Jeremy NUHAM - Thèses

1
ÉCOLE NATIONALE VETERINAIRE D’ALFORT
Année 2007
CONTRIBUTION À L ETUDE PHYLOGENETIQUE
DES INFECTIONS A CORONAVIRUS CANIN ET FELIN
THESE
Pour le
DOCTORAT VETERINAIRE
Présentée et soutenue publiquement devant
LA FACULTE DE MEDECINE DE CRETEIL
le
par
Jeremy NUHAM
Né le 3 février 1982 à Champigny-sur-Marne (Val-de-Marne)
JURY
Président : M.
Professeur à la Faculté de Médecine de CRETEIL
Membres
Directeur : Mme Sophie LE PODER
Maître de conférences à l’ENVA
Assesseur : Mme Nadia HADDAD
Maître de conférences à l’ENVA

2
LISTE DES MEMBRES DU CORPS ENSEIGNANT
Directeur : M. le Professeur COTARD Jean-Pierre
Directeurs honoraires : MM. les Professeurs MORAILLON Robert, PARODI André-Laurent, PILET Charles, TOMA Bernard
Professeurs honoraires: MM. BUSSIERAS Jean, CERF Olivier, LE BARS Henri, MILHAUD Guy, ROZIER Jacques
DEPARTEMENT DES SCIENCES BIOLOGIQUES ET PHARMACEUTIQUES (DSBP)
Chef du département : M. BOULOUIS Henri-Jean, Professeur - Adjoint : M. DEGUEURCE Christophe, Professeur
-UNITE D’ANATOMIE DES ANIMAUX DOMESTIQUES
Mme CREVIER-DENOIX Nathalie, Professeur
M. DEGUEURCE Christophe, Professeur*
Mlle ROBERT Céline, Maître de conférences
M. CHATEAU Henri, Maître de conférences
-UNITE DE PATHOLOGIE GENERALE , MICROBIOLOGIE,
IMMUNOLOGIE
Mme QUINTIN-COLONNA Françoise, Professeur*
M. BOULOUIS Henri-Jean, Professeur
-UNITE DE PHYSIOLOGIE ET THERAPEUTIQUE
M. BRUGERE Henri, Professeur
Mme COMBRISSON Hélène, Professeur*
M. TIRET Laurent, Maître de conférences
-UNITE DE PHARMACIE ET TOXICOLOGIE
Mme ENRIQUEZ Brigitte, Professeur *
M. TISSIER Renaud, Maître de conférences
M. PERROT Sébastien, Maître de conférences
-UNITE : BIOCHIMIE
M. MICHAUX Jean-Michel, Maître de conférences
M. BELLIER Sylvain, Maître de conférences
- UNITE D’HISTOLOGIE , ANATOMIE PATHOLOGIQUE
M. CRESPEAU François, Professeur
M. FONTAINE Jean-Jacques, Professeur *
Mme BERNEX Florence, Maître de conférences
Mme CORDONNIER-LEFORT Nathalie, Maître de conférences
- UNITE DE VIROLOGIE
M. ELOIT Marc, Professeur *
Mme LE PODER Sophie, Maître de conférences
-DISCIPLINE : PHYSIQUE ET CHIMIE BIOLOGIQUES ET
MEDICALES
M. MOUTHON Gilbert, Professeur
-DISCIPLINE : GENETIQUE MEDICALE ET CLINIQUE
M. PANTHIER Jean-Jacques, Professeur
Mlle ABITBOL Marie, Maître de conférences
-DISCIPLINE : ETHOLOGIE
M. DEPUTTE Bertrand, Professeur
-DISCIPLINE : ANGLAIS
Mme CONAN Muriel, Ingénieur Professeur agrégé certifié
DEPARTEMENT D’ELEVAGE ET DE PATHOLOGIE DES EQUIDES ET DES CARNIVORES (DEPEC)
Chef du département : M. FAYOLLE Pascal, Professeur - Adjoint : M. POUCHELON Jean-Louis , Professeur
- UNITE DE MEDECINE
M. POUCHELON Jean-Louis, Professeur*
Mme CHETBOUL Valérie, Professeur
M. BLOT Stéphane, Maître de conférences
M. ROSENBERG Charles, Maître de conférences
Mme MAUREY Christelle, Maître de conférences contractuel
- UNITE DE CLINIQUE EQUINE
M. DENOIX Jean-Marie, Professeur
