatisation de la FISH
en pratique
 Temps de rendu d’un dossier FISH automatisé 1h10.
Scan métaphasique (10 min) + scan interphasique (40 min) + analyse des données (20 min) = 1h10 !
Acceptable uniquement pour les dossiers non urgent
(scan pendant la nuit).
 20 % des dossiers nécessitent une relecture manuelle.
(scan inexploitable : pb. de foccus, de surexposition)
L’automatisation est inadaptée quand on doit répondre dans
l’urgence ou à un nombre restreint d’échantillons !
1 an après l’installation (2010).
Bilan global
 Mise en place difficile,
 Amélioration de l’ergonomie et facilitation de la validation
médicale,
 Cet automate nous a permis d’affronter la rigueur budgétaire.
Au bout du compte, il y a…
Bilan secteur par secteur
Post-natal
Onco-hématologique
 fonctionnement en
« tout automatique »,
 maintien de
l’activité malgré la
perte d’un poste de
technicien.
 fonctionnement en
« semi-automatique »,
 augmentation de
l’activité à moyen
humain constant.
Moléculaire
 pas de gain de temps,
 aucune urgence,
  qualité du rendu
de résultat .
Pré-natal
 n’utilise pas le
chercheur : paramètres
de capture à améliorer,
pas de fusion possible
sur les métaphases
« éclatées ».
Pour une automatisation
sans « douleur »
 Apprendre une méthode de relaxation collective !
 Bien s’entourer :
 Détacher un référent, choisir un fabricant ayant un SAV disponible,
proche géographiquement et parlant français.
 Anticiper l’automatisation :
 Standardisation et homogénéisation des techniques entre les
différents secteurs (plage et densité d’étalement, numérotation des
dossiers), mise en place d’étiquettes code à barres.
 Tester en condition réelle :
 fonctionnement via le réseau informatique, compatibilité avec les
antivirus et systèmes d’exploitations institutionnels.
Bon courage à tous ceux qui se
lancent dans un projet
d’automatisation.
Le chercheur est plus
efficace qu’un
technicien
Sauf si on supprime le
technicien.
Un paramétrage très accessible…
La création des profils de pilotage et d’acquisition du chercheur
se fait par emboitement de paramètres gigognes définissant les
différentes actions à exécuter.
Template
Application
Process
Classifieur Région Probe
En modifiant les sous-paramètres ont peut créer des profils à
l’infini.
Et s’adapter ainsi facilement aux différents prélèvements et
techniques du laboratoire.