Journée thématique Ecologie virale et environnement - FIRE

Journée thématique
Ecologie virale et environnement
« Les virus de microorganismes au sein des écosystèmes : rôle et applications »
Mardi 21 juin 2016
Campus Jussieu, salle Fourcade (tour 56-55, 4eme étage) – 9h30-17h00
La Fédération de Recherche en Environnement en Ile-de-France organise une journée scientifique dans le
domaine de l’écologie virale. Le thème choisi concerne la dynamique et le rôle des virus de
microorganismes au sein des écosystèmes, et les possibilités d’utilisation de ces virus pour des
applications environnementales ou dans le domaine des écotechnologies.
Les virus de microorganismes sont présents dans tous les environnements. Par le biais de la pression de
prédation et par les divers mécanismes d’interactions entre virus et cellules (échange de matériel
génétique, modification des cellules hôtes, en particulier de leur métabolisme), ils exercent des effets très
importants sur la structure, la dynamique et le fonctionnement des écosystèmes, ainsi que sur les cycles
biogéochimiques.
L’écologie virale constitue une thématique émergente au sein de la FIRE. Cette journée ouverte à tous a
pour but de faire découvrir l’écologie virale et également de favoriser les échanges entre les équipes de la
Région IdF impliquées ou désirant s’impliquer dans ces thématiques et les orateurs invités. Elle permettra
d’aborder les perspectives de développement pour l’écologie virale au sein de la FIRE et. Elle s’articulera
autour de conférences invitées relevant de 3 thèmes et autour de temps de discussion :
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Thème 1 : diversité et impact des virus sur les dynamiques microbiennes
Thème 2 : applications environnementales et médicales des virus
Thème 3 : caractérisation des particules virales dans l’environnement
Nous vous remercions pour votre participation à cette journée.
Comité d’organisation
Céline Roose-Amsaleg, UMR 7619 METIS, [email protected]
Ariane Bize, Irstea, UR-HBAN, [email protected]
Journée thématique
Ecologie virale et environnement
Mardi 21 juin 2016
Présentations en salle Fourcade (tour 56-55, 4eme étage), Campus Jussieu UPMC
9h30-10h00: Accueil, café
10h00-10h15: Présentation de la journée
Thème 1 : les virus dans les écosystèmes : diversité et impact sur les dynamiques microbiennes
(Médiateur : /Laurent Debarbieux)

10h15-10h45 Michael Dubow, Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC), équipe
Génomique et Biodiversité microbienne des biofilms (Orsay, 91)
La biodiversité des phages et leurs hôtes dans les milieux oligotrophes désertiques.

10h45-11h15 Marianne De Paepe, INRA MICALIS, équipe Dynamique des génomes de
bactériophages (Jouy-en-Josas, 78)
High prophage induction in the mouse gastrointestinal tract

11h15-11h45 Télesphore Sime-Ngando, Laboratoire Microorganismes : Génome et
Environnement, équipe Virus et Métabolismes microbiens en milieu aquatique (Aubière, 63)
Host physiology is decisive for bacteriophage lifestyles: metabolomics evidence from freshwater
microcosms
11h45-12h15 Discussion
12h15-14h00: Buffet salle Darcy : tour 46-56 3ème
Thème 2 : applications environnementales et médicales des virus
(Médiateur Télésphore Sime-Ngando)

14h15-14h45 Christophe Gantzer, Laboratoire de Chimie Physique et Microbiologie pour
l’Environnement, équipe Microbiologie Environnementale (Villers-lès-Nancy, 54)
Prévalence et diversité génétique des bactériophages ARN F-spécifiques chez l’homme et l’animal :
intérêt pour évaluer le niveau de pollution virale et pour discriminer l’origine de la pollution fécale dans
les eaux.

14h45-15h15 Laurent Debarbieux, Institut Pasteur, groupe Interactions Bactériophages
Bactéries chez l’Animal (laboratoire de Biologie moléculaire du gène chez les extrêmophiles)
Bactériophages, virus guérisseurs ?
Thème 3 : caractérisation des particules virales dans l’environnement (détection, énumération,
identification)

15h15-15h45 Ariane Bize, Irstea, UR Hydrosystèmes et bioprocédés, équipe Bioprocédés et
biotechnologies microbiennes pour la valorisation des déchets
K-mer frequencies of viruses infecting hyperthermophilic archaea match with the viral families

15h45-16h15 Martine Boccara, Institut de Biologie de l'École Normale Supérieure, équipe
Génomique des plantes et diatomées
Une nouvelle méthode de comptage des virus : applications environnementales et médicales
16h15-17h: Conclusions et perspectives de la journée
Quelles perspectives pour la virologie microbienne au sein de la FIRE?
Martine Boccara, Josette Garnier et Télesphore Sime-Ngando