M. AUDIGIE Fabrice, Maître de conférences*
Mme GIRAUDET Aude, Professeur contractuel
Mme MESPOULHES-RIVIERE Céline, Maître de conférences
contractuel
M. PICCOT-CREZOLLET Cyrille, Maître de conférences contractuel
-UNITE DE REPRODUCTION ANIMALE
Mme CHASTANT-MAILLARD Sylvie, Maître de conférences*
(rattachée au DPASP)
M. NUDELMANN Nicolas, Maître de conférences
M. FONTBONNE Alain, Maître de conférences
M. REMY Dominique, Maître de conférences (rattaché au DPASP)
M. DESBOIS Christophe, Maître de conférences
Mlle CONSTANT Fabienne, Maître de conférences (rattachée au
DPASP)
Mlle LEDOUX Dorothée, Maître de conférences contractuel (rattachée
au DPASP)
- UNITE DE PATHOLOGIE CHIRURGICALE
M. FAYOLLE Pascal, Professeur *
M. MAILHAC Jean-Marie, Maître de conférences
M. MOISSONNIER Pierre, Professeur
Mme VIATEAU-DUVAL Véronique, Maître de conférences
Mlle RAVARY Bérangère, Maître de conférences (rattachée au DPASP)
M. ZILBERSTEIN Luca, Maître de conférences contractuel
M. HIDALGO Antoine, Maître de conférences contractuel
- UNITE DE RADIOLOGIE
Mme BEGON Dominique, Professeur*
Mme STAMBOULI Fouzia, Maître de conférences contractuel
-UNITE D’OPHTALMOLOGIE
M. CLERC Bernard, Professeur*
Mlle CHAHORY Sabine, Maître de conférences contractuel
- UNITE DE PARASITOLOGIE ET MALADIES PARASITAIRES
M. CHERMETTE René, Professeur
M. POLACK Bruno, Maître de conférences*
M. GUILLOT Jacques, Professeur
Mme MARIGNAC Geneviève, Maître de conférences contractuel
Mlle HALOS Lénaïg, Maître de conférences
-UNITE DE NUTRITION-ALIMENTATION
M. PARAGON Bernard, Professeur *
M. GRANDJEAN Dominique, Professeur
DEPARTEMENT DES PRODUCTIONS ANIMALES ET DE LA SANTE PUBLIQUE (DPASP)
Chef du département : M. MAILLARD Renaud, Maître de conférences - Adjoint : Mme DUFOUR Barbara, Maître de conférences
-UNITE DES MALADIES CONTAGIEUSES
M. BENET Jean-Jacques, Professeur*
Mme HADDAD/ HOANG-XUAN Nadia, Maître de conférences
Mme DUFOUR Barbara, Maître de conférences
-UNITE D’HYGIENE ET INDUSTRIE DES ALIMENTS
D’ORIGINE ANIMALE
M. BOLNOT François, Maître de conférences *
M. CARLIER Vincent, Professeur
Mme COLMIN Catherine, Maître de conférences
M. AUGUSTIN Jean-Christophe, Maître de conférences
- DISCIPLINE : BIOSTATISTIQUES
M. SANAA Moez, Maître de conférences
- UNITE DE ZOOTECHNIE, ECONOMIE RURALE
M. COURREAU Jean-François, Professeur
M. BOSSE Philippe, Professeur
Mme GRIMARD-BALLIF Bénédicte, Professeur
Mme LEROY Isabelle, Maître de conférences
M. ARNE Pascal, Maître de conférences
M. PONTER Andrew, Maître de conférences*
- UNITE DE PATHOLOGIE MEDICALE DU BETAIL ET DES
ANIMAUX DE BASSE-COUR
M. MILLEMANN Yves, Maître de conférences*
Mme BRUGERE-PICOUX Jeanne, Professeur (rattachée au DSBP)
M. MAILLARD Renaud, Maître de conférences
M. ADJOU Karim, Maître de conférences
Mme CALAGUE, Professeur d’Education Physique * Responsable de l’Unité AERC : Assistant d’Enseignement et de Recherche Contractuel

