cours 4 master BioDev

2) Le zebrafish (poisson zèbre)
- Temps de génération : 3 mois
- 50 à 300 embryons / ponte
approches génétiques
(mutants et transgéniques)
-Fécondation et développement externe
Observations et micromanipulations aisées
+ « clareté » des embryons

Le génome du zebrafish
- 25 chromosomes (tous autosomes ! Pas de
chromosome sexuel)
- environ 1,5 Giga-bases (1, 5 109 bases)
- début du séquençage en 2001;
Voir publication : « The zebrafish reference genome sequence and its
relationship to the human genome” Nature 2013
1,412,464,843 paires de bases (Zv9)
environ 26.206 gènes (codant pour des protéines)
voir sites internet :
NCBI: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/guide/zebrafish/index.html
UCSC : http://genome.ucsc.edu/
Ensembl : http://www.ensembl.org
(annotation « automatique »)
Vega : http://vega.sanger.ac.uk/Danio_rerio/
(annotation vérifiée)
-Centre de distribution de clones (cDNA ou gDNA)
(pour toutes les espèces) :
ImaGenes : http://www.imagenes-bio.de/

3400 gènes dupliqués chez le
zebrafish : paralogues
Cause : duplication du génome durant l’évolution des téléostéens
(environ 300 millions d’années)
HB 48 hpf 48 hpf
Exemple : le gène Pax6
Pax6a Pax6b
HB
26 hpf 26 hpf
Vues latérales
Pax6a exprimé
dans les yeux,
SNC, cerveau
postérieur (HB)
Pax6b exprimé
dans les yeux,
SNC et le
pancréas
expression différente : partage de la fonction du gène ancestral
« subfonctionalisation »

Comparaison des séquences génomiques entre
les gènes paralogues (et entre orthologues)
: exon
: région non transcrite conservée
Lignée transgénique P0Pax6:GFP
Chr.25
Chr.7