Sylvie Hamel Département d`informatique et de recherche

Bin1002 –Automne 2015
Intégration biosciences/informatique
Sylvie Hamel
Département d’informatique et de recherche opérationnelle
André-Aisenstadt: 3161
[e-mail]
Guillaume Lettre
Institut de Cardiologique de Montréal, Faculté de Médecine
[e-mail]
http://esilbac1.esi.umontreal.ca/~dbin1002/

Horaire et locaux:
BIN1002-Université de Montréal Plan de cours 2
Activité Jour Local
théorie Mercredi: 10h30-12h30 Z-255
Travaux
pratiques
Vendredi: 11h30-13h30 M-625

Objectifs: Le cours BIN1002 vise à introduire l’étudiant au
domaine de la bioinformatique en y survolant plusieurs thèmes
importants.
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Contenu:
•Structure et prédiction de gènes
•Alignement local et global
•Recherche de similarités
•Introduction au séquençage de deuxième génération
•Transcriptomique
•Médecine personnalisée

Qu’est-ce que la bio-informatique?
Champs multi-disciplinaire qui utilise des méthodes informatiques
(mathématiques, statistiques, combinatoires…) pour résoudre un
problème biologique:
Formaliser des problèmes de biologie moléculaire;
Développer des outils formels;
Analyser les données;
Prédire des résultats biologiques;
Organiser les données.
Discipline relativement nouvelle, qui évolue en fonction des
nouveaux problèmes posés par la biologie moléculaire.
Pas de consensus sur la définition de la bio-informatique.
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Quelques références:
1) D. Gusfield, Algorithms on Strings, Trees, and Sequences,
Cambridge University Press, 1997.
2) D.W. Mount, Bioinformatics: Sequence and Genome Analysis,
Second Edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, 2004.
3) R.D.M. Page et E.C. Holmes, Molecular Evolution, A
Phylogenetic Approach, Blackell Publishers, 1998
4) M. Pop, S.L. Salzberg et M. Shumway, Genome Sequence
Analysis: Algorithms and Issues, IEEE, 2002
5) Etc.
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Un invité:
1) Sébastien Lemieux (IRCM) –transcriptomique –28 octobre