File - Cours L3 Bichat 2012-2013

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UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
infections respiratoires
communautaires
ED n° 3
Mise à jour le:
Pré-requis 1-Définitions
• Bronchite aigüe: inflammation de la
muqueuse bronchique sans atteinte
parenchymateuse
• BPCO (bronchopneumopathie
chronique obstructive): inflammation
chronique des bronches. Les
exacerbations peuvent être d’origine
bactérienne et aggraver la BPCO
• Bronchiolite: infection des bronchioles
• Pneumonie: infection du parenchyme
pulmonaire d’évolution aiguë
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Rhinite
Pharyngite/laryngite
Trachéite
Bronchite
Bronchiolite
Pneumonie
Pré-requis 2 –
rappels anatomo-cliniques
Voies aériennes supérieures:
•
•
flore abondante variable selon l’âge et le terrain.
Bactéries commensales (potentiellement
pathogènes) : strepto a, Neisseria spp., Corynebacterium
spp., Haemophilus spp. , Staphylococcus spp.… parfois
Streptococcus pneumoniae (commensale des voies
aériennes supérieures (5-10% de portage chez l’adulte, 2040% chez l’enfant), Haemophilus influenzae
Rhinite
Pharyngite/laryngite
Trachéite
Voies aériennes inférieures:
•
Bronches et alvéoles pulmonaires normalement
stériles
– Défenses mécaniques: toux, cils
– Défense humorale : IgA, lysozyme
– Défense cellulaire: macrophages, polynucléaires…
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Bronchite
Bronchiolite
Pneumonie
Pré-requis 3 –
épidémiologie/classification
• Bronchite aigüe:
–
–
–
–
–
10 millions de cas/ an
le plus souvent virale et contexte épidémique
Diagnostic uniquement clinique
Guérison spontanée
Pas d’antibiotique
• Exacerbations de BPCO (bronchopneumopathie chronique
obstructive):
–
–
–
–
2 millions de cas par an
Diagnostic difficile
Etiologie non infectieuse dans 1 cas sur 2
Infection bactérienne probable si crachats purulents
• Bronchiolite: nourrisson, virale
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Pré-requis 3 –
Epidémiologie/classification
• Pneumonie aigüe:
– 400 000 et 600 000 cas par an
– Le diagnostic repose sur des critères:
• cliniques: toux, dyspnée, douleur thoracique,
expectorations, fièvre, râles crépitants
• radiologiques: image lobaire, infiltrat interstitiel…
• Microbiologiques
– Critères de gravité à évaluer: âge,
comorbidités, signes vitaux…
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Diagnostic microbiologique d’une
pneumonie
Un homme de 70 ans, éthylotabagique, vous consulte pour une
fièvre à 39°C d’apparition brutale
associée à des frissons, une toux,
des expectorations purulentes et
une douleur thoracique unilatérale.
Le patient présente des râles
crépitants à l’auscultation et une
tachycardie > 100/min. La radio
thoracique montre une opacité
alvéolaire
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
1 - Quelles sont les principales
étiologies des pneumonies
communautaires ?
• pathogènes donnant souvent une pneumopathie franche
lobaire aigüe souvent limitées à un seul lobe :
– Streptococcus pneumoniae +++ (= pneumocoque) (50%)
– Haemophilus influenzae
– S. aureus
• pathogènes donnant souvent une pneumopathie interstitielle
constituée d’opacités diffuses :
– Dans ce cas, les étiologies virales prédominent.
– bactéries de culture difficile dont:
• Mycoplasma pneumoniae
• Tableau mixte:
– Legionella pneumophila (10%)
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
2 - Quels sont les outils bactériologiques du
diagnostic de pneumopathie?
Aucun bilan microbiologique si faibles critères de
gravité
But de la culture bactérienne:
•
•
Identifier la ou les bactéries en cause parmi la flore
Étude de la sensibilité de la bactérie isolée aux antibiotiques
Type de prélèvement:
• Variable selon l’importance clinique, le contexte (ambulatoire,
intubation, immunodépression)
• Transport rapide au laboratoire (germes fragiles et prolifération
des bactéries commensales)
• Avant toute antibiothérapie
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
2 - Quels sont les outils bactériologiques du
diagnostic de pneumopathie?
