Intensité de fluorescence en UA
Taille de l’ITS en nombre de paires de bases
Figure 2: Profils de tailles de fragments intergéniques 16S-23S (ARISA)
procaryotes issus de coques (Vert cohorte 2006 ; bleu cohorte 2007)
Après avoir vérifié son statut (parasité ou non
parasité par Bucephalus minimus) chaque
bivalve collecté a été broyé, afin de préparer
l’extraction de l’ADN. L’amplification sélective
des fragments d’intérêt (ITS des populations
bactériennes présentes) a ensuite été réalisée
sur une fraction de cet ADN extrait. Puis
l’analyse automatisée de l’amplicon a été
effectuée sur un séquenceur capillaire
ABI3730 Applied Biosystems de la plateforme
Génome Transcriptome de Bordeaux. Pour
chaque coque, un profil des différents ITS
présents et de leurs abondances relatives
(empreinte génétique) a été obtenu. A titre
d’illustration, deux profils correspondant à des
coques appartenant deux cohortes sont ici
superposés ; la courbe rouge représente
l’étalonnage interne : taille du brin en fonction
de la durée de migration électrophorétique
(Figure2).
Chacune des empreintes correspondant à
chacune des coques analysées,a été compilée
sous forme d’une matrice. A partir de cette
matrice, la distance de Jaccards entre les
différentes empreintes a été calculée. Le
nMDS (non metric dimensional scaling) est
une représentation graphique de cette distance
qui nous a permis de visualiser des différences
au niveau de la composition des communautés
bactériennes de 2 cohortes de coques (2006 et
2007) (Figure 3). Une ANOSIM basée sur
100 000 permutations nous a permis de valider
la significativité de ces différences (p= 8x10-5).
cohorte 2006
individus non
parasités par
B.minimus
cohorte 2006
individus
parasités par
B.minimus
cohorte 2007
individus non
parasités par
B.minimus
cohorte 2007
individus
parasités par
B.minimus
Figure 3 : Représentation en nMDS des distances entre les
profils génétiques des communautés bactériennes
présentes chez des coques appartenant à deux cohortes
(2006 et 2007)