Microbiologie
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Microbiologie Formation correspondants Écologie répartition des micro-organismes responsables d'IAS (ENP 2006) bactéries virus parasit/myco Origine des microorganismes Flore endogène : flore propre à l’individu (flore cutanée, muqueuse, digestive…) Flore exogène : Autre individu : soignant, patient Environnement : eau, air, surfaces… VIRUS Transmission par le sang et liq biologique : Hépatites B et C, HIV, CMV…… Transmission respiratoire : VRS, RhinoV, VZV, grippe… Transmission par contact cutanéo-muqueux Herpesv, VZV, AdénoV (kératoconjonctivite)…. transmission par voie digestive : RotaV…. Transmission interhumaine TTT lourds, vaccins Parasites et champignons Ectoparasites : poux, gale… Champignons : : Candida albicans…. Ch. filamenteux : Aspergillus Levures Parasites - champignons Transmission interhumaine : gale, poux Environnement : Aspergillus, (poux) Flore endogène : Candida BACTERIES répartition des bactéries les plus isolées d'IAS (ENP 2006) pyo Acineto baumannii Clostridium difficile Staph aureus autre Enterobacterie Staph blancs Enterocoque Ecoli Proteus mirabilis Enterobacter Klebsiella Staph aureus : 19 % Ecoli : 25 % Pyo = P aeruginosa : 11 % Classification des bactéries Forme : Cocci Bacilles Propriétés tinctoriales : GRAM Gram Gram + – Pouvoir respiratoire : Aérobie Anaérobie Aéro-anaérobies Cocci à Gram + Staphylocoques Aureus Epidermidis Autre Staph blanc Streptocoques Strepto A Strepto B Pneumocoque Autre Strepto Enterocoque Bacilles à Gram + Corynébactéries Anaérobie : Clostridium difficile Bacilles gram Enterobactéries : Ecoli Klebsiella Enterobacter Proteus Salmonelles, …. Autres BGN : P aeruginosa A baumannii Haemophilus… Legionella BACTERIES répartition des bactéries les plus isolées d'IAS BG+ Abau pyo autre EB CD Staph aureus Staph blancs Enterocoque Ecoli BG- Enterobacter Proteus Klebsiella mirabilis CG+ Classification « fonctionnelle » des bactéries Pathogène stricte réservoir pathogénicité commensales Homme malade Homme sain (flore) saprophytes environnement +++ intrinsèque -à+ potentielle -à+ limitée ++ +++ + + +++ ++ +++ + + Type d’infection : Communautaire Nosocomiale Professionnelle exemple M tuberculosis E coli, SA Paeruginosa, legionelle Flore endogène Corps humain : 1013 cellules – 1014 bactéries VAS : Strepto, Neisseria, ana… Flore génitale : Lactob, strepto, enteroB… Peau : Staphylocoques Coryne… Flore digestive : Enterobactéries, Ana (CD) Enterocoque… Principales espèces S aureus : S epidermidis Flore cutanée ILK, ISO (os)…. Clostridium difficile : flore cutanée (nez) Infections sur matériel (KT, SU, prothèse…) ISO, pneumopathies, infect° cutanée…. Flore digestive colite enterocoque Flore digestive IU, septicémie, inf abdominales, (ISO…) E coli : Flore digestive, génitale IU, septicémie (ISO, inf° cut-muq…) Autres entérobactéries : Kpne, E aerogenes, E cloacae, Proteus mirabilis…) Flore digestive IU, septicémie, pneumoP (ISO, inf° cutmuq…) Pseudomonas aeruginosa Environnement Peu pathogène ISO, Pneumopathie, IU, septicémie, peau… Acinetobacter baumannii : Environnement Peu (peau) pathogène ISO, Pneumopathie, IU, septicémie, peau… Les bactéries multirésistantes (BMR) définition Les bactéries sont dites multirésistantes aux antibiotiques (BMR) lorsque, du fait de l'accumulation des résistances naturelles et acquises, elles ne sont plus sensibles qu'à un petit nombre d'antibiotiques habituellement actifs en thérapeutique. Les principales BMR SA résistant à la méticilline (SARM) S aureus résistant aux glycopeptides Entérobactéries résistant aux C3G P aeruginosa résistant à la ceftazidime Entérocoque résistant à la vancomycine A baumannii résistant aux βlactamines Risques liés aux BMR Virulence proche souches sauvages Mais erreur TTT +++ Impasses TTT Diffusion +++ Coût +++ Transfert de résistances SARM en Europe 2002 (EARSS) Pas de données <1% 1à5% 5 à 10 % 10 à 25 % 25 à 50 % > 50 % EARSS data. Available at: http://www.earss.rivm.nl SARM en Europe 2005 (EARSS) Pas de