A- Prélèvements respiratoires:
• Examen Cytobactériologique des expectorations
(ECBC):
– Matin au réveil, rinçage bucco-dentaire, après effort de contaminé par
toux si besoin aide d’un kiné
la flore
• Aspiration endo-trachéale (AT) (chez patient souvent
oropharyngée
intubé):
– Aspiration des secrétions broncho-pulmonaires par sonde
d’intubation
• Prélèvement des sécrétions respiratoires basses
– Prélèvement Distal Protégé (PDP) et Brossage
(BDP)
• Brosse de nylon placée à l’intérieur d’un double cathéter (sous
fibroscopie)
– Lavage Broncho-Alvéolaire (LBA)
• Injection et ré-aspiration de sérum physiologique (100 à 200 ml)
sous fibroscopie
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
2 - Quels sont les outils bactériologiques du
diagnostic de pneumopathie?
prélèvement
Mise en culture : dilutions appropriées
dénombrement des bactéries
Gélose au sang
Gélose au sang hémolysé
(« gélose chocolat »)
+ vitamines
Incubation
à 37°C
Examen microscopique:
Cytologie:
• bonne qualité du prélèvement (ECBC, AT) si :
• <10 Cellules épithéliales/ champ
• >25 Polynucléairesneutrophiles/champ
• nombre de cellules, formule, % de cellules
infectées (LBA)
Gram:
présence de germes
(description)
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
2 - Quels sont les outils bactériologiques du
diagnostic de pneumopathie?
Résultat des cultures (J1), significatif si
pathogène:
• ≥107 UFC/ml (ECBC)
• ≥ 105 CFU/ml (Aspiration endo-trachéale)
• ≥ 103 CFU/ml (Prélèvement Distal Protégé)
techniques
invasives
non
4
systématiques • ≥ 10 CFU/ml (Lavage Broncho-Alvéolaire)
Antibiogramme
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
J2
2 - Quels sont les outils bactériologiques du
diagnostic de pneumopathie?
B- Autres prélèvements
• Hémocultures si signes de gravité
rarement positives (Positives dans 30% des pneumopathies à pneumocoques)
• Recherche d’Antigène solubles (urines): Méthode immunochomatographique, Facile à réaliser et rapide
– Pneumocoque
Détecte les Ag polyosidiques du Pneumocoque.
Très spécifique
Sensibilité variable (Ag +: portage des < 3 ans, BPCO, excrétion prolongée après
infection)
– Legionella pneumophila sérogroupe 1: en cause dans > 90% des cas
spécificité ++
•
PCR multiplex (dans certains laboratoires): virus + Legionella
pneumophila, Mycoplasma pneumoniae, Chlamydia. pneumoniae
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
4- Quelles sont les spécificités du
pneumocoque ?
producteur de
pneumolysine:
colonies
α-hémolytiques
(halot vert)
Diplocoque à gram
positif
Genre Streptococcus,
capsule polyosidique
(autres streptocoques
commensaux:
optochine résistants)
Résistance aux antibiotiques
-Sensibilité naturelle à la pénicilline et aux céphalosporines.
Depuis quelques années  mutation des PLP : pneumocoque de sensibilité
diminuée à la pénicilline (PSDP), variable en fonction de l’âge (60% chez l’enfant)
 Détection par disque d’oxacilline et/ou CMI à la penicillineG, amoxicilline et
cefotaxime.
 Traitement par Amoxicilline 3 g/j
Très nombreux sérotypes différents (vaccination)
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Diagnostic bactériologique d’une pneumopathie
à Mycoplasme pneumoniae
• Mycoplasme pneumoniae (bactéries sans paroi)
– Adhésion aux cellules respiratoires
– Culture longue et difficile
• Diagnostic microbiologique:
– Sérologie : IgG, IgM (séroconversion)
– PCR à partir de prélèvement nasopharyngé ou respiratoire
• Résistance naturelles aux bétalactamines
• Antibiotiques actifs sont ceux avec bonne pénétration cellulaire
cyclines, macrolides, fluoroquinolones
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
:
Diagnostic microbiologique d’une legionellose
(Legionella pneumophila)
•
•
•
bacilles à Gram négatif, origine hydrotellurique
Contamination par aérosols d’eau contaminée
Diagnostic:
– Recherche d’antigène urinaire
• Legionella pneumophila sérogroupe 1: en
cause dans > 90% des cas
– Culture de prélèvement respiratoire sur milieu
spécialisé
– Croissance lente (3 à 10 jours)
•
Déclaration obligatoire (Enquête épidémiologique)
•
•
Résistance naturelle aux bétalactamines
Traitement: macrolides ou fluoroquinolones (bonne
pénetration intracellulaire)
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Aspect en verre fritté
Préciser sur la feuille
de demande la
recherche de Legionella
+++
Démarche de prise en charge
globale d’une pneumonie
Le diagnostic repose d’abord sur la clinique et
l’imagerie!
