Les enjeux - Fédération de recherche Environnement Société

UR GEQA INRA San Giuliano
Journée de présentation de la Fédération de
Recherche
Corte, 11 novembre 2007
Présentation FRES
11 décembre 2007
ALIMENTATION
AGRICULTURE
ENVIRONNEMENT
Présentation de l’unité GEQA
Les structures
• Un bâtiment de recherche de 1000 m²
Illustration
possible sur le
côté
• Un domaine de 100 ha en propriété
• 2000 m² de serres et tunnels
Présentation FRES
11 décembre 2007
ALIMENTATION
AGRICULTURE
ENVIRONNEMENT
Présentation de l’unité
Le potentiel humain
• 35 titulaires : 9 C + I , 24 cat. B + C
6%
6%
20%
• 3 doctorants
• Contribution des départements
• GAP : 62.8%
42%
26%
Ch.
Ing.
TR
AJT
• EA : 28.6%
• SPE : 5.7%
AGT
Présentation FRES
11 décembre 2007
ALIMENTATION
AGRICULTURE
ENVIRONNEMENT
Présentation de l’unité
Les missions
• Développer des programmes de recherche
• Inclus dans la stratégie des départements GAP et EA
• Collaborations locales, nationales et internationales
• Contribuer au développement local
• Expérimentation (AREFLEC)
• Relation Recherche-développement
• Diffusion de matériel végétal
• Former et informer
• Enseignement
(120 à 150 h/an M1 et M2)
• Formation de stagiaires, thésards, chercheurs, techn.
• Communication
Présentation FRES
11 décembre 2007
ALIMENTATION
AGRICULTURE
ENVIRONNEMENT
Unité GEQA INRA
Programmes de recherche
Présentation FRES
11 décembre 2007
ALIMENTATION
AGRICULTURE
ENVIRONNEMENT
Programmes
Outil et objet de recherche
La collection d’agrumes
INRA-CIRAD
Collection d’arbres sains conservés en plein champ
=> patrimoine unique d’intérêt national et international
~ 1100 accessions de 3 espèces botaniques + qq apparentés
Présentation FRES
11 décembre 2007
ALIMENTATION
AGRICULTURE
ENVIRONNEMENT
Maintien et gestion de la collection
Les enjeux
- Pérennisation des Ressources Génétiques
- Gestion du matériel végétal (utilisation, diffusion…)
- Gestion de la connaissance sur les RG
Les actions
- Amélioration des protocoles de détection de µ-organismes
pathogènes (certification fruitière)
- Démarche d’accréditation CRB agrumes (réseau INRA GAP)
- Développement d’un outil informatique pour la gestion des bases de
données (réseau INRA GAP, projet SIREgal)
Présentation FRES
11 décembre 2007
ALIMENTATION
AGRICULTURE
ENVIRONNEMENT
Interface recherche-expérimentation- développement
Un appui à la filière agrumicole
Les enjeux
- Proposer un matériel végétal adapté
- Amélioration de la production (génétique-environnement-qualification)
Les actions
- Sélection de variétés et porte-greffe (transfert à l’AREFLEC)
- Lutte intégrée (AREFLEC)
- Qualité et certification des clémentines – IGP clémentine de
Corse (=> objet de recherche)
Présentation FRES
11 décembre 2007
ALIMENTATION
AGRICULTURE
ENVIRONNEMENT
Etude de la diversité génétique et de l’évolution des
espèces
Les enjeux
Poncirus
trifoliata
- Optimiser la gestion de la conservation
des R.G. (homonymie, synonymie, core
collection…) ;
- Rationaliser son exploitation (choix
des géniteurs, probabilité de succès,
stratégies d’amélioration adaptées)
Présentation FRES
11 décembre 2007
ALIMENTATION
AGRICULTURE
ENVIRONNEMENT
Etude de la diversité génétique et de l’évolution des
espèces
Les moyens
- Descripteurs phénotypiques (IPGRI, UPOV)
• Collaborations: Laboratoires Université Corse; INRA
Maroc; IAV Hassan II; CIRAD…
• Contrats: CTPS 2000-2002 « Mandariniers »; CPER;
PRAD 2005; BRG 2007…
- Développement de marqueurs de l’ADN
• Collaborations: CIRAD, PR, IVIA (Espagne), …
• Contrats: Génoscope 2000 ; CRB 2001-2002 ; PRAD 2003
Génoscope 2005; …
Présentation FRES
11 décembre 2007
ALIMENTATION
AGRICULTURE
ENVIRONNEMENT
Etude de la diversité génétique et de l’évolution des
espèces
Transfert du savoir faire
• Développement de coopérations internationales -> accès à des
ressources génétiques originales (Coopération décentralisée