données <1% 1à5% 10 à 25 % 25 à 50 % > 50 % EARSS data. Available at: http://www.earss.rivm.nl P aeruginosa CAZ R en Europe 2005 (EARSS) Pas de données <1% 1à5% 5 à 10 % 10 à 25 % 25 à 50 % > 50 % EARSS data. Available at: http://www.earss.rivm.nl E coli C3G R en Europe 2005 (EARSS) Pas de données <1% 1à5% 5 à 10 % 10 à 25 % 25 à 50 % > 50 % EARSS data. Available at: http://www.earss.rivm.nl E faecium VancoR en Europe 2005 (EARSS) Pas de données <1% 1à5% 5 à 10 % 10 à 25 % 25 à 50 % > 50 % EARSS data. Available at: http://www.earss.rivm.nl Maitrise des BMR Bon usage des antibiotiques : le bon Atb à la bonne dose, au bon moment Précautions standard +/- précautions complémentaires Utilisation de SHA +++ Signalement (dossier, chambre, brancardiers…) Exemple de BMR : E coli sauvage BLSE : Diminution du Ø d’inhibition « bouchon de champagne » Exemple de BMR : P aeruginosa sauvage Multi R Surveillance des IAS Coût des IAS Coût humain : 5 à 10 % des patients hospitalisés ≈ 4000 DC par an en France Coût économique Direct : 300 à 700 M € / an 75 % : ↑ hospitalisation 20 % : antibiotique 5 % : biologie Indirect ? Surveillance épidémiologique Définition : Système d ’information consistant à collecter, analyser et interpréter des données dans le cadre de programmes de prévention. BUTS : Il est utilisé comme outil d’évaluation et de réduction du risque infectieux. Il permet de définir des objectifs quantifiés de prévention Programme de prévention Étape diagnostic = identification du problème (surveillance) Étape « Thérapeutique » : mise en place de mesures correctives, protocoles, formations… Étape de suivi : Audit : évaluation des pratiques surveillance des IN : évaluation des résultats Pourquoi surveiller détecter et quantifier un risque Détecter les événements inhabituels = outil d’alerte Détecter les dérives = outil de vigilance Évaluer les mesures mises en place = outil d’évaluation définir des priorités, des objectifs améliorer la qualité des soins Sensibiliser l’ensemble du personnel Comment surveiller les IAS Indicateurs simples et pertinents Méthode rigoureuse : Définir la période : continue, discontinue Avoir un (des) référentiel(s) Définir : les IN surveillées Les actes à risque Les patients La population de l’étude (numérateur)… Les enquêtes Prévalence : Photographie à un instant (réservoir) Enquête « un jour donné » = transversale Incidence : Film (durée) Évolution = longitudinale Les enquêtes Taux de prévalence = nbre de cas / nbre patients présents X 100 Taux d’incidence = nbre de Nx cas / nbre JH X 1000 (ou nbre de patients présents X 100) Patient 1 Patient 2 Patient 3 Patient 4 Patient 5 Patient 6 Patient 7 t1 t0 P = 2/4 I = 3/7 P prévalence Enquête un jour donné, transversale Inclus tous les cas « actifs » Peu précise, estimat° des IN Ne permet pas de voir les bouffées épidémiques Facile à mettre en œuvre sensibilise incidence Surveillance longitudinale : au moins 3 mois ou 100 patients inclus Détermination plus précise des IN Bouffées épidémiques Identification des facteurs de risque Très lourde, temps +++ définition Type d’étude prévalence incidence Enregistrement un jour donné des IN actives chez tous les patients présents (ancien + nouveaux cas) Enregistrement continue de tous les nx cas d’IN survenant dans une population donnée, pendant une période donnée Évalue un réservoir Mesure la vitesse d’apparition de l’infection transversale Longitudinale et prospective Période courte (1j) Période longue (3 mois ou 100 patients) Non exhaustive (échantillon) exhaustive réseaux Surveillance globale Surveillance ciblée sur une population à risque ou un facteur de risque : Ex : taux d’incidence des IU rapporté à 100 jours de sondage Ex : prévalence des ISO / 100 patients opérés Participation à un réseau de surveillance (CCLIN SE) : BMR, réa, bactériémies, mater, dialyse, ISO, AES… Méthodologie Comparaison Transparence BMR CCSE : évolution de l’incidence (‰JH) des infections à BMR de 2000 à 2005 0,8 0,7 0,6 0,5 SARm PARC ERC 0,4 0,3 0,2 0,1 0 2000 2001 2002 2003 2004 2005