• Place du diagnostic microbiologique variable:
– PAC sans hospitalisation: pas de prélèvement
– Pneumonie avec hospitalisation:
hémocultures + plts respiratoires +/- Ag urinaires Legionella
+/-Ag pneumo
Traitement :
• Fonction de la sévérité, du terrain, de la bactérie…
• Principes de base:
– Antibiothérapie probabiliste instaurée rapidement
– Réévaluation à 48h
– Adaptation de l’antibiothérapie à la bactérie retrouvée et
antibiogramme
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
La coqueluche
• Bactérie responsable : Bordetella pertussis ou
accessoirement parapertussis
• Très contagieuse
• Infection bactérienne localisée à l’arbre
bronchique
– Incubation 2-3 semaines
– toux persistante de plus de 7 jours par quinte
(« champ du coq »)
– peut être sévère chez nourrisson, femmes
enceintes, sujets agés (surinfections pulmonaires)
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
La coqueluche:
physiopathologie
1. Colonisation du tractus bronchique par
des adhésines
2. Production de toxines
 éliminations des cellules ciliées
 accumulation de mucus et réaction
inflammatoire
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
La coqueluche
• Diagnostic clinique +++
• Confirmation diagnostique:
partir d’une aspiration ou écouvillonage nasopharyngé
– 1ère semaine de toux: culture (difficile, milieux
spécifiques): cocco-BGN
– dans les trois premières semaines de toux PCR
– Sérologie : 3 semaines après la toux
• Traitement: macrolides
• Prévention:
– Vaccination des enfants et adultes non vaccinés
– Rappel tous les 10 ans
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Evaluez-vous
Un homme de 70 ans, éthylo-tabagique, vous
consulte pour une fièvre à 39°C d’apparition brutale
associée à des frissons, une toux, des
expectorations purulentes et une douleur
thoracique unilatérale. Le patient présente des
râles crépitants à l’auscultation et une tachycardie
> 100/min. La radio thoracique montre une opacité
alvéolaire
•
Quel diagnostic doit-on évoquer ?
– Pneumopathie à Pneumocoque
•Comment prouver cette hypothèse ?
– ECBC , Antigénurie pneumocoque
•Quelles sont les autres hypothèses diagnostiques ?
– Legionella pneumophila , Haemophilus influenzae
•Quel traitement mettez-vous en place si votre hypothèse diagnostique se
confirme  Amoxicilline 3g/j
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Diagnostic microbiologique d’une
pneumopathie
Un homme âgé de 40 ans, Malien vivant en Foyer,
en France depuis 6 mois,
•consulte pour fièvre intermittente, toux et dyspnée,
altérationde l’état général, amaigrissement de 5 kg
depuis 1 mois
•Radio de thorax = présence d’une opacité dans
l’apex gauche mal systématisée
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
1) Quel diagnostic évoquez-vous ?
• Votre suspicion de tuberculose est forte devant :
• Terrain :
– homme jeune, étranger (pays à forte endémie)
– conditions socio-économiques difficiles
• Clinique :
–
–
–
–
–
la fièvre prolongée
sueurs nocturnes
amaigrissement
symptomatologie pulmonaire toux +++
résistance aux antibiotiques classiques
• Radiologie : opacité dans apex gauche
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Taux d’incidence de la tuberculose dans le
monde WHO2011
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Incidence, morbidité et mortalité liées à la
tuberculose,
France métropolitaine, 1972-2010
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
2) Quel est la bactérie responsable de la
tuberculose ?
Ordre : Actinomycétales
Genre
Mycobacterium
Mycobacterium
Leprae
Bacille de Hansen
Mycobactéries atypiques
(environnement):
– Mycobacterium avium (SIDA,
hémopathies..)
– Mycobacterium xenopi
– Mycobacterium marinum (aquariophilie..)
...
