fiche de stage Master2 2014_2015 VDecroocq

FICHE DE STAGE MASTER 2 RECHERCHE
ANNEE 2014-2015
NOM ET COORDONNEES du laboratoire : UMR BFP, INRA Centre de Bordeaux,
Villenave d’Ornon.
Contact : [email protected]
Dr Véronique DECROOCQ (Research Director)
INRA Centre de Recherches de Bordeaux
IBVM, UMR BFP 'Biologie du Fruit et Pathologie' INRA-Université Bordeaux II
Equipe de Virologie CS20032 33882
Villenave d'Ornon (FRANCE)
Tel:(33) (0)5 57 12 23 83
Fax:(33) (0)5 57 12 23 84
NOM ET COORDONNEES du responsable de stage : Véronique DECROOCQ
TITRE : Compréhension du mécanisme de régulation d’un locus contrôlant le mouvement
longue distance du Plum pox virus chez Arabidopsis thaliana
CONTEXTE : L’équipe « Interactions Plantes-Virus (IPV) » de l’UMR Biologie du Fruit et
Pathologie recherche et étudie les protéines de la plante hôte indispensables au cycle
infectieux des virus. Nous étudions tout particulièrement les interactions plantes/virus par
différentes approches (virologie, génétique, biochimie) et dans différents pathosystèmes,
notamment la plante modèle Arabidopsis thaliana (Decroocq et al. 2006; Decroocq et al.,
2010, Pagny et al., 2012). Les protéines de la plante hôte impliquées dans l’infection virale
sont généralement codées par des gènes dits de sensibilité dont la perte de fonction induit une
résistance récessive au virus. A ce jour, seul un nombre restreint de gènes contrôlant des
résistances récessives aux potyvirus sont connus. Nous avons identifié récemment un locus
majeur lié au blocage du mouvement longue-distance du Plum pox virus (PPV) chez
Arabidopsis (Pagny et al., 2012). La régulation de l’expression de ce phénotype fait intervenir
un autre interacteur de la plante hôte selon un mécanisme encore inconnu.
OBJECTIFS : Très récemment, nous avons démontré, à la fois par cartographie de liaison et
d’association dans des populations multiparentales et naturelles d’Arabidopsis, l’implication
d’un locus, nommé sha3 situé en bas du chromosome 3, dans le contrôle de la résistance
récessive au PPV. Il apparait également que ce locus est régulé par un autre facteur de l’hôte,
SHA1, qui cartographie sur le bras long du chromosome 1 et présente un effet fort et
dominant d’épistasie sur sha3. Le déterminisme génétique de cette régulation a été abordé
dans des populations F1, F2 et de rétrocroisement. Nous avons dès à présent engagé le
clonage positionnel de SHA1 au travers d’un criblage d’une population de 1100 individus et
du re-séquençage complet des transcrits dans un contexte résistant ou sensible. L’objectif de
ce stage est donc d’identifier le gène SHA1 qui code pour un régulateur a priori
transcriptionnel du locus sha3 et d’évaluer son rôle dans l’interaction SHA3/PPV.
METHODOLOGIE : Cartographie fine avec des marqueurs SSR, CAPS et SNP dans des
populations F3, tests de résistance à l’infection avec des virus marqués (fluorescence, GUS),
séquençage pour l’analyse de polymorphisme naturel de ce locus de résistance et analyse de données
de RNAseq pour la variation de l’expression transcriptionnelle. Analyse par PCR quantitative de
l’expression des gènes candidats.
PRE-REQUIS DE L’ETUDIANT : connaissances de base en cartographie génétique, clonage et
techniques de biologie moléculaire, éventuellement analyse de RNAseq et qPCR