Avogadro - Phychim

Avogadro : éditeur de structures chimiques
Avogadro
Avogadro est un éditeur et un visualiseur de modèles moléculaires. Il est multi plateformes, gratuit, librement
téléchargeable :
http://eduscol.education.fr/site.physique-chimie/actualites/Sialle-Avogadro-1.0.0
Il supporte la plupart des types de fichiers de représentation moléculaire. Il peut ainsi servir à visualiser une
structure en 3D comme JMol (également téléchargeable sur SIALLE http://www.cndp.fr/sialle/fiche-detaillee-
jmol-147.php ), mais il permet également de concevoir des molécules, atome par atome, sans se soucier de la
structure, le logiciel ordonnant lui-même la molécule ainsi formée.
La fonction de visualisation comprend beaucoup d’options : sphères, bâtonnets …
On peut également faire apparaître des informations comme le nom des atomes, leur taille, les distances
inter-atomes, les angles, …
La création de molécules est vraiment simplifiée par l’ergonomie du logiciel.
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1 Quelques activités
2 La page d’accueil du logiciel
3 Le menu fichier importer
4 Adresses
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1 Quelques activités
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a) Modéliser une molécule comportant des atomes de carbone, d’hydrogène et des liaisons simples.
b) Représenter une molécule plus complexe : autres atomes, autres liaisons
c) Représenter une molécule à partir de sa formule (brute, semi-développée ; développée) et
inversement écrire une formule à partir du modèle.
exemple : http://www.pedagogie.ac-nantes.fr/16199695/0/fiche___ressourcepedagogique/
d) Au collège : classe de 4ème
- A partir d’un modèle : identifier les espèces d’atomes, écrire une formule brute
- A partir d’une formule brute, représenter la molécule par un modèle (activité très limitée
cependant). Le menu « fichier importer » facilite l’accès aux données.

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2 La page d’accueil du logiciel
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Vue : changer la
couleur du fond
Ferme le fichier en cours
Afficher les paramètres
*Outils et affichage
* Paramètres affichage
*Paramètre des outils : attention, ces choix ne sont
possibles que si l’outil dessin est sélectionné.
Outil dessin pour représenter
une molécule
outil navigation
Rotation
automatique
de la molécule
E : Optimisation du dessin avec la souris (molette :
zoom ; droit : déplacement ; gauche : rotation)
Mesures : sélectionner (clic gauche) trois
atomes ; en bas de l’écran sont indiquées les
distances entre 1et 2 ; 2 et 3 et l’angle mesuré a
2 comme sommet.
↗↗ Aligner deux molécules
Si vous choisissez l’option « autres », vous accédez à la classification
périodique des éléments.
La représentation des
atomes d’hydrogène est
validée
Outil dessin,
clic droit
Clic droit sur l’un des atomes d’hydrogène
Après chaque modification, rétablir la
géométrie de la molécule : « extensions-
optimisation de la géométrie

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3 Le menu fichier importer
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Il peut s’avérer utile, en particulier au collège. Il permet de proposer des activités à partir de
molécules déjà modélisées.
- « fichier de molécule » : ouverture d’une représentation issue d’une bibliothèque (personnelle ou
celle présente dans Avogadro (programmesfiles/Avogadro/share/Avogadro/fragments). La
bibliothèque présente dans le logiciel comporte 31 dossiers soient 443 fichiers disponibles.
- « télécharger par nom chimique » permet d’accéder au méthane, eau, dioxyde de carbone … et
d’étudier ces modèles moléculaires.
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4 Adresses
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- Le site de Framasoft : http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Main_Page
http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Screencasts
- Les différents affichages : http://avogadro.openmolecules.net/wiki/Display_Gallery
- Prise en main rapide : http://www.pedagogie.ac-
nantes.fr/1285789224246/0/fiche___ressourcepedagogique/&RH=1161018342921
- Pour aller plus loin : http://sourceforge.net/p/avogadro/wiki/Home/