Mycobacterium complexe
tuberculosis
(Bacille de Koch) :
•M. tuberculosis
•M. africanum (patient africain)
•M. bovis (bovidés)  homme
(aliments, lait cru ou contact)
•M. bovis BCG (Bacille de
Calmette et Guérin)= souche
vaccinale atténuée
 non virulente
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
3) Comment le patient s’est infecté ?
Vous décidez de l’hospitaliser quelles mesures
prenez-vous ?
Transmission de la tuberculose est inter-humaine.
goutelettes
tuberculose pulmonaire
= seule forme contagieuse
Lésion de
tuberculose
pulmonaire
. . . .. .. . . .. ... .. .
..
. . .. .. . . .
..
. .. .
.
.
.....
...
tuberculeux
contact
- Isolement respiratoire du patient
- Chambre seule, porte fermée, pression négative
- Port de masque FFP2 obligatoire pour toute personne entrant dans la
chambre
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
4) Quel est la physiopathologie de la maladie et
le pouvoir pathogène de la bactérie?
Virulence = Capacité de résister à la phagocytose et se multiplier dans les
macrophages
•Inhalation du bacille tuberculeux puis implantation dans l'alvéole pulmonaire  phagocytose
par macrophage  transformation en cellule épithélioïde  formation d’un granulome à
cellules épithélioïdes centré par de la nécrose caséeuse = lésion primaire
à partir de la lésion primaire :
•soit guérit spontanément
•soit s’étend avec nécrose tissulaire et formation d’une caverne = riche en bacille+++
Très contagieux
Parfois, dissémination par les vaisseaux lymphatiques ou sanguins vers d’autres organes :
rein, méninge, os (mal de pott) ganglion…
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Tuberculose infection et tuberculose-maladie
Sujet Contact d’un
tuberculeux
Infection
(virage IDR)
95%
Infection
latente
Contamination
aérienne
5% (dans les 2 ans)
Maladie = 10%
5% (réactivation)
Décès
en l’absence de traitement
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
5) Quel(s) examen(s) demandez-vous
pour étayer votre diagnostic étiologique?
1/ Diagnostic d ’une tuberculose pulmonaire ( 73% des formes
cliniques en France) :
JO
Prélèvement classique :
3 crachats sensibilité +++
expectorations ! pas de salive
le matin à jeun, après rinçage de la bouche
après effort de toux +++
au moins 5 ml
Attention si mal prélevé = faux négatif
Autres : à faire si classique est négatif
3 tubages
le matin, à jeun, dès le réveil
si négatifs prélèvements invasifs :
– prélèvement respiratoire sous fibroscopie (LBA et/ou AB)
– Et 3 crachats post fibroscopie
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
5) Quel(s) examen(s) demandez-vous
pour étayer votre diagnostic étiologique?
Pour les tuberculoses Extra-pulmonaires (26% des cas de
tuberculose en France):
Recherche peut être effectuée selon localisation dans :
-Liquides de ponction (LCR, liquide pleural, articulaire)
-Biopsies : ganglion, osseuses, cutanés,
-Moelle osseuse, Sang (immunodéprimé)
- Urines (3 BK urines)
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
5) Quelle est la place du laboratoire dans le
diagnostic à J0?
Travail sous poste de sécurité microbiologique de niveau 3 pour la
manipulation du bacille de la Tuberculose
1/ Examen microscopique
- après coloration de Ziehl-Neelsen
- ou coloration à l’auramine (fluorescence)
Les prélèvements non stériles sont décontaminés pour éliminer la flore
commensale.
Recherche de BAAR
Bacilles Acido-Alcoolo-Résistants
peu sensible : positif seulement chez 50% des
tuberculoses pulmonaires
non spécifique de la tuberculose et + si:
- complexe M. tuberculosis, Mycobactéries non tuberculeuses
- Nocardia, Rhodococcus, Actinomycetes
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
5) Quelle est la place du laboratoire dans le
diagnostic à J0?
•Paroi riche en acides mycoliques : non colorée par le GRAM
•Résiste aux agents chimiques
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Présence de Bacilles Acido-Alcoolo Résistants
(BAAR) dans une expectoration
•Coloration à l’auramine Microscope
à fluorescence x 100
• Coloration de Ziehl-Neelsen
Microscope optique X 100
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Mise en culture des prélèvements
croissance très très lente, aérobie,
milieux spécifiques, 37° C
Milieux solides en tube :
Milieu de Löwenstein-Jensen et Milieu
de Coletsos
culture + dès 3 semaines à 1 mois
négatif en 3 mois
Surveillance de la culture est non
automatisée
Milieux liquides :
- MGIT (Mycobacterial Growth
Indicator Tube) par exemple
Surveillance de la culture est continue
et automatisée
- Les cultures sont rendues négatives
au bout de 6 semaines
-Les cultures peuvent être positives
en 12 Jours en moyenne (cas des
prélèvements positifs à l’examen
direct)
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
7) Quels résultats attendez-vous pour
confirmer votre diagnostic ?
