BCM-2002

BCM-2002
Concepts et méthodes en
séquençage génomique et
assemblage de séquences
B. Franz LANG, Département de Biochimie
Bureau: H307-15
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Méthodologies biochimiques
1. Obtention des organismes et cultures
2. Extraction/purification d’ADN intact (haut poids
moléculaire)
3. Coupure de l’ADN et purification de morceaux d’ADN
de tailles définies
4. Clonage dans plasmides ou autres vecteurs
5. Séquençage avec des méthodes différentes:
(Maxam-Gilbert (chimique) ou Sanger: terminaison de
synthèse d’ADN avec dideoxi- nucléotides et
marquages, soit des amorces, soit des nucléotides
intégrées ou des terminateurs)
6. Artefacts de séquençage et assemblage

• Commande dans les collection de souches d’espèces
(ATCC, CCMP …)
• Isolation à partir d’échantillons naturelles
• Purification des souches (e.g., mélanges d’eucaryotes et
procaryotes) par séries de dilutions, étalages sur des
pétries pour former des colonies séparées, application
d’antibiotiques spécifiques
1. Obtention des organismes et cultures

http://megasun.bch.umontreal.ca/protists/otherprodbs.html
Protist Culture Collections Online
•ACOI: Algoteca de Coimbra (University of Coimbra, Portugal) In English.
•Algobank (Université de Caen, France) In French / en français
•ATCC: American Type Culture Collection
•Brazilian protozoa culture collection
•Brazilian algal culture collection
•Chlamydomonas Genetics Center strains
•CCALA: Culture Collection of Algal Laboratory (Trebon, Czech Republic)
•CCAP: Culture Collection of Algae and Protozoa (UK)
•CCMP: Provasoli-Guillard Culture Center for Marine Phytoplankton
•NEPCC: North East Pacific Culture Collection (University of British Columbia)
•SAG: Sammlung von Algenkulturen Göttingen [Collection of algal cultures at the
University of Göttingen] (text in English)
•SVCK: Sammlung von Conjugaten-Kulturen (University of Hamburg; list of strains,
text mostly in German)
•UTCC: University of Toronto Culture Collection of Algae and Cyanobacteria
•UTEX:The Culture Collection of Algae at the University of Texas at Austin

• Désintégration des cellules
– enzymatique (glucanases, cellulases: levures, champignon)
– mécanique (billes de verre, compression/décompression,
sonification etc)
• Dans le cas des eucaryotes, option d’une séparation des
organites (noyau, mitochondries, chloroplastes, ER …)
– centrifugation différentielle
– centrifugation cinétique
– centrifugation en équilibre (e.g., Percoll)
2. Extraction/purification d’ADN intact
(haut poids moléculaires)