Vietnam; PRADs Maroc)
• Collaboration avec l’IVIA et le CIRAD pour harmonisation des
procédés– co-encadrement d’une thèse sur la génétique
d’association (2008-2011)
• Aide au développement d’une structure privée pour l’expertise
analytique des fraudes sur les jus de fruits (société ADNid)
Présentation FRES
11 décembre 2007
ALIMENTATION
AGRICULTURE
ENVIRONNEMENT
Thématiques de recherche GEQA
Recentrage des compétences sur la qualité organoleptique des fruits
Objectifs
• Elaboration d’une vision globale de la qualité
• Etude de l’élaboration de la qualité en situation de contrainte
• Création de modèles mixtes écophysiologiques et génétiques
de la qualité (objectif à LT) ;
Enjeux
• Contrôle des principaux paramètres de la qualité
• Recherche de génotypes adaptés aux conditions
Présentation FRES
11 décembre 2007
ALIMENTATION
AGRICULTURE
ENVIRONNEMENT
Thématiques de recherche GEQA
Deux approches complémentaires
• Génétique: Etude du contrôle génétique des critères de qualité (QTL)
Localisation des gènes sur cartes génétiques
Identifier les gènes impliqués (génomique…)
Recherche de la variabilité des QTL dans la collection
• Eco-physiologique: Identifier les processus et, au sein de processus,
les étapes-clés affectées par les facteurs de l’environnement
Présentation FRES
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ALIMENTATION
AGRICULTURE
ENVIRONNEMENT
Les critères majeurs ciblés
• Composants essentiels qualité (coloration, maturité, valeur santé)
• Variation de coloration chez agrumes
Les caroténoïdes
• Les voies de biosynthèse sont connues
L’acidification • Critère majeur de la qualité (maturité, valeur santé)
• Pb du cahier des charges de l’IGP
de la pulpe
• Connaissances empiriques (températures,..)
• Calibre = qualité ‘marchande’
• Sucre/eau : cœur des modèles « qualité »
• Contribution de la peau des fruits à peau épaisse ?
Présentation FRES
11 décembre 2007
ALIMENTATION
AGRICULTURE
ENVIRONNEMENT
Croissance
du fruit
Réseau de collaborations local / national
• Université de Corse: labo de Biochimie -Thèse de M.V. Albertini (20042007) « Déterminismes biochimique et génétique de l’acidification de la pulpe » Nouvelle thèse dans la continuité « Relation Carbonne-acidité » 2008-2010
• CIRAD UPR « Multiplication végétative » et autres - Thèse de
l’université de Corse A.L. Fanciullino (05-07) « Etude du déterminisme génétique
de la variation biochimique en caroténoïdes »  à moyen terme étude des car. sous contraintes saline (thématique CIRAD)
et hydrique (fut une thématique GEQA)
• Université de Corse: labos de Chimie ‘Corte’ et CBM ‘Vignola’
composition autres métabolites secondaires (huiles essentielles, composés volatils,
polyphénols) objet d’études inclus dans les thématiques de plusieurs thèses
 3 thématiques = supports des APR de la CTC
Présentation FRES
11 décembre 2007
ALIMENTATION
AGRICULTURE
ENVIRONNEMENT
Etude des paramètres sous contraintes
Objectifs
Facteurs biotiques
et abiotiques
Sucres
1)
2)
3)
4)
Effet direct de l’environnement via les ROS ;
Effet indirect de l’environnement via les sucres ;
Effet des viroïdes
Effet du stress salin et hydrique.
ROS
Perspectives
Synthèse des caroténoïdes
• Modélisation (avec réseau INRA )
Intégration avec « croissance/sucres » et « acidité »
• Valorisation/AREFLEC.
Présentation FRES
11 décembre 2007
ALIMENTATION
AGRICULTURE
ENVIRONNEMENT
Collaborations internationales
- Connaissance du génome /
- membre consortium international citrus
- développement carte génétique avec IFAS (USA, FL)
- protéomique CNR Pisa (INTERREG IIIa)
- Ressources génétiques /
- IVIA harmonisation des procédés de caractérisation
- transfert du savoir faire (B.Méd.; Vietnam…)
- Thématique ‘qualité’ /
- IVIA (acidité) => outils d’analyse d’expression des gènes
Présentation FRES
11 décembre 2007
ALIMENTATION
AGRICULTURE
ENVIRONNEMENT