Culture positive
- Milieu solide + en 3s à 1 mois :
aspect rugueux des colonies :
sèches, eugoniques
- Milieu liquide + en 10 à 12
jours en moyenne
Coloration de Ziehl
Présence de BAAR
Identification du
M. tuberculosis complex
par recherche d’antigène MPT64
spécifique ou par PCR
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
8) Quels vont être les antibiotiques
testés ?
•Antibiotiques différents des antibactériens classiques
•Une caverne contient environ 108 bacilles et environ 102 à 103 germes sont
d’emblée résistants à un antibiotique
• il existe des mutants R naturels au sein de la population
• l’antibiotique ne tuera pas toute la population, il faut donc au moins 2, 3 voire
4 ATB pour tuer tous les bacilles et éviter l’apparition de résistance secondaire
 Un antibiotique sera considéré comme efficace lorsqu'il laisse le plus faibles
taux de mutants préexistants d’emblée.
5 antituberculeux majeurs testés (*= utilisés en pratique clinique):
isoniazide*
Rifampicine*
Control
SmRif
InhEmb
Ethambutol*
Pyrazinamide*
streptomycine
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Détection moléculaire de la résistance aux
anti- tuberculeux chez les mycobactéries du
complexe tuberculosis
PCR hybridation
•
Détection de la résistance à 2 antituberculeux majeurs:
– Rifampicine (mutation dans le gène
rpoB)
– Isoniazide (mutation gènes katG et
inhA)
D. Hilleman et al., J Clin Microbiol, 2005.
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
9) Quel sera le traitement et le suivi ?
Déclaration obligatoire
Isolement : malade contagieux
Précautions :
Masque FFP2 ( pour les soignants, visiteurs)
Masque chirurgical anti-projection ( pour le patient lors de visites ou
déplacements)
- Traitement classique de la tuberculose maladie :
isoniazide + rifampicine + éthambutol + pyrazinamide
Quadrithérapie antituberculeuse 2 mois relais 4 mois bithérapie
- Suivi : contrôle 3 BK crachats 3 semaines après la mise sous traitement
antituberculeux si - levée de isolement.
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Evaluez vous (1)
Un homme âgé de 40 ans, Malien vivant en Foyer, en France depuis 6
mois,
•consulte pour fièvre intermittente, toux et dyspnée, altérationde l’état
général, amaigrissement de 5 kg depuis 1 mois
•Radio de thorax = présence d’une opacité dans l’apex gauche mal
systématisée
•
Quel diagnostic évoquez vous en priorité ?
– Tuberculose pumonaire : origine africaine, conditions socio-économiques
modestes, AEG
•Comment le confirmer ?
– mise en évidence de BAAR à l’examen direct des expectorations en
coloration de Ziehl-Nielsen ou Auramine , identifié comme étant
Mycobacterium tuberculosis en culture
– Ou uniquement culture positive à M. tuberculosis ( avec un examen direct
négatif) : fréquent
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Evaluez vous (2)
Un homme âgé de 40 ans, Malien vivant en Foyer, en France depuis 6
mois,
•consulte pour fièvre intermittente, toux et dyspnée, altérationde l’état
général, amaigrissement de 5 kg depuis 1 mois
•Radio de thorax = présence d’une opacité dans l’apex gauche mal
systématisée
•Vous décidez d’hospitaliser votre patient, quelles mesures prénez vous ?
Quand pouvez-vous lever ces mesures?
– Isolement en chambre seule, masque de type FFP2 pour toute personne
entrant dans la pièce
– Durée mal codifiée, classiquement 2/3 semaines de traitement efficace si
patient bacillifère initialement (expectorations de contrôle).
– Déclaration obligatoire
•Quel traitement débutez-vous?