3
REMERCIEMENTS
Je tiens à remercier,
Monsieur le Professeur
de la faculté de médecine de Créteil,
qui a accepté la présidence de notre jury de Thèse.
Mme le Docteur LEPODER
de l’école nationale vétérinaire d’Alfort,
pour son encadrement, sa disponibilité et ses conseils nécessaires à l’élaboration de cette étude.
Mme le Docteur HADDAD,
de l’école nationale vétérinaire d’Alfort,
pour son écoute et ses conseils dans l’élaboration de cette étude.
M. le professeur ELOIT de m’avoir accueilli à l’UMR 1161 ainsi que toute l’équipe du
laboratoire.
Mme DUARTE
technicienne de l’UMR, à l’école nationale vétérinaire d’Alfort,
pour sa participation, son soutien et sa disponibilité dans la réalisation des expériences de cette
étude.
Mme le Docteur PAROUTAUD
de la SPA de Vaux le Pénil,
qui a accepté la réalisation des prélèvements sur les chiens et chats de la SPA.
Mes parents,
qui m’ont apporté leur soutien tout au long de la rédaction de la thèse et de mes études.

4
TABLES DES MATIERES
INTRODUCTION.................................................................................................................7
PREMIERE PARTIE BIBLIOGRAPHIQUE :
ETUDE GENERALE DE LA PERITONITE INFECTIEUSE FELINE..............................8
I. VIROLOGIE.....................................................................................................................9
1. Morphologie........................................................................................................9
2. Classification des Coronavirus félins.................................................................11
3. Propriétés physico-chimiques.............................................................................12
4. Biologie..............................................................................................................12
• Multiplication virale...............................................................................12
• Antigénicité............................................................................................13
• Franchissement de barrière d’espèce......................................................14
II. LA PERITONITE INFECTIEUSE FELINE .................................................................15
1. Pathogénie..........................................................................................................15
2. Epidémiologie....................................................................................................16
• Epidémiologie descriptive.....................................................................16
• Epidémiologie analytique......................................................................17
• Epidémiologie synthétique....................................................................17
3. Symptômes.........................................................................................................17
4. Lésions................................................................................................................19
5. Diagnostic...........................................................................................................19
• Diagnostic différentiel.............................................................................20
• Imagerie médicale...................................................................................21
• Analyse du liquide d’épanchement.........................................................21
• Tests biochimiques sanguins...................................................................21

5
• Numération formule sanguine.................................................................21
• Histologie.................................................................................................22
• Sérologie..................................................................................................22
• Amplification du génome viral................................................................23
• Algorithme décisionnel en cas de suspicion de PIF.................................24
6. Thérapeutique.....................................................................................................25
7. Prophylaxie.........................................................................................................25
8. Pronostic.............................................................................................................26
9. Conclusions et Perspectives.................................................................................26
PRESENTATION DES DEUX PROJETS D’ETUDE.........................................................27
DEUXIEME PARTIE EXPERIMENTALE.........................................................................29
I. MATERIEL ET METHODES...........................................................................................30
1. Les animaux...........................................................................................................30
• Première étude sur le taux d’infections à Coronavirus
chez les chats de particulier............................................................................30
• Deuxième étude sur la circulation de Coronavirus en collectivité….….30
2. Les prélèvements..................................................................................................31
3. Méthode de titrage des anticorps anti-coronavirus par immunofluorescence
indirecte......................................................................................................................32
4. Techniques moléculaires.........................................................................................33
• Extraction des ARN viraux leucocytaires à partir de sang total.....................33
• Extraction des ARN viraux à partir d’écouvillons rectaux.............................33
• RT-PCR ..........................................................................................................33
• Clonage des gènes...........................................................................................36
• Séquençage et analyse phylogénétique...........................................................39