Série de lectures sur la Dynamique Moléculaire:

Patrick Lagüe, Université Laval
Série de lectures sur la Dynamique Moléculaire:
● Concepts Théoriques
● Application pratique (boîte d'eau)
● Méthodes de solvant implicite

Patrick Lagüe, Université Laval
Les outils de modélisation moléculaires
Analogie avec les modèles de plastique:
La version électronique permet d'aller plus loin:
●Calculs d'énergie
●Explorer l'espace conformationnel
●Étudier la dynamique des molécules

Patrick Lagüe, Université Laval
Avantages et désavantages
Avantages:
●Description atomique des molécules.
●Suivi complet de la dynamique des molécules (diffusion, orientation, ...).
●Utilisation des conditions physiologiques (marqueurs, etc...).
Désavantages:
●Beaucoup d'informations à gérer (utilisation d'environ 25000 atomes).
●Méthode lente (semaines, mois).
●Échelle de temps accessible de l'ordre de 10-100 ns.
●Plusieurs approximations sont impliquées (détails plus loin).

Patrick Lagüe, Université Laval
Débuts de la DM
● Fin des années 50, par B.J. Alder et T. E. Wainwright.
● Jusqu'à 500 boules dures modélisant des particules.
● Pour étudier les différents états de la matière (solide, liquide, gaz).
● Les résultats sont comparés avec les résultats “théoriques” et
expérimentaux.
(J. Chem. Phys. 27, 1208 (1957); J. Chem. Phys. 31, 459 (1959)).
Ce sont des expériences effectuées à l'aide d'un ordinateur!

Patrick Lagüe, Université Laval
Autres étapes importantes
En 1964:
A. Rahman simule de l'argon liquide avec un potentiel de Lennard-
Jones.
(Phys. Rev. A 136, 405 (1964))
En 1974:
Simulation de DM de l'eau liquide donnant des résulats
comparables
aux résultats expérimentaux.
(Stillinger, F. H. and Rahman, A. J. Chem. Phys. 60, 1545 (1974))