– INH+RIF+ ETH+ PZA 2 mois puis INH + RIF 4 mois suivants
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Le 04 décembre, un patient de 35 ans est hospitalisé pour
une fièvre d’apparition brutale, toux, dyspnée, les
symptômes ayant débuté 48 heures auparavant. L’état du
patient est jugé sévère indiquant une admission en
réanimation médicale pour pneumopathie.
• Quel diagnostic doit-on évoquer ?
• Comment prouver cette hypothèse ?
• Quelles sont les autres hypothèses diagnostiques ?
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Un nourrisson de 7 mois atteint de bronchiolite est
hospitalisé en urgence le 26 décembre 2007 dans un
service de Pédiatrie.
• Quelle est l’étiologie la plus fréquente des
bronchiolites hivernales du nourrisson ?
• Comment prouver cette hypothèse ?
• Quelles sont les autres hypothèses diagnostiques ?
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Infections virales respiratoires
A
R
N
A
D
N
Virus influenza
Virus respiratoire syncytial (VRS)
Virus parainfluenza (PIV)
Metapneumovirus (hMPV)
Rhinovirus/Entérovirus/Paréchovirus
Coronavirus
Adénovirus
Bocavirus humain
Polyomavirus KI WU
Rhinite
Pharyngite/laryngite
Trachéite
Bronchite
Pneumonie
Mais aussi virus Herpesviridae (HSV1, CMV, HHV-6, VZV) - Rougeole
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Associations Virus-symptômes
Diagnostic étiologique “clinique” difficile
Influenza, VRS, PIV, Adv, Entéro,
hMPV
Rhinite
Rhino, Corona
Pharyngite
Rhino, Adv, VRS, Influenza A et B Epstein-Barr virus
Laryngite
PIV
Influenza, VRS, Adv,
Bronchite
Rhino, VRS, PIV
Influenza, VRS, Adv, hMPV, Corona
Bronchiolite
VRS, hMPV
Influenza, Adv, Rhino, Corona,
Entéro
Pneumonie
Influenza, Adv
PIV, VRS, hMPV
Syndrome grippal Influenza
Tous
Etiologie et symptomatologie variables également en fonction de
 Epidémiologie (saison, région)
 Population (enfant, adulte)
 Co-morbidité (maladie respiratoire (asthme, BPCO) – Immunodépression)
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Symptomatologie grippe
•
•
•
•
•
•
•
Fièvre > 38°C
Début brutal
Asthénie
Myalgies
Frissons
Céphalées
Toux
• Rhinite
> 80 %
60 - 80
40 - 60
< 20
• Expectoration
• Pharyngite
• Otite
• Troubles digestifs
Syndrome grippal = grippe ou autres virus
Grippe sans syndrme grippal possible
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Surveillance épdidémiologique
• Réseau Sentinelles
http://websenti.u707.jussieu.fr/sentiweb/
–Surveillance clinique
• Fièvre brutale > 39°C, myalgies, signes respiratoires
–1300 médecins généralistes libéraux volontaires
• Réseau GROG –
Groupes Régionaux d’Observation de la Grippe
http://www.grog.org/
–Surveillance virologique
– Prélèvements (écouvillon nasopharyngé) et tests de
détection unitaire (immunochromatographie) par des
médecins généralistes et pédiatres
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Réseau
Sentinelles
Syndromes grippaux
Nb de cas / 100 000 habitants
Semaine 01 2013
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
GROG – France Métropole
Analyse régionale
Semaine 01 2013
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Indications diagnostiques
Infection respiratoire communautaire bégnine
= pas de diagnostic virologique
Formes graves ou chez les personnes à risque
 Grippe (recommandations du COREB)
Groupement de coordination de la gestion du risque épidémiologique et biologique
http://www.infectiologie.com/site/medias/alertes/grippe/COREB-Grippe-urgences-15122010.pdf
 Bronchiolite à VRS du nourrisson
 Pneumonies virales de l’immunodéprimé
 Adapter le traitement anti-infectieux
 Mise en œuvre de mesures d’isolement
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Méthodes de prélèvement
Virus = parasite intra-cellulaire
• Sécrétions nasales
Lieu de réplication initiale des virus respiratoires
–Aspiration nasopharyngée (+/- lavage )
•
Plus difficile chez l’adulte (moins de sécrétions – charges virales plus faibles)
–Ecouvillonnage nasopharyngé
•
+ simple à réaliser que l’aspiration mais recueil d’une quantité de cellules plus faible
–Qualité du prélèvement +++  formation du personnel aux pvts
Eventuellement
• Sécrétions trachéobronchqiues
• Lavage bronchoalvéolaire
Prélèvements non recommandés
– Expectorations
– Crachats
– Ecouvillonage buccal ou pharyngé
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Méthodes de prélèvement
Aspiration nasopharyngée
 Prélèvement riche en cellules
 Mise en œuvre +/- difficile
 Difficultés extraction des acides nucléiques
 Prétraitement / Protéinase  délai
 Tractus respiratoire supérieur
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Méthodes de prélèvement
Ecouvillonnage nasopharyngé
Qualité du pvt – Virus intracellulaire
Mise en œuvre facile et rapide
- possible au cabinet médical
Extraction des acides nucléiques + facile
Tractus respiratoire supérieur
Sensibilité / aspiration nasopharyngée ? Qualité du pvt +++
Ecouvillon spécifique ++++ (nylon floqué)
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
UE: Agents infectieux – Jérôme
Hygiène
– Aspects généraux
Le Goff
Diagnostic virologique
Examens
Techniques

Biologie moléculaire
Cultures

rapides
cellulaires ?
