expose_MPG03.pps

Filtrage à l’aide de graines pour
l’alignement local
Laurent Noé
[email protected]
http://www.loria.fr/~noe
Université Henri Poincaré
Travail commun avec Gregory Kucherov

Plan
Introduction : alignement local
–Définition
–Méthodes exactes
Techniques de filtrage
–Définition d’un filtre
–Exemples de filtres
Méthodes heuristiques pour l’alignement local
–Définition d’une graine (ancres)
–Méthodes successivement développées
•BLAST-GAPPEDBLAST-BLAT-PATTERNHUNTER-YASS
–Graines-espacées
Design des graines espacées
–Waiting Time
–Algorithme de Keich
–Algorithme de Bulher
–Alignements homogènes

Alignement Local
Alignement
–« Processus par lequel deux séquences sont comparées afin
d'obtenir le plus de correspondances (identités ou substitutions
conservatives) possibles entre les lettres qui les composent. »
http://www.infobiogen.fr
Alignement Local
–« Alignement des deux séquences seulement sur une portion de
leur longueur. » http://www.infobiogen.fr
–Deux sous-chaînes sont alignées.
Exemple
GCAACATAG
|||||||||
GCAACATAG
TACATGCG
||:|||||
TAGATGCG
TGTGC-TTG
||||| |||
TGTGCCTTG
S1: TGTGCTTGGCAACATAGATAGATGCG
S2: TACATGCGCAACATAGCTGTGCCTTG
S1: TGTGCTTGGCAACATAGATAGATGCG
S2: TACATGCGCAACATAGCTGTGCCTTG
S1: TGTGCTTGGCAACATAGATAGATGCG
S2: TACATGCGCAACATAGCTGTGCCTTG
S1: TGTGCTTGGCAACATAGATAGATGCG
S2: TACATGCGCAACATAGCTGTGCCTTG

Qualité d’un alignement
Méthodes d’évaluation
–Pourcentage d’identité
•distance d’édition
•longueur du fragment
–Score d’un alignement
•Fixer un score pour chacune des opérations unitaires lors de la
construction d’un alignement
–correspondance/substitution de deux nucléotides
–insertion/suppression de deux nucléotides
•Pour un alignement donné, la somme des scores des opérations
unitaires associées donne le score de l’alignement

Exemple
Alignement fixé
Fonction de score
–Matrice de score
•s(a,b)
–Coût pour l’insertion/la suppression de nucléotides (indels)
•g = « s(a,-) »
•g = -3
–Score de l’alignement
1*(8 matches) –1* (1 transition) –2* (1 transversion ) –3* (1 indel)= 2
ATGTGC-TTGC
|||:|| |.||
ATGAGCCTCGC
A T G C
A1 -2 -1 -2
T-2 1 -2 -1
G-1 -2 1 -2
C-2 -1 -2 1