Sérologie
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Tests rapides unitaires
Immunochromatographie
Grippe A/B
VRS
Sensibilité variable en fonction des tests
Attention aux nouveaux variants
Moins sensible que la biologie moléculaire
Autres virus ?
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Tests rapides
Immunofluorescence
Ac monoclonaux  virus respiratoires « usuels »
 Influenza A
 Influenza B
 Para-influenza 1-3
 Adénovirus
 VRS
 Métapneumovirus
 ± Rougeole
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Biologie moléculaire
• PCR temps réel ciblée ou duplex
- Influenza A/B, VRS, Parainfluenza, Adénovirus, hMPV,
Rhinovirus/ Entérovirus, Coronavirus, Bocavirus
- HSV, VZV, CMV, EBV, HHV6 (LBA – Idpé)
- Rougeole
• PCR multiplex  20 pathogènes en 1 ou 2 réactions
– Délai technique 1H30 – 9H
– Développement de systèmes totalement intégrés
– (extraction, amplification, détection, interprétation)
– Coût des techniques multiplex 30  300 euros
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Diagnostic intégré
Genexpert – Diagnostic de la grippe
Echantillon
Réactifs
Extraction + Amplification = 1H15
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Diagnostic intégré
Biofire FilmArray – Diagnostic tous virus
respiratoires
RT-PCR multiplex unitaire permettant
la détection simultanée de 18 virus et de 3 bactéries
Résultats en 75 minutes
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Evaluez-vous
Quels sont les examens virologiques utiles au diagnostic
de la grippe humaine saisonnière?
A. Sérologie
B. Western-blot
C. Test rapide par immunofluorescence, sur aspiration
naso-pharyngée
D. Test rapide sur bandelette, sur aspiration nasopharyngée
E. PCR ciblée sur le gène de la neuraminidase, sur
aspiration naso-pharyngée
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Evaluez-vous
Quel prélèvement permet le diagnostic virologique d'une
bronchiolite du nourrisson ?
A.
B.
C.
D.
E.
Prélèvement nasopharyngé
Prélèvement sanguin
Prélèvement d'urine
Prélèvement de selles
Prélèvement de LCR
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Le 04 décembre, un patient de 35 ans est hospitalisé pour une fièvre
d’apparition brutale, toux, dyspnée, les symptômes ayant débuté 48
heures auparavant. L’état du patient est jugé sévère indiquant une
admission en réanimation médicale pour pneumopathie.
• Quel diagnostic doit-on évoquer ?
– Grippe (Influenza)
• Comment prouver cette hypothèse ?
– Aspi Nasopharyngée – Ecouvillon endonasal – IF - PCR
• Quelles sont les autres hypothèses diagnostiques ?
– Autres virus respiratoires – infection bactérienne
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
Un nourrisson de 7 mois atteint de bronchiolite est
hospitalisé en urgence le 26 décembre 2007 dans un
service de Pédiatrie.
• Quelle est l’étiologie la plus fréquente des bronchiolites
hivernales du nourrisson ?
– VRS
• Comment prouver cette hypothèse ?
– Aspi Nasopharyngée – IF - PCR
• Quelles sont les autres hypothèses diagnostiques ?
– Autres virus hMPV, Rhino
UE: Agents infectieux – Hygiène – Aspects généraux
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